16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4505 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4505  ISPpu13, transposase Orf3  100 
 
 		 82 aa  171  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3115  ISPpu13, transposase Orf3  42.31 
 
 		 104 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.542239 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3984  ISPpu13, transposase Orf3  42.31 
 
 		 86 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00560225 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2764  hypothetical protein  47.22 
 
 		 76 aa  67.8  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.563488  normal  0.647185 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4100  hypothetical protein  42.86 
 
 		 77 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128205  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4000  hypothetical protein  44.44 
 
 		 76 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0651  hypothetical protein  41.67 
 
 		 74 aa  61.2  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7046  transposase  41.67 
 
 		 77 aa  58.2  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9093  hypothetical protein  41.67 
 
 		 77 aa  58.2  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.313804  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0689  hypothetical protein  41.67 
 
 		 77 aa  58.2  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3406  hypothetical protein  41.67 
 
 		 77 aa  58.2  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3515  hypothetical protein  35.06 
 
 		 80 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.780841  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3434  hypothetical protein  42.86 
 
 		 77 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1790  preprotein translocase subunit SecA (ATPase, RNA helicase)  36.99 
 
 		 79 aa  49.3  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.896296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2155  preprotein translocase subunit SecA (ATPase, RNA helicase)  37.5 
 
 		 77 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0962171 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2207  hypothetical protein  37.5 
 
 		 87 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000213611  unclonable  0.0000000000580335 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>