30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3881 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3881  hypothetical protein  100 
 
 		 452 aa  872    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29140  hypothetical protein  38.6 
 
 		 248 aa  100  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463787  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2587  hypothetical protein  33.33 
 
 		 274 aa  100  5e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1296  hypothetical protein  34.06 
 
 		 281 aa  97.8  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0320788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1983  hypothetical protein  34.16 
 
 		 256 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.299158  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3481  hypothetical protein  37.95 
 
 		 180 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.605279 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2290  hypothetical protein  37.95 
 
 		 180 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.050869  normal  0.803647 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2456  hypothetical protein  36.79 
 
 		 180 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2465  hypothetical protein  36.79 
 
 		 180 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2616  fimbrial assembly  33.16 
 
 		 201 aa  82.8  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.863286 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29130  hypothetical protein  45.54 
 
 		 180 aa  82  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.46889  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1297  transmembrane protein  38.89 
 
 		 178 aa  82  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.111921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1984  fimbrial assembly  38.36 
 
 		 181 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207869  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1435  hypothetical protein  33.61 
 
 		 247 aa  79  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.038627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1340  hypothetical protein  27.18 
 
 		 285 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2289  hypothetical protein  32.84 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0499712  normal  0.8199 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2586  transmembrane protein  30.69 
 
 		 174 aa  73.6  0.000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2464  hypothetical protein  33.83 
 
 		 264 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3482  hypothetical protein  35.4 
 
 		 269 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.62461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3225  hypothetical protein  30.05 
 
 		 178 aa  66.6  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.20001 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2417  fimbrial assembly  38.14 
 
 		 179 aa  65.1  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2418  hypothetical protein  36.43 
 
 		 255 aa  63.2  0.000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3224  hypothetical protein  29.58 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.307711 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1339  hypothetical protein  28.65 
 
 		 174 aa  57.4  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02973  hypothetical protein  33.33 
 
 		 275 aa  56.6  0.0000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02974  hypothetical protein  33.33 
 
 		 172 aa  56.2  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.510739  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2306  hypothetical protein  30.17 
 
 		 176 aa  55.8  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.256089  normal  0.206542 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2455  hypothetical protein  33.83 
 
 		 259 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4709  hypothetical protein  28.18 
 
 		 176 aa  53.1  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1544  fimbrial assembly  33.66 
 
 		 210 aa  45.1  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.103111 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>