50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1224 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1224  phage shock protein A, PspA  100 
 
 		 226 aa  442  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01340  Phage shock protein A (IM30), suppresses sigma54-dependent transcription  86.28 
 
 		 226 aa  367  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3479  ubiquinone biosynthesis hydroxylase, UbiH/UbiF/VisC/COQ6  46.7 
 
 		 229 aa  194  1e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.111551  normal  0.0139812 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3389  phage shock protein A, PspA  48.44 
 
 		 231 aa  191  7e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3822  phage shock protein A, PspA  45.98 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.302506  normal  0.194258 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1693  PspA/IM30  42.04 
 
 		 235 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.509577  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16150  hypothetical protein  43.56 
 
 		 231 aa  161  6e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1388  hypothetical protein  43.11 
 
 		 231 aa  161  7e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0883629  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3786  PspA/IM30 family protein  41.15 
 
 		 235 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634391  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5044  phage shock protein A, PspA  42.6 
 
 		 232 aa  158  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0169336 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02185  PspA/IM30 family protein  37.95 
 
 		 257 aa  142  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1404  phage shock protein A, PspA  37.5 
 
 		 241 aa  140  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.792709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0185  phage shock protein A, PspA  34.38 
 
 		 227 aa  132  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3482  phage shock protein A, PspA  36.16 
 
 		 229 aa  129  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0916026  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0722  phage shock protein A, PspA  36.16 
 
 		 228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000273053  hitchhiker  0.000000222893 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0888  phage shock protein A, PspA  35.71 
 
 		 229 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0755885  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0912  phage shock protein A, PspA  35.71 
 
 		 229 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0749469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3450  phage shock protein A, PspA  35.71 
 
 		 229 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.613908  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3091  phage shock protein A, PspA  35.71 
 
 		 229 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0777554  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0922  phage shock protein A, PspA  35.71 
 
 		 229 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0827  phage shock protein A, PspA  36.16 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3838  phage shock protein A, PspA  36.12 
 
 		 228 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.867887  unclonable  0.00000000015087 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5273  phage shock protein A, PspA  33.92 
 
 		 244 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0710942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0623  phage shock protein A, PspA  35.71 
 
 		 228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.865812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3114  phage shock protein A, PspA  35.27 
 
 		 229 aa  126  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.139469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5368  hypothetical protein  33.91 
 
 		 253 aa  125  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3765  hypothetical protein  35.71 
 
 		 229 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4191  PspA/IM30 family protein  35.04 
 
 		 229 aa  125  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0858  phage shock protein A, PspA  35.27 
 
 		 229 aa  125  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.706037 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3266  phage shock protein A, PspA  34.38 
 
 		 229 aa  124  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.942546  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2668  PspA/IM30  34.82 
 
 		 229 aa  123  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.638244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0697  PspA/IM30  34.82 
 
 		 229 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000488945  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5545  phage shock protein A, PspA  34.22 
 
 		 244 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.892809 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3811  phage shock protein A, PspA  34.51 
 
 		 232 aa  115  6e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04011  hypothetical protein  34.51 
 
 		 232 aa  115  6e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3831  phage shock protein A, PspA  34.51 
 
 		 232 aa  115  6e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000771014 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4742  PspA/IM30 family protein  34.51 
 
 		 232 aa  115  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.473518  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04049  predicted transcriptional regulator effector protein  34.51 
 
 		 232 aa  115  6e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4426  PspA/IM30 family protein  34.51 
 
 		 232 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4653  PspA/IM30 family protein  34.51 
 
 		 232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.618876 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5698  PspA/IM30 family protein  34.07 
 
 		 232 aa  113  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4649  PspA/IM30 family protein  34.07 
 
 		 232 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4732  PspA/IM30 family protein  34.07 
 
 		 232 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4789  PspA/IM30 family protein  34.07 
 
 		 232 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4768  PspA/IM30 family protein  34.07 
 
 		 232 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3703  phage shock protein A, PspA  28.45 
 
 		 232 aa  81.3  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0677  phage shock protein A, PspA  25.11 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.274325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0333  phage shock protein A, PspA  26.7 
 
 		 224 aa  53.5  0.000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0735  phage shock protein A, PspA  23.32 
 
 		 228 aa  52.4  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1637  phage shock protein A, PspA  22.87 
 
 		 232 aa  44.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>