50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2854 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2854  putative NAD-dependent formate dehydrogenase delta subunit protein  100 
 
 		 73 aa  147  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4095  NAD-dependent formate dehydrogenase delta subunit  52.7 
 
 		 90 aa  78.6  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.763702  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2895  putative NAD-dependent formate dehydrogenase delta subunit protein  47.14 
 
 		 76 aa  66.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3634  NAD-dependent formate dehydrogenase, delta subunit protein  46.67 
 
 		 81 aa  61.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.397021 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3923  formate dehydrogenase protein, delta subunit  42.47 
 
 		 81 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2851  hypothetical protein  49.28 
 
 		 73 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.524907  normal  0.621518 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2556  formate dehydrogenase delta subunit  43.48 
 
 		 67 aa  54.3  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.293437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3087  formate dehydrogenase delta subunit  43.94 
 
 		 80 aa  54.3  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1082  formate dehydrogenase delta subunit  44.78 
 
 		 73 aa  53.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2743  NAD-dependent formate dehydrogenase, delta subunit  44.78 
 
 		 73 aa  53.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.410603 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2381  NAD-dependent formate dehydrogenase delta subunit  45.31 
 
 		 79 aa  51.2  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1389  formate dehydrogenase, delta subunit  35.94 
 
 		 77 aa  50.8  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.695814  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3477  putative NAD-dependent formate dehydrogenase delta subunit protein  43.94 
 
 		 76 aa  50.8  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327274  normal  0.439831 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4643  putative NAD-dependent formate dehydrogenase  39.39 
 
 		 72 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3021  formate dehydrogenase delta subunit  40.98 
 
 		 74 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4143  formate dehydrogenase delta subunit  43.04 
 
 		 83 aa  48.9  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.143558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0253  hypothetical protein  42.86 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312238  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1810  formate dehydrogenase, delta subunit  42.03 
 
 		 67 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0722  NAD-dependent formate dehydrogenase delta subunit  40.3 
 
 		 72 aa  48.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0551  hypothetical protein  43.06 
 
 		 83 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.946361  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1030  hypothetical protein  43.06 
 
 		 83 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2749  hypothetical protein  39.71 
 
 		 98 aa  48.1  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135968 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1862  NAD-dependent formate dehydrogenase, delta subunit  40 
 
 		 76 aa  48.1  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2186  formate dehydrogenase, delta subunit, putative  40.98 
 
 		 67 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0989  hypothetical protein  43.06 
 
 		 83 aa  47.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.474729  normal  0.384046 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3658  putative NAD-dependent formate dehydrogenase  32.31 
 
 		 85 aa  47.4  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.244302 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0557  formate dehydrogenase subunit delta  39.68 
 
 		 80 aa  47  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.205541  normal  0.367433 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2367  formate dehydrogenase, delta subunit  41.77 
 
 		 83 aa  45.8  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.80224 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0963  formate dehydrogenase delta subunit  40.91 
 
 		 83 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0323094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4870  hypothetical protein  37.7 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0372261 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0621  formate dehydrogenase delta subunit  39.68 
 
 		 74 aa  44.7  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4915  hypothetical protein  42.03 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.633746  normal  0.374685 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3551  hypothetical protein  39.34 
 
 		 67 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0621  putative NAD-dependent formate dehydrogenase delta subunit  43.33 
 
 		 71 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0807  putative NAD-dependent formate dehydrogenase  38.33 
 
 		 71 aa  43.5  0.0009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4407  hypothetical protein  37.7 
 
 		 146 aa  43.5  0.0009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3024  NAD-dependent formate dehydrogenase, delta subunit  39.39 
 
 		 83 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.162874  normal  0.0104026 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0894  formate dehydrogenase, delta subunit  40.58 
 
 		 83 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.222055  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0991  hypothetical protein  41.18 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0906  formate dehydrogenase, delta subunit  40.58 
 
 		 83 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.104938 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2356  hypothetical protein  46.15 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1709  formate dehydrogenase, delta subunit  38.1 
 
 		 67 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.774392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0718  formate dehydrogenase delta subunit  37.5 
 
 		 72 aa  42  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.936789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0837  hypothetical protein  40.48 
 
 		 76 aa  41.2  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0898913  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4999  hypothetical protein  45.95 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.188748  hitchhiker  0.00143677 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3013  NAD-dependent formate dehydrogenase delta subunit  42.86 
 
 		 86 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2596  formate dehydrogenase, delta subunit  42.86 
 
 		 86 aa  41.2  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.576225  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0451  formate dehydrogenase, delta subunit  42.86 
 
 		 86 aa  41.2  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.824434  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2965  formate dehydrogenase, delta subunit  42.86 
 
 		 86 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2903  formate dehydrogenase, delta subunit  42.86 
 
 		 86 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>