84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3864 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3864  RNA-binding S1 domain-containing protein  100 
 
 		 278 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4563  RNA binding S1 domain protein  92.81 
 
 		 278 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1326  RNA-binding S1 domain-containing protein  92.09 
 
 		 278 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4071  RNA-binding S1 domain-containing protein  92.81 
 
 		 278 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3786  RNA binding S1  74.64 
 
 		 278 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.198165  normal  0.0264698 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1593  hypothetical protein  74.28 
 
 		 278 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1446  RNA binding S1  73.91 
 
 		 278 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3187  GntR family transcriptional regulator  72.83 
 
 		 280 aa  425  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.547241  normal  0.0826379 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16900  RNA binding protein, S1 family  67.63 
 
 		 289 aa  399  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4253  hypothetical protein  68.12 
 
 		 279 aa  390  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49930  hypothetical protein  68.84 
 
 		 279 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.358542 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1966  hypothetical protein  50.55 
 
 		 276 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.294395  normal  0.185697 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1452  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.18 
 
 		 277 aa  278  9e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1623  hypothetical protein  49.45 
 
 		 279 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0568829 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003424  hypothetical protein  46.24 
 
 		 277 aa  271  9e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.303245  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1111  hypothetical protein  47.67 
 
 		 298 aa  271  9e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1555  hypothetical protein  49.08 
 
 		 279 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1724  hypothetical protein  48.19 
 
 		 301 aa  270  2.9999999999999997e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.437519  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1630  hypothetical protein  48.72 
 
 		 279 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0406608 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2281  hypothetical protein  47.12 
 
 		 277 aa  267  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.014395  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1868  hypothetical protein  48.35 
 
 		 279 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02354  hypothetical protein  46.24 
 
 		 277 aa  265  8e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2031  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.35 
 
 		 277 aa  261  8e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4487  hypothetical protein  46.55 
 
 		 284 aa  258  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.830856  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1618  hypothetical protein  47.27 
 
 		 277 aa  256  4e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.165792  normal  0.0266154 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2519  hypothetical protein  46.52 
 
 		 280 aa  251  6e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.830114 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1759  hypothetical protein  46.52 
 
 		 280 aa  251  6e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1803  hypothetical protein  46.52 
 
 		 280 aa  251  6e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.303771  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2056  hypothetical protein  46.91 
 
 		 279 aa  251  7e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00868426  normal  0.106459 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1645  hypothetical protein  46.52 
 
 		 280 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942277  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1766  hypothetical protein  46.52 
 
 		 280 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.530453  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4023  hypothetical protein  46.18 
 
 		 277 aa  248  7e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2610  hypothetical protein  46.18 
 
 		 277 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2481  hypothetical protein  44.24 
 
 		 277 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0367564  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1697  hypothetical protein  45.09 
 
 		 277 aa  241  7e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1514  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.93 
 
 		 279 aa  241  1e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.493123 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1813  hypothetical protein  43.01 
 
 		 283 aa  234  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.307669 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1518  hypothetical protein  45.05 
 
 		 280 aa  231  8.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0135842 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1813  hypothetical protein  40.73 
 
 		 277 aa  230  2e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0500461  normal  0.539487 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5129  RNA binding S1 domain protein  40.36 
 
 		 276 aa  224  9e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64066 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1515  nucleic acid binding protein  42.91 
 
 		 276 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2080  RNA binding S1 domain protein  43.27 
 
 		 274 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.56309e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2136  RNA binding S1 domain protein  43.27 
 
 		 274 aa  218  8.999999999999998e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000118125  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4021  hypothetical protein  42.39 
 
 		 276 aa  217  2e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000280354  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2783  hypothetical protein  39.5 
 
 		 284 aa  205  6e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0117976  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2473  RNA binding S1 domain protein  40.94 
 
 		 282 aa  201  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.728532 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11108  hypothetical protein  37.82 
 
 		 276 aa  199  3e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.533639  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3240  uncharacterized protein-like protein  40.79 
 
 		 280 aa  191  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2579  RNA binding S1 domain protein  38.89 
 
 		 277 aa  188  9e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.401264 
 
 
-
 
NC_002950  PG1727  yitL protein  37.08 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0312  hypothetical protein  36.03 
 
 		 282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0626  hypothetical protein  36.16 
 
 		 279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000762305  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01079  hypothetical protein  36.43 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0235  hypothetical protein  37 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000105707  hitchhiker  0.0000000000000116702 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2647  hypothetical protein  38.66 
 
 		 274 aa  169  4e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.902029  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1902  hypothetical protein  37.55 
 
 		 280 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000109992  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0250  RNA-binding S1 domain-containing protein  36.65 
 
 		 279 aa  165  6.9999999999999995e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000115612  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1621  hypothetical protein  36.8 
 
 		 280 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222991  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2903  RNA binding S1 domain protein  34.77 
 
 		 278 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.144767  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0056  RNA binding S1  37.09 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0877  RNA-binding S1 domain-containing protein  28.21 
 
 		 284 aa  101  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1274  hypothetical protein  29.2 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.51389  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1319  hypothetical protein  29.2 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.270285  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1214  hypothetical protein  29.2 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4127  hypothetical protein  29.2 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.098552  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0712  RNA binding S1 domain protein  30.07 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000721227  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1060  hypothetical protein  28.83 
 
 		 284 aa  99  7e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1167  hypothetical protein  28.83 
 
 		 284 aa  99  7e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1241  hypothetical protein  28.83 
 
 		 284 aa  99  7e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1062  RNA-binding S1 domain-containing protein  28.83 
 
 		 284 aa  99  7e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0425998  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1065  hypothetical protein  28.83 
 
 		 284 aa  99  7e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1082  hypothetical protein  28.83 
 
 		 284 aa  99  7e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0886  RNA binding S1 domain protein  27.84 
 
 		 274 aa  96.3  5e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000369657  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1187  hypothetical protein  40 
 
 		 151 aa  94.4  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2289  RNA-binding protein  27.66 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1481  hypothetical protein  26.24 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1452  hypothetical protein  26.24 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.288819  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0961  hypothetical protein  25 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.93034  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0476  RNA-binding protein  27.31 
 
 		 299 aa  62.4  0.000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0752  hypothetical protein  27.43 
 
 		 293 aa  62.4  0.000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000115591  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1511  hypothetical protein  29.57 
 
 		 284 aa  62  0.000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00830658  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1301  RNA-binding protein  27.23 
 
 		 287 aa  62  0.00000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.237432  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0883  RNA-binding protein  26.07 
 
 		 297 aa  61.2  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000841553 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42428  predicted protein  35.51 
 
 		 252 aa  54.7  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>