17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4507 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4507  10Sa RNA SsrA (tmRNA)  100 
 
 		 314 bp  622  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00053316  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0030    84.26 
 
 		 330 bp  208  7e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.403318  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1357  sRNA  87.74 
 
 		 329 bp  206  3e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.205162  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0028    91.25 
 
 		 332 bp  103  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19076  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0929  10Sa RNA (tmRNA)  88.57 
 
 		 305 bp  75.8  0.000000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.393655  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4341  tmRNA, 10Sa RNA  97.44 
 
 		 317 bp  69.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0047    87.14 
 
 		 336 bp  67.9  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0060    89.06 
 
 		 355 bp  65.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944298 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0040  tmRNA, 10Sa RNA  100 
 
 		 242 bp  65.9  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0281773  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0062    93.18 
 
 		 348 bp  63.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0046    85.92 
 
 		 317 bp  61.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.144526  normal  0.384811 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0026    97.14 
 
 		 336 bp  61.9  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.246209 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0023    94.74 
 
 		 330 bp  60  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.307359 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0045    85.71 
 
 		 321 bp  60  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0021    96.97 
 
 		 319 bp  58  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.141944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0013    96.88 
 
 		 330 bp  56  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.102486  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0047    93.75 
 
 		 314 bp  48.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.845635 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>