More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_R0079 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_R0079  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.231908  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0024  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00249338  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0048  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00554369  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0654  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1372  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0020  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0164  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.405268  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1707  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1834  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0004  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171326  hitchhiker  0.00000000652292 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0518  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1712  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0004  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108101  normal  0.807397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0020  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.71083e-16  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0029  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000220959  unclonable  0.000000053075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0041  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000493148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1725  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.67576  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1705  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1510  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0077  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.329264  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2231  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2321  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 78 bp  105  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0507  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0352051  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0153  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1464  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0461  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.689398  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0040  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0053  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0033  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1523  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2157  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0456  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0384853  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1274  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2238  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 78 bp  105  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2257  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 78 bp  105  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.124846  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0035  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2188  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0064  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.801657 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0030  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.915184  normal  0.110132 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0058  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.819419 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0032  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0034  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000978021  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0060  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000596545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0080  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000119822  normal  0.781959 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0077  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000309206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0050  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0011  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.620126  normal  0.156635 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0028  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101563  normal  0.86399 
 
 
-
 
NC_003295  RS05584  tRNA-Ile  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00134136  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_003295  RS05733  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0746893  normal  0.61314 
 
 
-
 
NC_003296  RS05382  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0151411  normal  0.0932844 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0057  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0038  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.31999 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0051  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.257366  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0061  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0210957  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0072  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00338762  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0080  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0573035  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0011  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0380305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0039  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000177246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0059  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0052  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4325  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00976587  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4349  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.271842  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4354  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.118152  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0053  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0417957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0008  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000503883  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0006  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.118096  hitchhiker  0.00000272915 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0063  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0019  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0023  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0032  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0068  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000449242  hitchhiker  0.000000587301 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0091  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000387028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0032  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0003  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0096  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000493226 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0051  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0057  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0004  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  normal  0.758397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0055  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0151112  normal  0.444616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0042  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0776895  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0009  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000275815  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0014  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  6.55572e-16  normal  0.0217689 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0052  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000131419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0062  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.509078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0072  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0077  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000753043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0004  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000214056  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0065  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.195359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0065  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0004  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0040  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0060  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0015  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143157  hitchhiker  0.00508793 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0018  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0010  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.081559  normal  0.0343248 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>