156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_R0009 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.190028  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0008  tRNA-Arg  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.119735  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0038  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.427754  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0022  tRNA-Arg  94.83 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  2.7529e-12  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0080  tRNA-Arg  96 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0070  tRNA-Arg  96 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135947  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0023  tRNA-Arg  96 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.157994  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0050  tRNA-Arg  96 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000344943  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0062  tRNA-Arg  96 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0111  tRNA-Arg  96 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0020  tRNA-Arg  96 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0053  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0223382  normal  0.521756 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0063  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.257054  normal  0.817877 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0001  tRNA-Arg  92.86 
 
 
74 bp  79.8  8e-14  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.383152  normal  0.0513953 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0057  tRNA-Arg  91.67 
 
 
76 bp  79.8  8e-14  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.783183  normal  0.0478454 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0007  tRNA-Arg  94.12 
 
 
73 bp  77.8  3e-13  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.818817  hitchhiker  1.44488e-05 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0006  tRNA-Arg  95.74 
 
 
73 bp  77.8  3e-13  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.652554  normal  0.867561 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0009  tRNA-Arg  94 
 
 
73 bp  75.8  1e-12  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  94 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0014  tRNA-Arg  94 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0054104  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0056  tRNA-Arg  94 
 
 
73 bp  75.8  1e-12  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0009  tRNA-Arg  94 
 
 
73 bp  75.8  1e-12  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00118273  normal  0.0247339 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0005  tRNA-Arg  94 
 
 
73 bp  75.8  1e-12  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134244  hitchhiker  0.00821182 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0007  tRNA-Arg  94 
 
 
76 bp  75.8  1e-12  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0098  tRNA-Arg  92.59 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  2.37653e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0055  tRNA-Arg  94 
 
 
76 bp  75.8  1e-12  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0007  tRNA-Arg  94 
 
 
73 bp  75.8  1e-12  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0054  tRNA-Arg  94 
 
 
73 bp  75.8  1e-12  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0061  tRNA-Arg  94 
 
 
73 bp  75.8  1e-12  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.381329 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0048  tRNA-Arg  94 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00527947  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0057  tRNA-Arg  94 
 
 
73 bp  75.8  1e-12  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.32045  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0053  tRNA-Arg  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  3.76557e-08  hitchhiker  8.69297e-22 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  93.75 
 
 
73 bp  71.9  2e-11  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0052  tRNA-Arg  93.75 
 
 
73 bp  71.9  2e-11  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.483727  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0061  tRNA-Arg  93.75 
 
 
73 bp  71.9  2e-11  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0040  tRNA-Arg  91.07 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  7.53452e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  92.16 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0059  tRNA-Arg  93.62 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.673271  normal  0.352289 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0006  tRNA-Arg  95.35 
 
 
73 bp  69.9  8e-11  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0100  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00184606  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0051  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  7.84073e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5044  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  2.77575e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0024  tRNA-Arg  92 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0232798  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0277  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0785  tRNA-Arg  92 
 
 
79 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.40314e-31 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4997  tRNA-Arg  92 
 
 
79 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0299  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  7.67893e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0133  tRNA-Arg  92 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  9.90226e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4571  tRNA-Arg  92 
 
 
79 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  6.05128e-11  normal  0.110688 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  90.74 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0104  tRNA-Arg  92 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  5.27432e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0051  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  1.938e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0101  tRNA-Arg  92 
 
 
79 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00157662  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0860  tRNA-Arg  92 
 
 
79 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  4.6411e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5028  tRNA-Arg  92 
 
 
79 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  5.52339e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5639  tRNA-Arg  92 
 
 
79 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109335  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5672  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.12746e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5732  tRNA-Arg  92 
 
 
79 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.00542e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5813  tRNA-Arg  92 
 
 
79 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000449706  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0024  tRNA-Arg  92 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0223361  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0218  tRNA-Arg  92 
 
 
79 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  2.64905e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0063  tRNA-Arg  92 
 
 
76 bp  67.9  3e-10  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  92 
 
 
80 bp  67.9  3e-10  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  1.43078e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000847547  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.23447e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  92 
 
 
80 bp  67.9  3e-10  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  5.23953e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.353058  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  92 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  5.00778e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  92 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  6.92763e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  7.2092e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0137  tRNA-Arg  92 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00346099  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000407513  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  2.01078e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  2.19464e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  92 
 
 
80 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  1.2583e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5664  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  4.9458e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5694  tRNA-Arg  92 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  6.35784e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5726  tRNA-Arg  92 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  8.59141e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0065  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.68192e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0041  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26100  tRNA-Arg  91.67 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01900  tRNA-Arg  91.67 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.952445 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27060  tRNA-Arg  91.67 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.14879  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0007  tRNA-Arg  91.67 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.866395  normal  0.129572 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0006  tRNA-Arg  91.67 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0057  tRNA-Arg  91.67 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.921424  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0008  tRNA-Arg  91.67 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56031  normal  0.0314068 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0011  tRNA-Arg  93.18 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.836815 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0009  tRNA-Arg  91.67 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  1.19061e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0006  tRNA-Arg  91.67 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0005  tRNA-Arg  91.67 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  91.67 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  90 
 
 
74 bp  60  8e-08  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0605047  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0045  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  60  8e-08  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  1.78577e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90 
 
 
74 bp  60  8e-08  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0044  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  60  8e-08  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0030  tRNA-Arg  90 
 
 
74 bp  60  8e-08  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.238826  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>