38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0023 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0023    100 
 
 
372 bp  737  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0024    95.53 
 
 
291 bp  474  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0044  malonate transporter, MadM subunit  89.24 
 
 
765 bp  325  5e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0292354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3149  malonate transporter, MadM subunit  88.71 
 
 
765 bp  270  3e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6859  malonate transporter, MadM subunit  86.96 
 
 
765 bp  262  6e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0166    90.79 
 
 
267 bp  95.6  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.325308  normal  0.0268854 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4284  malonate/sodium symporter MadM subunit  83.54 
 
 
765 bp  95.6  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0339134  normal  0.953551 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3195  malonate transporter, MadM subunit  81.33 
 
 
765 bp  75.8  8e-12  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.585208 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0450  malonate/sodium symporter MadM subunit  92.45 
 
 
765 bp  73.8  3e-11  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.154895  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6324  malonate transporter, MadM subunit  91.23 
 
 
768 bp  73.8  3e-11  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2804  malonate transporter, M subunit  89.47 
 
 
768 bp  65.9  8e-09  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.118356  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5375  malonate transporter, MadM subunit  90.57 
 
 
765 bp  65.9  8e-09  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0760178  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2446  malonate transporter, MadM subunit  89.47 
 
 
765 bp  65.9  8e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1612  malonate/sodium symporter MadM subunit  89.29 
 
 
780 bp  63.9  3e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5294  malonate/sodium symporter MadM subunit  85.92 
 
 
765 bp  61.9  1e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0823289  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1158  malonate transporter, MadM subunit  85.33 
 
 
768 bp  61.9  1e-07  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1146  malonate transporter, MadM subunit  85.33 
 
 
768 bp  61.9  1e-07  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523152  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0300  malonate transporter subunit MadM  90.2 
 
 
765 bp  61.9  1e-07  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.62285  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2875  signal transduction histidine kinase, LytS  91.3 
 
 
765 bp  60  5e-07  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.369454  normal  0.783252 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10360  malonate transporter, MadM subunit  91.3 
 
 
768 bp  60  5e-07  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02640  putative malonate transporter, MadM subunit  88.68 
 
 
765 bp  58  2e-06  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.519007 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5079  malonate transporter, MadM subunit  94.44 
 
 
765 bp  56  7e-06  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3869  malonate transporter, MadM subunit  88 
 
 
765 bp  52  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4945  malonate transporter, MadM subunit  88 
 
 
765 bp  52  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0533752 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3038  malonate transporter, M subunit  85.96 
 
 
768 bp  50.1  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.218243  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1580  malonate transporter, M subunit  85.96 
 
 
768 bp  50.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.191573  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4411  malonate/sodium symporter MadM subunit  86.79 
 
 
768 bp  50.1  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.676957  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0787  malonate transporter, MadM subunit  86.79 
 
 
768 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1268  malonate transporter, MadM subunit  86.79 
 
 
768 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.548394  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1254  malonate transporter, MadM subunit  85.96 
 
 
768 bp  50.1  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0616  malonate transporter, MadM subunit  85.96 
 
 
768 bp  50.1  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1240  malonate transporter, MadM subunit  86.79 
 
 
768 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761133  normal  0.122304 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1450  malonate transporter, MadM subunit  85.96 
 
 
768 bp  50.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.53305  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1481  malonate transporter, MadM subunit  85.96 
 
 
768 bp  50.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315449  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0537  malonate transporter, MadM subunit  85.96 
 
 
768 bp  50.1  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.976582  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2051  malonate transporter, MadM subunit  86.79 
 
 
768 bp  50.1  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1065  malonate/sodium symporter MadM subunit  87.23 
 
 
765 bp  46.1  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1330  malonate/sodium symporter MadM subunit  86.27 
 
 
774 bp  46.1  0.007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>