85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3187 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3187  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 280 aa  565  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.547241  normal  0.0826379 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4253  hypothetical protein  76.9 
 
 		 279 aa  441  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49930  hypothetical protein  77.62 
 
 		 279 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.358542 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1446  RNA binding S1  74.73 
 
 		 278 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3786  RNA binding S1  73.74 
 
 		 278 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.198165  normal  0.0264698 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1593  hypothetical protein  73.38 
 
 		 278 aa  433  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4563  RNA binding S1 domain protein  73.55 
 
 		 278 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4071  RNA-binding S1 domain-containing protein  73.55 
 
 		 278 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3864  RNA-binding S1 domain-containing protein  72.83 
 
 		 278 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1326  RNA-binding S1 domain-containing protein  73.19 
 
 		 278 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16900  RNA binding protein, S1 family  72.83 
 
 		 289 aa  422  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1452  RNA-binding S1 domain-containing protein  52.35 
 
 		 277 aa  294  1e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1724  hypothetical protein  49.46 
 
 		 301 aa  276  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.437519  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1111  hypothetical protein  48.2 
 
 		 298 aa  273  3e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1966  hypothetical protein  49.1 
 
 		 276 aa  270  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.294395  normal  0.185697 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2031  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.43 
 
 		 277 aa  267  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02354  hypothetical protein  47.48 
 
 		 277 aa  266  2.9999999999999995e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003424  hypothetical protein  46.04 
 
 		 277 aa  265  5e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.303245  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1623  hypothetical protein  47.86 
 
 		 279 aa  263  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0568829 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1555  hypothetical protein  47.67 
 
 		 279 aa  261  8e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1630  hypothetical protein  47.67 
 
 		 279 aa  261  8e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0406608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1868  hypothetical protein  46.95 
 
 		 279 aa  258  8e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1813  hypothetical protein  45.68 
 
 		 277 aa  254  9e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0500461  normal  0.539487 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2281  hypothetical protein  46.15 
 
 		 277 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.014395  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4023  hypothetical protein  47.12 
 
 		 277 aa  250  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1645  hypothetical protein  46.24 
 
 		 280 aa  249  5e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942277  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2056  hypothetical protein  46.79 
 
 		 279 aa  248  5e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00868426  normal  0.106459 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4487  hypothetical protein  43.68 
 
 		 284 aa  247  1e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.830856  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1803  hypothetical protein  45.71 
 
 		 280 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.303771  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1766  hypothetical protein  45.71 
 
 		 280 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.530453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2519  hypothetical protein  45.71 
 
 		 280 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.830114 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1759  hypothetical protein  45.71 
 
 		 280 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1514  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.16 
 
 		 279 aa  246  4e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.493123 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1813  hypothetical protein  44.56 
 
 		 283 aa  244  9.999999999999999e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.307669 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5129  RNA binding S1 domain protein  43.88 
 
 		 276 aa  244  9.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64066 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1618  hypothetical protein  44.8 
 
 		 277 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.165792  normal  0.0266154 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2610  hypothetical protein  45.88 
 
 		 277 aa  240  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1518  hypothetical protein  44.8 
 
 		 280 aa  238  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0135842 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1697  hypothetical protein  43.68 
 
 		 277 aa  234  8e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2481  hypothetical protein  43.73 
 
 		 277 aa  234  9e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0367564  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1515  nucleic acid binding protein  45.68 
 
 		 276 aa  231  7.000000000000001e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2783  hypothetical protein  43.66 
 
 		 284 aa  228  6e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0117976  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2473  RNA binding S1 domain protein  44.2 
 
 		 282 aa  223  2e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.728532 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4021  hypothetical protein  44.77 
 
 		 276 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000280354  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11108  hypothetical protein  39.93 
 
 		 276 aa  214  9.999999999999999e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.533639  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2080  RNA binding S1 domain protein  43.17 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.56309e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2136  RNA binding S1 domain protein  43.17 
 
 		 274 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000118125  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1727  yitL protein  38.32 
 
 		 287 aa  204  1e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0626  hypothetical protein  38.04 
 
 		 279 aa  195  9e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000762305  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3240  uncharacterized protein-like protein  41.94 
 
 		 280 aa  192  6e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0312  hypothetical protein  36.5 
 
 		 282 aa  187  2e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2579  RNA binding S1 domain protein  37.28 
 
 		 277 aa  178  7e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.401264 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0235  hypothetical protein  38.91 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000105707  hitchhiker  0.0000000000000116702 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01079  hypothetical protein  36.05 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0056  RNA binding S1  41.4 
 
 		 301 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1621  hypothetical protein  38.89 
 
 		 280 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222991  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1902  hypothetical protein  38.52 
 
 		 280 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000109992  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2903  RNA binding S1 domain protein  37.01 
 
 		 278 aa  168  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.144767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0250  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.46 
 
 		 279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000115612  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2647  hypothetical protein  35.02 
 
 		 274 aa  158  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.902029  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0877  RNA-binding S1 domain-containing protein  31.99 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1319  hypothetical protein  30.32 
 
 		 284 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.270285  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1274  hypothetical protein  30.32 
 
 		 284 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.51389  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1167  hypothetical protein  30.07 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1187  hypothetical protein  42.07 
 
 		 151 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1214  hypothetical protein  30.32 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4127  hypothetical protein  30.32 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.098552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1241  hypothetical protein  30.07 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1082  hypothetical protein  30.07 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1060  hypothetical protein  30.07 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1065  hypothetical protein  30.07 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1062  RNA-binding S1 domain-containing protein  29.96 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0425998  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0712  RNA binding S1 domain protein  31.05 
 
 		 286 aa  102  7e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000721227  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2289  RNA-binding protein  29.79 
 
 		 285 aa  92.4  8e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0961  hypothetical protein  26.5 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.93034  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0886  RNA binding S1 domain protein  29.37 
 
 		 274 aa  88.6  1e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000369657  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1481  hypothetical protein  27.56 
 
 		 300 aa  85.9  8e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1452  hypothetical protein  27.56 
 
 		 300 aa  85.9  8e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.288819  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0883  RNA-binding protein  26.62 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000841553 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1511  hypothetical protein  30.13 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00830658  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0752  hypothetical protein  30.13 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000115591  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0476  RNA-binding protein  30.17 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1301  RNA-binding protein  29.76 
 
 		 287 aa  70.5  0.00000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.237432  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42428  predicted protein  32.77 
 
 		 252 aa  56.6  0.0000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1852  GntR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 252 aa  46.6  0.0004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.232609  normal  0.988084 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>