14 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3947 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3947    100 
 
 		 231 bp  458  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2995    87.5 
 
 		 1432 bp  198  5.000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.598703  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5388  transposase IS66  83.56 
 
 		 1689 bp  99.6  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0609  transposase  91.94 
 
 		 1584 bp  83.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6361  transposase  91.94 
 
 		 1584 bp  83.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.422327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4607  transposase and inactivated derivative  81.16 
 
 		 450 bp  67.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0215693  normal  0.242194 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1016  hypothetical protein  86.15 
 
 		 375 bp  58  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1585  transposase  89.8 
 
 		 681 bp  58  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0784  transposase IS66  87.5 
 
 		 1662 bp  56  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6726  transposase  82.29 
 
 		 1671 bp  56  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.544647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7754  transposase  80.83 
 
 		 1623 bp  56  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.109481 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3797    88.64 
 
 		 447 bp  48.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.182164  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4978  IS66 family insertion sequence transposase protein  93.75 
 
 		 1650 bp  48.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.432093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2186  DnaA regulatory inactivator Hda  100 
 
 		 708 bp  46.1  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>