84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3786 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3786  RNA binding S1  100 
 
 		 278 aa  570  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.198165  normal  0.0264698 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1593  hypothetical protein  98.2 
 
 		 278 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1446  RNA binding S1  89.21 
 
 		 278 aa  523  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3864  RNA-binding S1 domain-containing protein  74.64 
 
 		 278 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3187  GntR family transcriptional regulator  73.74 
 
 		 280 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.547241  normal  0.0826379 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4563  RNA binding S1 domain protein  75 
 
 		 278 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1326  RNA-binding S1 domain-containing protein  75 
 
 		 278 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4071  RNA-binding S1 domain-containing protein  75 
 
 		 278 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4253  hypothetical protein  73.29 
 
 		 279 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49930  hypothetical protein  74.01 
 
 		 279 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.358542 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16900  RNA binding protein, S1 family  66.3 
 
 		 289 aa  399  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1452  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.9 
 
 		 277 aa  289  4e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1724  hypothetical protein  49.82 
 
 		 301 aa  284  1.0000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.437519  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1111  hypothetical protein  50 
 
 		 298 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1966  hypothetical protein  49.82 
 
 		 276 aa  280  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.294395  normal  0.185697 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003424  hypothetical protein  48.56 
 
 		 277 aa  278  5e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.303245  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1623  hypothetical protein  48.01 
 
 		 279 aa  275  5e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0568829 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1555  hypothetical protein  47.65 
 
 		 279 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2031  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.32 
 
 		 277 aa  273  3e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1630  hypothetical protein  47.29 
 
 		 279 aa  271  8.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0406608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1868  hypothetical protein  46.93 
 
 		 279 aa  270  2e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02354  hypothetical protein  47.12 
 
 		 277 aa  270  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2281  hypothetical protein  46.52 
 
 		 277 aa  268  7e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.014395  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2056  hypothetical protein  47.84 
 
 		 279 aa  268  8e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00868426  normal  0.106459 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1618  hypothetical protein  46.93 
 
 		 277 aa  264  2e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.165792  normal  0.0266154 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2610  hypothetical protein  47.12 
 
 		 277 aa  262  6e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1645  hypothetical protein  46.21 
 
 		 280 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942277  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2519  hypothetical protein  45.85 
 
 		 280 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.830114 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1759  hypothetical protein  45.85 
 
 		 280 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1803  hypothetical protein  45.85 
 
 		 280 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.303771  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1766  hypothetical protein  45.85 
 
 		 280 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.530453  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4487  hypothetical protein  45.13 
 
 		 284 aa  259  3e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.830856  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1697  hypothetical protein  45.85 
 
 		 277 aa  258  9e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2481  hypothetical protein  44.77 
 
 		 277 aa  250  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0367564  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1514  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.16 
 
 		 279 aa  248  9e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.493123 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4023  hypothetical protein  46.04 
 
 		 277 aa  247  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1518  hypothetical protein  45.52 
 
 		 280 aa  245  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0135842 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1813  hypothetical protein  43.51 
 
 		 283 aa  244  9.999999999999999e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.307669 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5129  RNA binding S1 domain protein  42.81 
 
 		 276 aa  238  1e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64066 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1813  hypothetical protein  42.09 
 
 		 277 aa  237  1e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0500461  normal  0.539487 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1515  nucleic acid binding protein  43.53 
 
 		 276 aa  233  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2080  RNA binding S1 domain protein  43.17 
 
 		 274 aa  223  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.56309e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2136  RNA binding S1 domain protein  43.17 
 
 		 274 aa  223  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000118125  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2783  hypothetical protein  41.2 
 
 		 284 aa  219  3e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0117976  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4021  hypothetical protein  41.88 
 
 		 276 aa  216  4e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000280354  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11108  hypothetical protein  39.93 
 
 		 276 aa  213  1.9999999999999998e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.533639  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3240  uncharacterized protein-like protein  43.01 
 
 		 280 aa  205  7e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2579  RNA binding S1 domain protein  41.01 
 
 		 277 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.401264 
 
 
-
 
NC_002950  PG1727  yitL protein  37.96 
 
 		 287 aa  202  6e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2473  RNA binding S1 domain protein  40.65 
 
 		 282 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.728532 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0626  hypothetical protein  36.96 
 
 		 279 aa  194  1e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000762305  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0312  hypothetical protein  34.67 
 
 		 282 aa  186  3e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0235  hypothetical protein  38.77 
 
 		 295 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000105707  hitchhiker  0.0000000000000116702 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01079  hypothetical protein  36.49 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2647  hypothetical protein  36.46 
 
 		 274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.902029  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0056  RNA binding S1  40 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1902  hypothetical protein  37.41 
 
 		 280 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000109992  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1621  hypothetical protein  36.67 
 
 		 280 aa  162  4.0000000000000004e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222991  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2903  RNA binding S1 domain protein  32.38 
 
 		 278 aa  156  4e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.144767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0250  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.34 
 
 		 279 aa  152  8e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000115612  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4127  hypothetical protein  28.83 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.098552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1214  hypothetical protein  29.45 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1319  hypothetical protein  28.83 
 
 		 284 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.270285  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1274  hypothetical protein  28.83 
 
 		 284 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.51389  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1062  RNA-binding S1 domain-containing protein  29.09 
 
 		 284 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0425998  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1167  hypothetical protein  28.47 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1241  hypothetical protein  28.47 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1060  hypothetical protein  28.47 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1065  hypothetical protein  28.47 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1082  hypothetical protein  28.47 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0877  RNA-binding S1 domain-containing protein  28.21 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1187  hypothetical protein  41.61 
 
 		 151 aa  101  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0712  RNA binding S1 domain protein  26.84 
 
 		 286 aa  94.7  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000721227  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0886  RNA binding S1 domain protein  28.24 
 
 		 274 aa  90.5  2e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000369657  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0961  hypothetical protein  26.57 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.93034  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0752  hypothetical protein  32.74 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000115591  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2289  RNA-binding protein  29.55 
 
 		 285 aa  87  3e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0883  RNA-binding protein  29.55 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000841553 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1481  hypothetical protein  24.03 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1452  hypothetical protein  24.03 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.288819  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1511  hypothetical protein  32.02 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00830658  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0476  RNA-binding protein  29.34 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1301  RNA-binding protein  29.11 
 
 		 287 aa  68.9  0.00000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.237432  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42428  predicted protein  35.9 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>