More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_R0010 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_t00001  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00294227  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00061  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0509967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00071  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100739  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0004  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00111877  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0077  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000248576  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0102  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00845186  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5077  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000584569  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5004  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000283414  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4268  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00604993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0289  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0256101  normal  0.468385 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0092  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00539323  decreased coverage  0.00141538 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4458  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000985365  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4123  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000989752  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0010  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0425251  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4641  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000032657  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0213  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000151155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0020  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00394718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0006  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0108839  normal  0.0634944 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4375  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000507491  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4375  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.120949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0273  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124539  normal  0.840677 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0214  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00923178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0119  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000630461  hitchhiker  0.0000581532 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3573  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000468269  normal  0.424687 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0002  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.227542  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4315  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0699439  normal  0.201928 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5092  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000866499  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4462  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0397855  hitchhiker  0.000732879 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4714  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000504108  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4704  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000142472  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0103  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00507683  decreased coverage  0.00339417 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0278  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00714159  normal  0.415657 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4196  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0226265  normal  0.767758 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4344  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0232585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0292  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000120643  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0273  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0036281  normal  0.436112 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0016  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0097  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.15817  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0084  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0568222  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0028  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0390345  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0100  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.806479  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0079  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.115073  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4539  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00250858  hitchhiker  0.00000000000409662 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0006  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000238221  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4219  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00450756  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0016  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00171399  hitchhiker  0.0041284 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0085  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0425046  normal  0.137972 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0090  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000296834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0013  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.111402  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0094  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00126026  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4600  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000666504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5291  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000449228  normal  0.256663 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0196  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0127  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000449492  normal  0.0406776 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4293  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000401395  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0104  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000615074  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0059  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000373197  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000253245  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0468  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000056688  normal  0.0165845 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4265  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000229393  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4204  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000054398  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle01  tRNA-Ile  100 
 
 		 80 bp  127  4.0000000000000003e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle02  tRNA-Ile  100 
 
 		 80 bp  127  4.0000000000000003e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0046  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000007266  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0626  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000339545  normal  0.0175706 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0114  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000347317  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t042  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0159624  hitchhiker  0.000000229903 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t064  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0175  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770081  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0036  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0271306  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0160  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0152441  normal  0.0451567 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0020  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0504823  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0051  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00698245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0011  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0129022  hitchhiker  0.000473278 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0008  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770657  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0157  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.131945  hitchhiker  0.00000102805 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0009  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0154814  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0098  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.331727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0008  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289136  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0118  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000845195  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0067  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000189357  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0007  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000911687  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0081  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000962065  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0010  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000891119  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0002  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0365419  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0021  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000203116  normal  0.0522769 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0072  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0761618  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0005  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000734395  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0062  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00713608  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0127  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000330359  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0008  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00154963  normal  0.549393 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0070  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000447214  normal  0.107395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0135  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000335927  normal  0.0144188 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0117  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000183962  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0084  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0017286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t050  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0331004  hitchhiker  0.0000227439 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t009  tRNA-Ile  98.39 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111936  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>