| Gene Information Plasmid Coverage information Fosmid Coverage information Sequence |
Gene Information |
| Locus tag | Jden_2534 |
|---|
| Symbol | |
|---|
| ID | 8381687 |
|---|
| Type | CDS |
|---|
| Is gene spliced | No |
|---|
| Is pseudo gene | No |
|---|
| Organism name | Jonesia denitrificans DSM 20603 |
|---|
| Kingdom | Bacteria |
|---|
| Replicon accession | NC_013174 |
|---|
| Strand | + |
|---|
| Start bp | 2719330 |
|---|
| End bp | 2721771 |
|---|
| Gene Length | 2442 bp |
|---|
| Protein Length | 813 aa |
|---|
| Translation table | 11 |
|---|
| GC content | 58% |
|---|
| IMG OID | 645005299 |
|---|
| Product | glycoside hydrolase family 3 domain protein |
|---|
| Protein accession | YP_003162469 |
|---|
| Protein GI | 256833742 |
|---|
| COG category | [G] Carbohydrate transport and metabolism |
|---|
| COG ID | [COG1472] Beta-glucosidase-related glycosidases |
|---|
| TIGRFAM ID | |
|---|
| 
|
Plasmid Coverage information |
| Num covering plasmid clones | 18 |
|---|
| Plasmid unclonability p-value | 1 |
|---|
| Plasmid hitchhiking | No |
|---|
| Plasmid clonability | normal |
|---|
| |
Fosmid Coverage information |
| Num covering fosmid clones | 27 |
|---|
| Fosmid unclonability p-value | 1 |
|---|
| Fosmid Hitchhiker | No |
|---|
| Fosmid clonability | normal |
|---|
| |
Sequence |
| Gene sequence | ATGAGCCGGT CTGTCCTCGA TGTTGATTCT GTGGTGTCGT CGTTGACGCT GCTCGAGAAG
GCCGCGCTGC TGAGTGGCGA GAATGTGTGG GAGTCGCGGT CGGTGCGCCG GTTGGGTGTT
CCGTCGATGT TTTTTGCTGA TGGTCCGCAC GGGTTGCGAC GTCAGTCGGG GCCTTCTGAT
CACTTGGGTT TGCATGAGTC GGAGAAGTCG ACGTGTTTCC CTACTGCAGC AACGTTGGCG
AACAGTTGGG ACCCGCAGTT GACGCAGCGT GTGGGGGCGG CGATTGGTGC TGAGGCTGCT
CAGCAGGGTG TTCAGGTGCT TCTTGGTCCT GGGTTGAACA TTAAGCGTAG CCCGGTGGGT
GGCCGCAACT TTGAGTATTA CTCGGAGGAT CCGCTGCTCA GTGGTGTGTT GGCTGCTGGT
TTTGTGCGTG GTGTGCAGTC GCAGGGTGTT GCCGCGACTC CGAAGCATTT TGCTGCGAAC
TCTCAGGAGT TGTTGCGGAT GGCGAATGAT TCGGTGGTTG ATGAGCGCAC GTTGCGGGAA
ATGTATTTGA CGGGTTTTGA GATTGTTGTG CGGCAGGCGG CGCCGTGGGC GTTGATGTCG
AGTTACAACA AGGTCAATGG AGTGTATGCG AATGAGAATT CGGCATTGTT GTCGGATATT
TTGCGTGGCG AGTGGGGCTT TGATGGTGCG GTGATCACGG ACTGGGGTGG CGGTAATGAT
GCTGTTGCTG CGGTTGAGGC GGGGAGCGCG TTGGAGATGC CGTCGCCTGG TTTGGATTCG
GCACGTCAGA TTGTGTCGGC GGTGGATCGT GGCGTGTTGG CTATGGCAGA CGTTGACGCG
CGGGTTCGTG AGTTGTTGAC GTTGGCAGCT CGCACATCGA CGCCGACTCG TGGGCGGGTG
GATGTTGACG CGCATCATCA GTTGGCACGT GAGGCTGCGG CTTCCTCAAT GGTGTTGCTG
CGCAATGAGG GTGGTGTCTT GCCGTTGGCT GGGCAGGCTC GTGTTGCTGT TGTTGGTGAT
TTTGCGCGTG CTCCTCGTTA TCAGGGTGCT GGTTCGTCTC AGGTGAATCC TTATCGGGTG
GTTGATGCCG CGCATGCGGT GGAGAAGACC CCTGTTCAGT GCGTGTCGAT GACGCAGGGT
TTCCGTCGCG ATGGGGTGGC GGATGCGGCG TTGTTGCGTG AGTCGGTTGA GGCGGCGTCG
CGTGCTGATG TGGTGGTGAT GTTTGTTGGT TTGCCAGAGC TGTATGAGTC TGAGGGTATT
GATCGTGCTG ATTTGTCGTT GCCGGCAAAT CAGGTGGAGG CCATTGAGGC TGTTGCTGGC
GTGAATGACA ACGTTGTGGT TGTTCTTGCT GCTGGTGGTG TGGTGGAGAT GCCGTGGCGT
GATCGTGTGA AGGCGATTGT GCATGGGTAT TTGAATGGTC AGGCTGGTGG CCAGGCTGTG
TGGGATGTGT TGACTGGGGT TGTGAACCCT GGTGGCCGGT TGGCTGAGAC GTTTGTGGAG
TCGTTGTCGG ATCACCCGAC GGCCGATATT TTCCCGGCTG ATGGTCCGAC TGCACAGTAC
CGTGAGGGCC TGTTTGTGGG GTACCGGTAT TTTTCGACTG TTGATGCGCC GGTGGCGTTT
CCCTTCGGGT TTGGGTTGAG TTATACGTCG TTTGCGTATG AGGACTTCTC TGTTGAGGGT
GACAGCGTGG CGGTAACGGT CCGGAATACG GGTGTTGTTG CTGGTCATGA GGTTGTTCAG
GTGTATGTGT CGGGTCCTCA GGTGAGTGCG TTTGTTCGCC CTGCGCGGGT GCTTGCTGGG
TTTTCTCGGG TGTTTGTTGA GCCTGGTGAG TCGGTGCGGG TGCGGGTTGT TCTGGCTGGT
GAGGCGCTTC GTTCCTTTGA TGTTGGTCGG GGTTCGTGGG TTCGTGAAAA CGGCGTGTAC
CGGGTTCAGG TGGGGTCGCA TGTCAATGAT GTGCGTGCTG AGGGTTCCTT TGAGGTCAGG
GATGGGGTTG CGGTGGAGCG CCCTGTGAAT GCTGATGCGT TGGGCGTGTA TTGGACTGGT
GAGGTGCGTT CGGTGCCTGA TGCAGCTTTT GCCGCCTTGC TGGGTCGCGA TGTGCCCTCG
TCGCAGTGGC AGCCTGGTCC GCTTGATGTG AATGATCCGA TTTCGCGGTG GAGTCAGGCG
CGCAGCCCGT TGGCACGGTG TGCCGCGTGG GTGTTGCGGT CGTTGATTCG CCGGTCGGAG
AAAAAAGGGA AACCGGATTT GAATTTGTTG TTCTTGTCGA ATATGCCGGT GCGGGCTATT
GGCAAAATGA CTAATGGCGC AATGAGCATG GAGATGGTTC ATGCATTGTT GCTTGTGGTG
AATGGGCATC ACATTCGTGG AATTGGGCGT TTGGTTTCTG CGTGGTGGCG CAACATGTCG
CTCAACCGGG CGACTCGCCG TGAGTTGGCG GGCGGTTCCT GA
|
|---|
| Protein sequence | MSRSVLDVDS VVSSLTLLEK AALLSGENVW ESRSVRRLGV PSMFFADGPH GLRRQSGPSD
HLGLHESEKS TCFPTAATLA NSWDPQLTQR VGAAIGAEAA QQGVQVLLGP GLNIKRSPVG
GRNFEYYSED PLLSGVLAAG FVRGVQSQGV AATPKHFAAN SQELLRMAND SVVDERTLRE
MYLTGFEIVV RQAAPWALMS SYNKVNGVYA NENSALLSDI LRGEWGFDGA VITDWGGGND
AVAAVEAGSA LEMPSPGLDS ARQIVSAVDR GVLAMADVDA RVRELLTLAA RTSTPTRGRV
DVDAHHQLAR EAAASSMVLL RNEGGVLPLA GQARVAVVGD FARAPRYQGA GSSQVNPYRV
VDAAHAVEKT PVQCVSMTQG FRRDGVADAA LLRESVEAAS RADVVVMFVG LPELYESEGI
DRADLSLPAN QVEAIEAVAG VNDNVVVVLA AGGVVEMPWR DRVKAIVHGY LNGQAGGQAV
WDVLTGVVNP GGRLAETFVE SLSDHPTADI FPADGPTAQY REGLFVGYRY FSTVDAPVAF
PFGFGLSYTS FAYEDFSVEG DSVAVTVRNT GVVAGHEVVQ VYVSGPQVSA FVRPARVLAG
FSRVFVEPGE SVRVRVVLAG EALRSFDVGR GSWVRENGVY RVQVGSHVND VRAEGSFEVR
DGVAVERPVN ADALGVYWTG EVRSVPDAAF AALLGRDVPS SQWQPGPLDV NDPISRWSQA
RSPLARCAAW VLRSLIRRSE KKGKPDLNLL FLSNMPVRAI GKMTNGAMSM EMVHALLLVV
NGHHIRGIGR LVSAWWRNMS LNRATRRELA GGS
|
|---|
| |