83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1868 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1868  hypothetical protein  100 
 
 		 279 aa  567  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1555  hypothetical protein  97.13 
 
 		 279 aa  553  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1630  hypothetical protein  96.77 
 
 		 279 aa  552  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0406608 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1623  hypothetical protein  96.77 
 
 		 279 aa  551  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0568829 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1766  hypothetical protein  90.29 
 
 		 280 aa  517  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.530453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1803  hypothetical protein  90.29 
 
 		 280 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.303771  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1759  hypothetical protein  90.29 
 
 		 280 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2519  hypothetical protein  90.29 
 
 		 280 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.830114 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1645  hypothetical protein  89.53 
 
 		 280 aa  511  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942277  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1618  hypothetical protein  75.45 
 
 		 277 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.165792  normal  0.0266154 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2281  hypothetical protein  76.28 
 
 		 277 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.014395  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1697  hypothetical protein  75.72 
 
 		 277 aa  437  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2056  hypothetical protein  73.12 
 
 		 279 aa  434  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00868426  normal  0.106459 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2610  hypothetical protein  71.84 
 
 		 277 aa  424  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2481  hypothetical protein  67.87 
 
 		 277 aa  408  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0367564  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1966  hypothetical protein  69.93 
 
 		 276 aa  392  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.294395  normal  0.185697 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1518  hypothetical protein  56.52 
 
 		 280 aa  317  2e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0135842 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1724  hypothetical protein  48.19 
 
 		 301 aa  285  4e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.437519  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4487  hypothetical protein  50.37 
 
 		 284 aa  283  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.830856  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003424  hypothetical protein  48.38 
 
 		 277 aa  279  4e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.303245  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1452  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.82 
 
 		 277 aa  278  7e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02354  hypothetical protein  49.1 
 
 		 277 aa  278  8e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1111  hypothetical protein  47.83 
 
 		 298 aa  273  3e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3786  RNA binding S1  46.93 
 
 		 278 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.198165  normal  0.0264698 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1593  hypothetical protein  47.29 
 
 		 278 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1446  RNA binding S1  47.12 
 
 		 278 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3864  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.35 
 
 		 278 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3187  GntR family transcriptional regulator  46.95 
 
 		 280 aa  258  8e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.547241  normal  0.0826379 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4563  RNA binding S1 domain protein  47.99 
 
 		 278 aa  258  8e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1326  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.99 
 
 		 278 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4071  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.99 
 
 		 278 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49930  hypothetical protein  46.57 
 
 		 279 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.358542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4253  hypothetical protein  46.21 
 
 		 279 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1514  RNA-binding S1 domain-containing protein  44 
 
 		 279 aa  251  7e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.493123 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4023  hypothetical protein  44.96 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16900  RNA binding protein, S1 family  46.15 
 
 		 289 aa  249  3e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1813  hypothetical protein  44.33 
 
 		 283 aa  246  4e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.307669 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2031  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.83 
 
 		 277 aa  245  4.9999999999999997e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1813  hypothetical protein  44.2 
 
 		 277 aa  243  3e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0500461  normal  0.539487 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4021  hypothetical protein  45.82 
 
 		 276 aa  238  6.999999999999999e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000280354  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1515  nucleic acid binding protein  42.44 
 
 		 276 aa  238  8e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5129  RNA binding S1 domain protein  42.75 
 
 		 276 aa  237  1e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64066 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2136  RNA binding S1 domain protein  44 
 
 		 274 aa  230  2e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000118125  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2080  RNA binding S1 domain protein  43.27 
 
 		 274 aa  230  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.56309e-28 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2783  hypothetical protein  41.49 
 
 		 284 aa  226  3e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0117976  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11108  hypothetical protein  40.73 
 
 		 276 aa  220  1.9999999999999999e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.533639  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3240  uncharacterized protein-like protein  43.32 
 
 		 280 aa  212  3.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2647  hypothetical protein  41.01 
 
 		 274 aa  210  2e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.902029  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1727  yitL protein  37.68 
 
 		 287 aa  206  3e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2473  RNA binding S1 domain protein  38.99 
 
 		 282 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.728532 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2903  RNA binding S1 domain protein  39.01 
 
 		 278 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.144767  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2579  RNA binding S1 domain protein  36.92 
 
 		 277 aa  189  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.401264 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0235  hypothetical protein  39.56 
 
 		 295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000105707  hitchhiker  0.0000000000000116702 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0056  RNA binding S1  43.32 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0312  hypothetical protein  34.67 
 
 		 282 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01079  hypothetical protein  35.62 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0626  hypothetical protein  34.93 
 
 		 279 aa  174  9.999999999999999e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000762305  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0250  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.13 
 
 		 279 aa  167  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000115612  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1902  hypothetical protein  35 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000109992  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1621  hypothetical protein  34.29 
 
 		 280 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222991  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1062  RNA-binding S1 domain-containing protein  25.82 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0425998  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1214  hypothetical protein  28.47 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1274  hypothetical protein  26.91 
 
 		 284 aa  107  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.51389  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4127  hypothetical protein  26.55 
 
 		 284 aa  107  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.098552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1319  hypothetical protein  26.91 
 
 		 284 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.270285  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1167  hypothetical protein  26.55 
 
 		 284 aa  105  8e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1241  hypothetical protein  26.55 
 
 		 284 aa  105  8e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1060  hypothetical protein  26.55 
 
 		 284 aa  105  8e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1065  hypothetical protein  26.55 
 
 		 284 aa  105  8e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1082  hypothetical protein  26.55 
 
 		 284 aa  105  8e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0877  RNA-binding S1 domain-containing protein  26.47 
 
 		 284 aa  99.4  6e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1187  hypothetical protein  39.86 
 
 		 151 aa  95.9  6e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0883  RNA-binding protein  27.67 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000841553 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0712  RNA binding S1 domain protein  25.64 
 
 		 286 aa  77  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000721227  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1511  hypothetical protein  28.51 
 
 		 284 aa  72.4  0.000000000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00830658  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0886  RNA binding S1 domain protein  24.02 
 
 		 274 aa  72.4  0.000000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000369657  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2289  RNA-binding protein  27.93 
 
 		 285 aa  69.3  0.00000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0752  hypothetical protein  25.09 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000115591  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1301  RNA-binding protein  25.2 
 
 		 287 aa  67  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.237432  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0476  RNA-binding protein  36.79 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1452  hypothetical protein  24.31 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.288819  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1481  hypothetical protein  24.31 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0961  hypothetical protein  21.83 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.93034  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>