149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1500 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1500  colicin V production protein  100 
 
 		 199 aa  390  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1188  Colicin V production protein  69.23 
 
 		 208 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0728  colicin V production protein  61.88 
 
 		 214 aa  234  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.980387  normal  0.959798 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1043  Colicin V production protein  69.57 
 
 		 206 aa  232  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0448  colicin V production protein, putative  56.99 
 
 		 192 aa  194  9e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0454  putative colicin V production protein  56.99 
 
 		 192 aa  194  9e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2016  colicin V production protein  53.89 
 
 		 210 aa  192  2e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.535943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2292  colicin V production protein  50.78 
 
 		 238 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0561  colicin V production protein  55.61 
 
 		 191 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.245346  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0984  colicin V production protein  52.91 
 
 		 195 aa  178  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.769176  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2283  colicin V production protein  48.5 
 
 		 213 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2996  colicin V production protein  49.74 
 
 		 210 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.581672 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2310  colicin V production protein  48.98 
 
 		 191 aa  169  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.530108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0414  Colicin V production protein  49.73 
 
 		 204 aa  168  4e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.728843 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3500  Colicin V production protein  48.44 
 
 		 211 aa  168  6e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2453  colicin V production protein  49.72 
 
 		 208 aa  164  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.921002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3788  putative colicin V production protein, cvpA-like (dedE protein) (Pur regulon 18 kDa protein)  45.41 
 
 		 208 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2401  colicin V production protein  48.72 
 
 		 234 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0487  CvpA protein  47.27 
 
 		 187 aa  158  5e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.457709  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4408  Colicin V production protein  44.44 
 
 		 198 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4301  Colicin V production protein  41.71 
 
 		 197 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.678611  normal  0.0583187 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3895  colicin V production protein  45.31 
 
 		 202 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.507461  normal  0.187677 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3933  colicin V production protein  41.71 
 
 		 197 aa  143  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.838461  normal  0.0661094 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4630  Colicin V production protein  42.05 
 
 		 198 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.202655  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2598  colicin V production protein  40.61 
 
 		 198 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.402841  normal  0.0450921 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3486  colicin V production protein  36.08 
 
 		 232 aa  103  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692742 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0405  colicin V production protein  35.54 
 
 		 236 aa  99  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0404  colicin V production protein  33.54 
 
 		 187 aa  95.9  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0488  CvpA protein  39.58 
 
 		 155 aa  95.1  5e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.888997  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3940  colicin V production protein  36.2 
 
 		 203 aa  94.4  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1711  colicin V production protein  35.98 
 
 		 189 aa  92.4  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0296079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2130  putative colicin V production protein  36.81 
 
 		 184 aa  81.3  0.000000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1785  colicin V production protein  34.97 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.170102 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1534  colicin V production protein  30.23 
 
 		 169 aa  68.6  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.452834  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1425  colicin V production protein  30.23 
 
 		 169 aa  68.6  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0356  colicin V production protein  30.23 
 
 		 169 aa  68.6  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1373  colicin V production protein  30.23 
 
 		 163 aa  67  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2794  colicin V production protein  29.46 
 
 		 166 aa  66.6  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1470  colicin V production protein  29.46 
 
 		 166 aa  66.2  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2879  Colicin V production protein  29.27 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.999004  normal  0.111961 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3329  colicin V production protein  29.46 
 
 		 166 aa  65.5  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2571  colicin V production protein  29.46 
 
 		 163 aa  65.1  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2455  putative colicin V production protein, dedE  32.52 
 
 		 204 aa  64.7  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1118  colicin V production protein  32.52 
 
 		 204 aa  64.7  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.439465 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1079  colicin V production protein (protein DedE)  30.17 
 
 		 163 aa  63.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1693  colicin V production protein  32.52 
 
 		 163 aa  63.5  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.339173 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4093  colicin V production protein  28.57 
 
 		 189 aa  63.2  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.799722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3762  colicin V production protein  27.97 
 
 		 185 aa  62  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1533  colicin V production protein  27.97 
 
 		 185 aa  62  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3812  cvpA family protein  32.43 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002878  colicin V production protein  31.39 
 
 		 163 aa  61.6  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4616  colicin V production protein  30.95 
 
 		 164 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.186008  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1999  colicin V production protein  27.27 
 
 		 185 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1667  colicin V production protein  32.43 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1044  Colicin V production protein  27.04 
 
 		 188 aa  60.8  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.572812 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1560  colicin V production protein  27.27 
 
 		 185 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.328677  normal  0.213335 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1805  colicin V production protein  27.22 
 
 		 178 aa  60.1  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03096  hypothetical protein  28.47 
 
 		 163 aa  60.5  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1343  Colicin V production protein  27.13 
 
 		 162 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0732005  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2691  colicin V production protein  27.13 
 
 		 162 aa  59.3  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02238  membrane protein required for colicin V production  27.13 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1339  colicin V production protein  27.13 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02198  hypothetical protein  27.13 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1553  colicin V production protein  27.04 
 
 		 189 aa  58.5  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0745627  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2464  colicin V production protein  27.13 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2607  colicin V production protein  27.13 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2469  colicin V production protein  27.13 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2152  colicin V production protein  29.27 
 
 		 165 aa  58.2  0.00000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.925685  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1955  colicin V production protein  29.45 
 
 		 184 aa  57.8  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1206  colicin V production protein  30.38 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0524  bacteriocin production protein  30.17 
 
 		 163 aa  57.4  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00361211  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2505  colicin V production protein  27.13 
 
 		 162 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2551  colicin V production protein  27.13 
 
 		 162 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3453  colicin V production protein  27.13 
 
 		 162 aa  57  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2593  colicin V production protein  27.13 
 
 		 162 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.272788  normal  0.627447 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2605  colicin V production protein  27.13 
 
 		 162 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.685477 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2714  colicin V production protein  27.13 
 
 		 162 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2862  colicin V production protein  26.36 
 
 		 162 aa  57  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.488852  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1091  colicin V production protein  26.54 
 
 		 161 aa  56.2  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.527466 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1608  colicin V production protein  31.82 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0777  colicin V production protein  28.32 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136777  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2875  putative bacteriocin production related protein  28.74 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1063  colicin V production protein  33.13 
 
 		 194 aa  54.7  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.377436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2461  colicin V production protein  25.9 
 
 		 165 aa  53.9  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.400499  normal  0.228634 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1482  colicin V production protein  30.91 
 
 		 162 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.842254 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2119  colicin V production protein  33.93 
 
 		 164 aa  53.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.73318  normal  0.0950051 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1907  colicin V production protein  27.49 
 
 		 174 aa  53.1  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4403  colicin V production protein  33.93 
 
 		 164 aa  53.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.454399  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1329  Colicin V production protein  25.32 
 
 		 192 aa  53.5  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0804105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3964  colicin V production protein  33.93 
 
 		 164 aa  53.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1799  colicin V production protein  30.39 
 
 		 187 aa  53.5  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.503822  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3564  colicin V production protein  33.93 
 
 		 164 aa  53.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3065  colicin V production protein  30 
 
 		 162 aa  53.1  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1429  colicin V production protein  30 
 
 		 162 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.550584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1494  colicin V production protein  30 
 
 		 162 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1154  Colicin V production protein  22.56 
 
 		 162 aa  53.1  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.418061  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2303  colicin V production protein  26.28 
 
 		 162 aa  52.4  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2438  colicin V production protein  28.18 
 
 		 162 aa  52  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34160  Colicin V production protein  27.03 
 
 		 170 aa  52  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23900  hypothetical protein  26.79 
 
 		 180 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00157781  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>