40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5978 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5978  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  100 
 
 		 104 aa  214  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4718  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  57.69 
 
 		 104 aa  127  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3441  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  52.43 
 
 		 108 aa  117  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3094  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  52.43 
 
 		 108 aa  117  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5990  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  52.43 
 
 		 108 aa  117  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2087  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  52.43 
 
 		 108 aa  117  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.266224  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2106  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  52.43 
 
 		 108 aa  117  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.844968  normal  0.217375 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1972  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  52.43 
 
 		 108 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113756  normal  0.906613 
 
 
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NC_007509  Bcep18194_C7247  ethyl tert-butyl ether degradation protein, EthD  52.43 
 
 		 108 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.229987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6225  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  49.51 
 
 		 108 aa  115  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00821  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  50 
 
 		 119 aa  114  3e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0976137  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2708  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  51.49 
 
 		 103 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0707  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  47.06 
 
 		 104 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0206  normal  0.431639 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1877  EthD  45.54 
 
 		 109 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5694  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  47.57 
 
 		 108 aa  107  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2068  hypothetical protein  44.55 
 
 		 109 aa  105  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283798  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3870  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  42.45 
 
 		 107 aa  100  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5139  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  45.1 
 
 		 142 aa  92  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.249739  hitchhiker  0.00632638 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2223  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  39.22 
 
 		 131 aa  88.2  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.260366 
 
 
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NC_012918  GM21_1013  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  38.24 
 
 		 101 aa  85.9  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0608  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  43.27 
 
 		 106 aa  85.9  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3112  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  40.38 
 
 		 106 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1640  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  37.25 
 
 		 111 aa  79  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0576877 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0881  hypothetical protein  40.38 
 
 		 106 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.87022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0686  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  40.78 
 
 		 103 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.761017  normal  1 
 
 
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NC_008043  TM1040_3503  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  31.37 
 
 		 104 aa  75.1  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.358268 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2334  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  33.65 
 
 		 100 aa  72.8  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00612684  normal  0.644511 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4538  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  41.18 
 
 		 105 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010725  Mpop_2764  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  41.58 
 
 		 108 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4472  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  40 
 
 		 105 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0177  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  36.27 
 
 		 103 aa  66.6  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2867  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  40.59 
 
 		 108 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.169776  normal  1 
 
 
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NC_010172  Mext_2641  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  40.59 
 
 		 108 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.444029  normal  0.676741 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3594  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  33.66 
 
 		 103 aa  63.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3681  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  38.61 
 
 		 103 aa  62  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.401382 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0215  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  32.41 
 
 		 111 aa  58.2  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00587315 
 
 
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NC_008009  Acid345_0769  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  30.39 
 
 		 106 aa  55.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.500812 
 
 
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NC_009952  Dshi_2482  hypothetical protein  33.66 
 
 		 102 aa  55.5  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_3458  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  30.1 
 
 		 100 aa  53.5  0.0000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009511  Swit_1544  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  29.59 
 
 		 101 aa  40.4  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113228 
 
 
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