83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1697 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1697  hypothetical protein  100 
 
 
277 aa  565  1e-160  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1766  hypothetical protein  75.72 
 
 
280 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.530453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1803  hypothetical protein  76.09 
 
 
280 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.303771  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1759  hypothetical protein  76.09 
 
 
280 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2519  hypothetical protein  76.09 
 
 
280 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.830114 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1645  hypothetical protein  76.09 
 
 
280 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942277  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1623  hypothetical protein  76.09 
 
 
279 aa  436  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0568829 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1868  hypothetical protein  75.72 
 
 
279 aa  437  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1630  hypothetical protein  75.72 
 
 
279 aa  434  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0406608 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1555  hypothetical protein  76.09 
 
 
279 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2281  hypothetical protein  71.9 
 
 
277 aa  419  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.014395  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2056  hypothetical protein  70.55 
 
 
279 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00868426  normal  0.106459 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1618  hypothetical protein  68.84 
 
 
277 aa  403  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.165792  normal  0.0266154 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2610  hypothetical protein  68.73 
 
 
277 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2481  hypothetical protein  67.75 
 
 
277 aa  394  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0367564  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1966  hypothetical protein  65.22 
 
 
276 aa  367  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.294395  normal  0.185697 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1518  hypothetical protein  56.88 
 
 
280 aa  315  4e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0135842 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4487  hypothetical protein  49.26 
 
 
284 aa  276  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.830856  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003424  hypothetical protein  48.38 
 
 
277 aa  275  7e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.303245  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1452  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.91 
 
 
277 aa  273  2.0000000000000002e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1111  hypothetical protein  48.55 
 
 
298 aa  273  3e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1724  hypothetical protein  47.46 
 
 
301 aa  272  4.0000000000000004e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.437519  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02354  hypothetical protein  48.74 
 
 
277 aa  270  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1514  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.64 
 
 
279 aa  262  4.999999999999999e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.493123 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1593  hypothetical protein  46.21 
 
 
278 aa  259  4e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3786  RNA binding S1  45.85 
 
 
278 aa  258  9e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.198165  normal  0.0264698 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1446  RNA binding S1  44.6 
 
 
278 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2031  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.91 
 
 
277 aa  244  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3864  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.09 
 
 
278 aa  241  7e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1813  hypothetical protein  46.01 
 
 
277 aa  241  1e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0500461  normal  0.539487 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1813  hypothetical protein  42.91 
 
 
283 aa  240  2e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.307669 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4253  hypothetical protein  44.77 
 
 
279 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49930  hypothetical protein  44.96 
 
 
279 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.358542 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5129  RNA binding S1 domain protein  42.39 
 
 
276 aa  238  1e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.64066 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16900  RNA binding protein, S1 family  43.64 
 
 
289 aa  236  3e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4023  hypothetical protein  43.27 
 
 
277 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3187  GntR family transcriptional regulator  43.68 
 
 
280 aa  234  8e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.547241  normal  0.0826379 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4071  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.09 
 
 
278 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4563  RNA binding S1 domain protein  45.09 
 
 
278 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1326  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.73 
 
 
278 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2136  RNA binding S1 domain protein  44.73 
 
 
274 aa  230  2e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000118125  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4021  hypothetical protein  45.09 
 
 
276 aa  230  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000280354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2080  RNA binding S1 domain protein  44.36 
 
 
274 aa  230  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.56309e-28 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1515  nucleic acid binding protein  40 
 
 
276 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2783  hypothetical protein  40.43 
 
 
284 aa  215  8e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0117976  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3240  uncharacterized protein-like protein  42.6 
 
 
280 aa  212  3.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2647  hypothetical protein  41.45 
 
 
274 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.902029  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11108  hypothetical protein  36.36 
 
 
276 aa  202  3e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.533639  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2473  RNA binding S1 domain protein  38.49 
 
 
282 aa  194  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.728532 
 
 
-
 
NC_002950  PG1727  yitL protein  34.43 
 
 
287 aa  187  1e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2579  RNA binding S1 domain protein  36.73 
 
 
277 aa  187  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.401264 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0056  RNA binding S1  43.52 
 
 
301 aa  185  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0235  hypothetical protein  39.26 
 
 
295 aa  183  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000105707  hitchhiker  0.0000000000000116702 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0626  hypothetical protein  35.53 
 
 
279 aa  181  2e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000762305  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01079  hypothetical protein  35.62 
 
 
305 aa  179  5.999999999999999e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2903  RNA binding S1 domain protein  36.33 
 
 
278 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.144767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0250  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.5 
 
 
279 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000115612  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0312  hypothetical protein  34.66 
 
 
282 aa  171  9e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1902  hypothetical protein  34.52 
 
 
280 aa  156  4e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000109992  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1621  hypothetical protein  33.81 
 
 
280 aa  152  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222991  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1214  hypothetical protein  26.55 
 
 
284 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1062  RNA-binding S1 domain-containing protein  25.45 
 
 
284 aa  97.4  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0425998  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1319  hypothetical protein  26.55 
 
 
284 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.270285  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1274  hypothetical protein  26.55 
 
 
284 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.51389  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4127  hypothetical protein  26.18 
 
 
284 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.098552  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1065  hypothetical protein  26.01 
 
 
284 aa  96.7  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1060  hypothetical protein  26.01 
 
 
284 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1082  hypothetical protein  26.01 
 
 
284 aa  96.7  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1167  hypothetical protein  26.01 
 
 
284 aa  96.7  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1241  hypothetical protein  26.01 
 
 
284 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0877  RNA-binding S1 domain-containing protein  25.95 
 
 
284 aa  92.4  7e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1187  hypothetical protein  37.59 
 
 
151 aa  87.4  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0712  RNA binding S1 domain protein  25.74 
 
 
286 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000721227  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0883  RNA-binding protein  28.87 
 
 
297 aa  79.3  0.00000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000841553 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2289  RNA-binding protein  28.63 
 
 
285 aa  70.1  0.00000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1511  hypothetical protein  26.91 
 
 
284 aa  69.7  0.00000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00830658  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0752  hypothetical protein  25.99 
 
 
293 aa  65.9  0.0000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000115591  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1481  hypothetical protein  25.3 
 
 
300 aa  63.5  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0886  RNA binding S1 domain protein  22.71 
 
 
274 aa  63.9  0.000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000369657  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1452  hypothetical protein  25.3 
 
 
300 aa  63.5  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.288819  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0961  hypothetical protein  23.65 
 
 
298 aa  62.8  0.000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.93034  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1301  RNA-binding protein  24.28 
 
 
287 aa  62.4  0.000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.237432  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0476  RNA-binding protein  25.4 
 
 
299 aa  59.3  0.00000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>