More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0025 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0025  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.598367 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0023  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.60497 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0052  tRNA-Glu  95.31 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.925449 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0073  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000261854  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0102  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000600176  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0098  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000377978  normal  0.111224 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0076  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011411  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0033  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000357048  normal  0.208315 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0029  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000039615  normal  0.441106 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0096  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00116613  normal  0.111863 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0089  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000367651  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04526  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000165609  normal  0.307347 
 
 
-
 
NC_003295  RS04527  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000178572  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1373  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.000000000880968  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0069  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0164971  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0099  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000375203  normal  0.111863 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0031  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000347346  normal  0.220713 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2483  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000121548  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2539  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00809573  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t065  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t066  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t067  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t068  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t069  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t071  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000216886  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0026  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000157015  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0029  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000053193  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2622  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00008673  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2624  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000121359  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0061  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000386077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0063  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000853208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0065  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.000000000000208338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1986  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000534255  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1988  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000480253  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0053  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000534013  normal  0.360789 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0016  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000647027  hitchhiker  0.00000106632 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0042  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000119208  normal  0.0515471 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0044  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000025462  normal  0.0504095 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0087  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000042653  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0086  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000105777  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0074  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000020686  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0095  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00314986  normal  0.201708 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0090  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000382107  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0028  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000039203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0031  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000481726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0093  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000098404  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0095  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000570772  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0097  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000337615  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2537  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00245562  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2485  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000126526  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0081  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000080757  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0063  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000754963  normal  0.0219255 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0065  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000126201  normal  0.0214958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0066  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122545  normal  0.0214958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0067  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000119712  normal  0.0214958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0068  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000101886  normal  0.0219255 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0069  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000616599  normal  0.0122631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0070  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000026178  normal  0.0123268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0063  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000852764  normal  0.666936 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0065  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000829998  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0066  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000483266  normal  0.663718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0067  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000412805  normal  0.672534 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0068  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0069  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000472024  normal  0.658468 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0070  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000548592  normal  0.634145 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0072  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000632211  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0084  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000274947  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0085  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000107355  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0083  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00174717  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0071  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000687617  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0070  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00169817  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0053  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314245  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0055  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384652  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0057  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000345066  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0051  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0053  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000275234  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0055  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211677  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0061  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0063  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000126718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0064  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000354559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0065  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000145591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0066  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000460024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0067  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0068  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000473191  normal  0.85687 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0088  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00276432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0090  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00102507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0092  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000105241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0094  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000925295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0095  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000290046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0096  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000128006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0097  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000012419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2100  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000590087  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3213  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000104569  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0074  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0152418  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0075  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0139677  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0076  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00648413  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0101  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000061614  normal  0.113768 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0078  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00140572  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0080  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000593448  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>