62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1242 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4077  hypothetical protein  99.5 
 
 		 199 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.974663 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1640  hypothetical protein  99.5 
 
 		 199 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1242  hypothetical protein  100 
 
 		 199 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000574212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1202  hypothetical protein  96.48 
 
 		 199 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4233  hypothetical protein  89 
 
 		 209 aa  347  6e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2964  hypothetical protein  83.92 
 
 		 199 aa  325  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177485  normal  0.0208011 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4189  hypothetical protein  79.9 
 
 		 199 aa  305  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49050  hypothetical protein  79.9 
 
 		 199 aa  303  8.000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00210087  hitchhiker  0.0000000540119 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33240  hypothetical protein  73.87 
 
 		 199 aa  284  5.999999999999999e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0765852  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2407  inner membrane protein YohC  54.45 
 
 		 195 aa  215  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.100146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2358  inner membrane protein YohC  54.45 
 
 		 195 aa  215  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2403  hypothetical protein  54.45 
 
 		 195 aa  215  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2314  inner membrane protein YohC  54.45 
 
 		 195 aa  215  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.691053  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2515  inner membrane protein YohC  53.93 
 
 		 195 aa  213  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2688  hypothetical protein  48.73 
 
 		 198 aa  202  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000021601  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1512  hypothetical protein  55.56 
 
 		 195 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2270  hypothetical protein  55.56 
 
 		 195 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2735  hypothetical protein  53.4 
 
 		 195 aa  199  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2425  hypothetical protein  55.56 
 
 		 195 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0909  hypothetical protein  55.56 
 
 		 195 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.334035  normal  0.242601 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3261  hypothetical protein  55.56 
 
 		 203 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00830166 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1522  protein of unknown function DUF1282  55.56 
 
 		 195 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2515  hypothetical protein  46.7 
 
 		 198 aa  198  3.9999999999999996e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000188858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1483  hypothetical protein  47.21 
 
 		 198 aa  198  5e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.262536  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1534  hypothetical protein  47.21 
 
 		 198 aa  197  9e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.113804 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02023  hypothetical protein  55.03 
 
 		 195 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02065  predicted inner membrane protein  55.03 
 
 		 195 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3980  hypothetical protein  47.4 
 
 		 203 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.238019  normal  0.279719 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2391  hypothetical protein  47.4 
 
 		 200 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1363  hypothetical protein  49.48 
 
 		 196 aa  196  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2757  protein of unknown function DUF1282  47.21 
 
 		 198 aa  195  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.002843  normal  0.0623291 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1597  hypothetical protein  47.21 
 
 		 198 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.141069  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3120  hypothetical protein  46.43 
 
 		 198 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.148578  hitchhiker  0.0000028856 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1620  hypothetical protein  47.21 
 
 		 198 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00150531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2570  hypothetical protein  45.69 
 
 		 198 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0732957  normal  0.0233457 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2412  hypothetical protein  47.96 
 
 		 198 aa  194  5.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000204833  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2668  hypothetical protein  45.69 
 
 		 198 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.127943  normal  0.189722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3158  rod shape-determining protein MreC, subtype  45.32 
 
 		 205 aa  194  6e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2502  hypothetical protein  45.69 
 
 		 198 aa  194  7e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019326  normal  0.0107231 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1586  hypothetical protein  46.7 
 
 		 198 aa  194  9e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000135398  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1787  hypothetical protein  46.19 
 
 		 198 aa  192  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2614  hypothetical protein  45.64 
 
 		 198 aa  190  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1217  hypothetical protein  46.15 
 
 		 198 aa  188  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.431766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0836  hypothetical protein  53.97 
 
 		 191 aa  187  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1777  hypothetical protein  50.29 
 
 		 196 aa  186  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2549  hypothetical protein  50.29 
 
 		 196 aa  186  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1885  hypothetical protein  50.29 
 
 		 196 aa  186  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.491712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1610  hypothetical protein  43.22 
 
 		 199 aa  176  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.843769  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3797  hypothetical protein  42.13 
 
 		 199 aa  175  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.532295  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01961  hypothetical protein  41.21 
 
 		 199 aa  170  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000520439  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3610  hypothetical protein  42.29 
 
 		 203 aa  168  4e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.21626  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2694  hypothetical protein  46.63 
 
 		 203 aa  165  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00674037 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2965  hypothetical protein  43.22 
 
 		 220 aa  160  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0226639  normal  0.0742439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2361  hypothetical protein  40.2 
 
 		 204 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2547  hypothetical protein  40.2 
 
 		 204 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0148102 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36410  hypothetical protein  32.98 
 
 		 202 aa  89  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.433568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3124  hypothetical protein  33.51 
 
 		 202 aa  88.2  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3224  hypothetical protein  30.36 
 
 		 206 aa  79.3  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.067185 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1097  hypothetical protein  30.91 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2505  hypothetical protein  29.95 
 
 		 395 aa  56.2  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.331817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3567  hypothetical protein  28.46 
 
 		 408 aa  56.2  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.129707  normal  0.931427 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2890  protein of unknown function DUF1282  28.46 
 
 		 408 aa  56.2  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>