106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2444 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2444  putative lipoprotein B precursor transmembrane  100 
 
 		 163 aa  319  9.999999999999999e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.553692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2833  rare lipoprotein B  39.49 
 
 		 168 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2587  rare lipoprotein B  40.62 
 
 		 183 aa  106  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.890824  hitchhiker  0.0000000000573442 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0543  rare lipoprotein B  36.55 
 
 		 172 aa  105  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.263488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2972  rare lipoprotein B  38.73 
 
 		 171 aa  104  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1201  Rare lipoprotein B  39.16 
 
 		 175 aa  104  6e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.877221  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2156  rare lipoprotein B  37.32 
 
 		 179 aa  103  9e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0622  rare lipoprotein B  38.22 
 
 		 183 aa  98.2  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.696129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0512  rare lipoprotein B  38.3 
 
 		 170 aa  97.4  8e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2743  putative lipoprotein B precursor transmembrane  35.92 
 
 		 169 aa  96.3  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0576  rare lipoprotein B  38.22 
 
 		 183 aa  94.7  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3379  rare lipoprotein B  39.87 
 
 		 183 aa  94  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000235513 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0550  rare lipoprotein B  38.22 
 
 		 183 aa  94  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.951717  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0172  rare lipoprotein B  37.59 
 
 		 176 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0655  rare lipoprotein B  37.59 
 
 		 176 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2982  Rare lipoprotein B  35.21 
 
 		 174 aa  92.8  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2572  Rare lipoprotein B  35.21 
 
 		 174 aa  92.8  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.136179  normal  0.613264 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3741  rare lipoprotein B  39.07 
 
 		 177 aa  92  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0664658 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2452  putative lipoprotein  38.85 
 
 		 183 aa  91.7  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0369  putative lipoprotein  38.85 
 
 		 183 aa  91.7  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1228  putative lipoprotein  38.85 
 
 		 183 aa  91.7  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3414  putative lipoprotein  38.85 
 
 		 183 aa  91.7  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3449  putative lipoprotein  38.85 
 
 		 183 aa  91.7  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2639  putative lipoprotein  38.85 
 
 		 183 aa  91.7  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0577  rare lipoprotein B  38.19 
 
 		 169 aa  89  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.330293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2731  rare lipoprotein B  37.59 
 
 		 176 aa  89.4  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.255924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3450  putative lipoprotein  38.62 
 
 		 176 aa  88.6  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.978876  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1212  putative lipoprotein  37.93 
 
 		 176 aa  87.4  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4604  rare lipoprotein B  34.23 
 
 		 168 aa  86.3  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3785  rare lipoprotein B  32.14 
 
 		 171 aa  85.9  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.202696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1072  rare lipoprotein B  40.37 
 
 		 167 aa  85.1  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0217  putative lipoprotein B precursor  35.42 
 
 		 169 aa  84.3  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6002  rare lipoprotein B  35.37 
 
 		 168 aa  82.4  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0759  rare lipoprotein B  35.37 
 
 		 163 aa  82.4  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4547  rare lipoprotein B  35.4 
 
 		 168 aa  80.1  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0423  Rare lipoprotein B  34.48 
 
 		 173 aa  74.3  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0480  rare lipoprotein B  34.53 
 
 		 190 aa  70.5  0.000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2664  rare lipoprotein B  33.11 
 
 		 161 aa  70.1  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167141  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3916  rare lipoprotein B  31.97 
 
 		 169 aa  68.9  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3265  Rare lipoprotein B  31.97 
 
 		 169 aa  68.9  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0233  rare lipoprotein B precursor  25.81 
 
 		 175 aa  67.4  0.00000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4813  lipoprotein, putative  31.1 
 
 		 201 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4353  rare lipoprotein B  30.49 
 
 		 201 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4958  rare lipoprotein B  32.1 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.665092 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0255  rare lipoprotein B precursor  26.54 
 
 		 175 aa  62.4  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1452  rare lipoprotein B  28.66 
 
 		 172 aa  60.1  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.334843  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0704  rare lipoprotein B  31.33 
 
 		 169 aa  60.1  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00180129  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2583  rare lipoprotein B  31.61 
 
 		 164 aa  60.1  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.259622  normal  0.446935 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1190  rare lipoprotein B  26.58 
 
 		 171 aa  59.7  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2864  rare lipoprotein B  30.86 
 
 		 164 aa  59.3  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.012268  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0704  LPS-assembly lipoprotein RlpB  31.14 
 
 		 196 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.712434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0763  LPS-assembly lipoprotein RlpB  31.14 
 
 		 196 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.447901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0807  LPS-assembly lipoprotein RlpB  31.14 
 
 		 196 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.914545 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0690  LPS-assembly lipoprotein RlpB  30.3 
 
 		 196 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0364606  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0750  LPS-assembly lipoprotein RlpB  31.14 
 
 		 196 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2278  rare lipoprotein B  30.77 
 
 		 177 aa  57.8  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1186  LPS-assembly lipoprotein RlpB  30.46 
 
 		 184 aa  57.8  0.00000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.250685  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1097  LPS-assembly lipoprotein RlpB  27.92 
 
 		 182 aa  57.8  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.590366  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3145  LPS-assembly lipoprotein RlpB  29.89 
 
 		 184 aa  57  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1173  rare lipoprotein B  30.82 
 
 		 164 aa  56.6  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0996  rare lipoprotein B  30.82 
 
 		 164 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.106946  normal  0.100935 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1061  rare lipoprotein B  30.82 
 
 		 164 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.702288  hitchhiker  0.00672321 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1000  rare lipoprotein B  30.82 
 
 		 164 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00115178  normal  0.163142 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1721  rare lipoprotein B  33.33 
 
 		 167 aa  55.5  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1301  hypothetical protein  26.17 
 
 		 163 aa  55.8  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1300  hypothetical protein  26.17 
 
 		 163 aa  55.8  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2930  rare lipoprotein B  29.63 
 
 		 164 aa  55.8  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.692064  decreased coverage  0.00636409 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3144  rare lipoprotein B  31.06 
 
 		 164 aa  55.5  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000366189  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3270  rare lipoprotein B  28.39 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.527962  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3448  rare lipoprotein B  28.39 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.124406  hitchhiker  0.000604669 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0730  LPS-assembly lipoprotein RlpB  30.91 
 
 		 193 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal  0.786267 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1097  Rare lipoprotein B  28.39 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0312036  hitchhiker  0.000000000546863 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1120  hypothetical protein  29.45 
 
 		 208 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.904149  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3004  LPS-assembly lipoprotein RlpB  30.91 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00131027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1175  LPS-assembly lipoprotein RlpB  27.1 
 
 		 189 aa  53.9  0.0000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.126781 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3312  rare lipoprotein B  30.57 
 
 		 164 aa  53.9  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000159395  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0796  rare lipoprotein B  29.24 
 
 		 165 aa  53.9  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.256578  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12210  hypothetical protein  28.77 
 
 		 207 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00610  minor lipoprotein  29.7 
 
 		 193 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0274387  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2985  Rare lipoprotein B  29.7 
 
 		 193 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000576155  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0693  LPS-assembly lipoprotein RlpB  29.7 
 
 		 193 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00387404  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0667  LPS-assembly lipoprotein RlpB  29.7 
 
 		 193 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000932859  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00599  hypothetical protein  29.7 
 
 		 193 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.025084  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0661  LPS-assembly lipoprotein RlpB  29.7 
 
 		 193 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0110358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3703  rare lipoprotein B  24.85 
 
 		 164 aa  52.8  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00988017  hitchhiker  0.0000022488 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0610  LPS-assembly lipoprotein RlpB  29.7 
 
 		 193 aa  53.1  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00711824  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1206  LPS-assembly lipoprotein RlpB  27.52 
 
 		 186 aa  51.6  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.730747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3787  rare lipoprotein B  28.4 
 
 		 203 aa  51.2  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0786655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1743  putative lipoprotein B precursor  26.21 
 
 		 187 aa  50.1  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0430569  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08990  hypothetical protein  33.11 
 
 		 208 aa  50.4  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.518811  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3480  rare lipoprotein B  25.45 
 
 		 164 aa  48.9  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0408224  hitchhiker  0.000000129712 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0989  rare lipoprotein B precursor  27.16 
 
 		 210 aa  48.5  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.193759  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1565  rare lipoprotein B  27.33 
 
 		 173 aa  48.1  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2745  rare lipoprotein B  27.97 
 
 		 191 aa  47.8  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3309  hypothetical protein  24.03 
 
 		 170 aa  45.8  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0269686 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0618  Rare lipoprotein B-like protein  28.75 
 
 		 172 aa  45.4  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0458  rare lipoprotein B, putative  28.75 
 
 		 172 aa  45.4  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0472132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1556  rare lipoprotein B  26 
 
 		 167 aa  43.5  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.22375  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2927  LPS-assembly lipoprotein RlpB  28.57 
 
 		 207 aa  43.9  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1843  LPS-assembly lipoprotein RlpB  28.57 
 
 		 207 aa  43.9  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>