More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0007 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0007  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00629205  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0018  tRNA-Ile  95.71 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0042  tRNA-Ile  95.71 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0002  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000539151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0004  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000076362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t03  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0009  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.425741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0024  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0009  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00618734  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0004  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.147077  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0004  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301418 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.575772  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0004  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000939428  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0468  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 79 bp  99.6  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000056688  normal  0.0165845 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0082  tRNA-Ile  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0466145  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0009  tRNA-Ile  96.55 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.11936  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0104  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000615074  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0127  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 79 bp  99.6  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000449492  normal  0.0406776 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0626  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 79 bp  99.6  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000339545  normal  0.0175706 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle01  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 80 bp  99.6  9e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle02  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 80 bp  99.6  9e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0008  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000696824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0059  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000373197  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4293  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 79 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000401395  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4265  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 79 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000229393  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4204  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 79 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000054398  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0009  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0002  tRNA-Ile  96.55 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0699442  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0042  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0171814  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0047  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.026073  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0052  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0029428  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0004  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0046  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000007266  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0003  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000253245  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0032  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6014  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0037  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.327005 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0030  tRNA-Ile  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4324  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0101134  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4348  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.265257  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4353  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.116887  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0547  tRNA-Ile  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0050  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303318 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0085  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0058  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.646695 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0064  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0072  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.152177 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0003  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00132267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0047  tRNA-Ile  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0049  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.319822 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0026  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0041  tRNA-Ile  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.339834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6007  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.358731 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0003  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0042  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0064  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.375989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0056  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0030  tRNA-Ile  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0003  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.784686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0051  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0058  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0064  tRNA-Ile  98.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00061  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0509967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00071  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100739  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0004  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00111877  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0077  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000248576  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0102  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00845186  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0006  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0108839  normal  0.0634944 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5077  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000584569  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5004  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000283414  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4268  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00604993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4315  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0699439  normal  0.201928 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4462  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0397855  hitchhiker  0.000732879 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4704  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000142472  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4123  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000989752  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0002  tRNA-Ile  95.31 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0015  tRNA-Ile  95.31 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.173828  normal  0.314939 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0273  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0036281  normal  0.436112 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0119  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000630461  hitchhiker  0.0000581532 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0214  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00923178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0090  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000296834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4641  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000032657  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4714  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000504108  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0016  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00171399  hitchhiker  0.0041284 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0085  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0425046  normal  0.137972 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0092  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00539323  decreased coverage  0.00141538 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0103  tRNA-Ile  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00507683  decreased coverage  0.00339417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>