23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0034 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_R0034  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000064346  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0049  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000127869 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0042  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000634345  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0038  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000125713  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-His-1  tRNA-His  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505753  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0033  tRNA-His  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000111459  hitchhiker  0.00510408 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0030  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.176663  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0123  tRNA-His  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000064572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5231  tRNA-His  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000873931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4320  tRNA-His  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000321516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4158  tRNA-His  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000071707  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4143  tRNA-His  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000628475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4261  tRNA-His  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00000854975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4212  tRNA-His  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000802937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4162  tRNA-His  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000163732  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4162  tRNA-His  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244422  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00068  tRNA-His  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000377895  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5088  tRNA-His  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000459439  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4711  tRNA-His  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.57467e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0010  tRNA-His  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0035  tRNA-His  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000246336  normal  0.0312371 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0106  tRNA-His  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.83328e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00129328  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>