144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Asp-1 on replicon NC_002620
Organism: Chlamydia muridarum Nigg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002620  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.389049  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0008  tRNA-Asp  98.36 
 
 
74 bp  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.856422 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0025  tRNA-Asp  98.36 
 
 
74 bp  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.086727 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0048  tRNA-Asp  98.36 
 
 
74 bp  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0789708 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0059  tRNA-Asp  98.36 
 
 
74 bp  113  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  3.38363e-15  unclonable  9.22471e-08 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0009  tRNA-Asp  98.36 
 
 
74 bp  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0020  tRNA-Asp  96.72 
 
 
74 bp  105  1e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00624346  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0040  tRNA-Asp  96.72 
 
 
74 bp  105  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  3.89023e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAspVIMSS1309266  tRNA-Asp  96.72 
 
 
74 bp  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0002  tRNA-Asp  95.08 
 
 
74 bp  97.6  3e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.862537  normal  0.383164 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  90.54 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0016  tRNA-Asp  96.23 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAspVIMSS1309079  tRNA-Asp  96.23 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0027  tRNA-Asp  96.23 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0043  tRNA-Asp  96.23 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.101235  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAspVIMSS1309155  tRNA-Asp  96.23 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0722845  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAspVIMSS1309200  tRNA-Asp  96.23 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0997712 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAspVIMSS1309111  tRNA-Asp  96.23 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  89.19 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  89.19 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  89.19 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  89.19 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    89.19 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  89.19 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0025  tRNA-Asp  94.34 
 
 
74 bp  81.8  2e-14  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.883034 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAspVIMSS1309352  tRNA-Asp  94.34 
 
 
74 bp  81.8  2e-14  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0875089  normal  0.947878 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  86.49 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  86.49 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  86.49 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  86.49 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2219  tRNA-Asp  88.52 
 
 
79 bp  65.9  1e-09  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2259  tRNA-Asp  88.52 
 
 
79 bp  65.9  1e-09  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  86.96 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0094  tRNA-Asp  87.3 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0093  tRNA-Asp  87.3 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0096  tRNA-Asp  87.3 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.434013  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  85.14 
 
 
77 bp  60  7e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  85.14 
 
 
77 bp  60  7e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  85.14 
 
 
77 bp  60  7e-08  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0298  tRNA-Asp  85.14 
 
 
79 bp  60  7e-08  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00212865  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  85.14 
 
 
79 bp  60  7e-08  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  85.14 
 
 
77 bp  60  7e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  85.14 
 
 
77 bp  60  7e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  85.14 
 
 
77 bp  60  7e-08  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  85.14 
 
 
77 bp  60  7e-08  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  85.14 
 
 
74 bp  60  7e-08  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  85.14 
 
 
77 bp  60  7e-08  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  85.14 
 
 
77 bp  60  7e-08  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  85.14 
 
 
77 bp  60  7e-08  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  85.14 
 
 
77 bp  60  7e-08  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  85.14 
 
 
77 bp  60  7e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  85.51 
 
 
77 bp  58  3e-07  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  86.89 
 
 
77 bp  58  3e-07  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1156  tRNA-Asp  86.89 
 
 
77 bp  58  3e-07  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00893597  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1160  tRNA-Asp  86.89 
 
 
77 bp  58  3e-07  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0165656  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2178  tRNA-Asp  86.89 
 
 
79 bp  58  3e-07  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2182  tRNA-Asp  86.89 
 
 
79 bp  58  3e-07  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  86.89 
 
 
77 bp  58  3e-07  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1738  tRNA-Asp  86.89 
 
 
77 bp  58  3e-07  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  4.57664e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1734  tRNA-Asp  86.89 
 
 
77 bp  58  3e-07  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  5.27786e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  86.89 
 
 
77 bp  58  3e-07  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.520938  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0049  tRNA-Asp  88.46 
 
 
77 bp  56  1e-06  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14012  tRNA-Asp  88.46 
 
 
77 bp  56  1e-06  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.25537e-37  hitchhiker  3.44638e-06 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0055  tRNA-Asp  88.46 
 
 
74 bp  56  1e-06  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.509832  normal  0.38034 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06170  tRNA-Asp  88.46 
 
 
74 bp  56  1e-06  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.58434  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0051  tRNA-Asp  88.46 
 
 
77 bp  56  1e-06  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0020  tRNA-Asp  88.46 
 
 
77 bp  56  1e-06  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0046  tRNA-Asp  88.46 
 
 
77 bp  56  1e-06  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.923307  normal  0.624215 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0046  tRNA-Asp  88.46 
 
 
77 bp  56  1e-06  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0016  tRNA-Asp  88.46 
 
 
77 bp  56  1e-06  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.649998  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0045  tRNA-Asp  88.46 
 
 
77 bp  56  1e-06  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.280943 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0057  tRNA-Asp  88.46 
 
 
74 bp  56  1e-06  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116847  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  85.07 
 
 
77 bp  54  5e-06  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  85.07 
 
 
77 bp  54  5e-06  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  85.07 
 
 
77 bp  54  5e-06  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0005  tRNA-Asp  86.44 
 
 
74 bp  54  5e-06  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0326201  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  85.07 
 
 
77 bp  54  5e-06  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  85.07 
 
 
77 bp  54  5e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0015  tRNA-Asp  83.78 
 
 
77 bp  52  2e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  83.78 
 
 
77 bp  52  2e-05  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0014  tRNA-Asp  83.78 
 
 
77 bp  52  2e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55678  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0777  tRNA-Asp  83.78 
 
 
77 bp  52  2e-05  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  83.78 
 
 
77 bp  52  2e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0059  tRNA-Asp  85.25 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.938712  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0037  tRNA-Asp  85.25 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  1.02957e-11  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0038  tRNA-Asp  85.25 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298827  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  85.25 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  85.25 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  3.70726e-05  hitchhiker  2.54524e-07 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  85.25 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0028  tRNA-Asp  85.25 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00318123  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  85.25 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0062  tRNA-Asp  85.25 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  8.66023e-10  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0006  tRNA-Asp  87.76 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  4.33123e-10  normal  0.0757617 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  85.25 
 
 
79 bp  50.1  7e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  85.25 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  85.25 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  85.25 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  9.33276e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  85.25 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  2.03604e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  85.25 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0034  tRNA-Asp  88.89 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.848663  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>