More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_R0001 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_R0001  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0008  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.510749  normal  0.320206 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0037  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.110584 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0017  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0023  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0024  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0010  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.394112 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0031  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0029  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.159006  normal  0.829895 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0016  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0008  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0037  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0416385 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0031  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.15848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0018  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0024  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.459339 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0039  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0048  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.459863  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0054  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0060  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0025  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.279282  normal  0.0688605 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0059  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.644136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0056  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0037  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6553  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt12  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0042  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0026  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0061  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.464968  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0073  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4307  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4351  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4356  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4553  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0009  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0023  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0041  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0024  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4581  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0044  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.801756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0035  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6556  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0113  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000187631  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0263  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1081  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.599791  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0007  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.737492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0055  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0062  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0068  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.368098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0041  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.485765 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0053  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.668184 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0060  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.514034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0068  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1016  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1580  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1788  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0993553  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0046  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0076  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0262196  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0030  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.197541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0036  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0683362 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0045  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0059  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0015  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0023  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0059  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0067  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t31  tRNA-Met  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t36  tRNA-Met  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.811288  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0010  tRNA-Met  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0022  tRNA-Met  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0045  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00129777  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0022  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000159989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0016  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0040  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0018  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.317768 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0024  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00230769 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0075  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.323397 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0064  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0523811 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0048  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.816962 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R19  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000168289  normal  0.0484178 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0025  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000322634  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0069  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00149713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0058  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0349408  decreased coverage  0.0094622 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0010  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0058  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.547375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0026  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0043  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.343772 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0039  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0049  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0064  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.208195 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0079  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0056  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.603033 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0031  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0043  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0013  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0557998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5465  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.239722  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0071  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0057  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.762222  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0003  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0223244  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0006  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000210232  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0084  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>