84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5129 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5129  RNA binding S1 domain protein  100 
 
 		 276 aa  553  1e-156  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64066 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1813  hypothetical protein  56.16 
 
 		 277 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0500461  normal  0.539487 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1813  hypothetical protein  53.36 
 
 		 283 aa  313  1.9999999999999998e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.307669 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2783  hypothetical protein  53.9 
 
 		 284 aa  309  4e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0117976  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11108  hypothetical protein  51.45 
 
 		 276 aa  290  2e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.533639  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4021  hypothetical protein  50.55 
 
 		 276 aa  268  1e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000280354  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2136  RNA binding S1 domain protein  48 
 
 		 274 aa  262  6e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000118125  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1966  hypothetical protein  45.09 
 
 		 276 aa  260  1e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.294395  normal  0.185697 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2080  RNA binding S1 domain protein  48.36 
 
 		 274 aa  261  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.56309e-28 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1452  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.09 
 
 		 277 aa  260  2e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1618  hypothetical protein  44.2 
 
 		 277 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.165792  normal  0.0266154 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3187  GntR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 280 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.547241  normal  0.0826379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1623  hypothetical protein  43.84 
 
 		 279 aa  242  6e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0568829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1630  hypothetical protein  43.48 
 
 		 279 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0406608 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2281  hypothetical protein  44.32 
 
 		 277 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.014395  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1555  hypothetical protein  43.48 
 
 		 279 aa  241  1e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1766  hypothetical protein  44.2 
 
 		 280 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.530453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2519  hypothetical protein  44.2 
 
 		 280 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.830114 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1803  hypothetical protein  44.2 
 
 		 280 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.303771  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1645  hypothetical protein  44.2 
 
 		 280 aa  240  2e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942277  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1759  hypothetical protein  44.2 
 
 		 280 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1593  hypothetical protein  43.17 
 
 		 278 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1514  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.86 
 
 		 279 aa  239  5e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.493123 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2056  hypothetical protein  42.75 
 
 		 279 aa  237  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00868426  normal  0.106459 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4253  hypothetical protein  42.24 
 
 		 279 aa  237  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49930  hypothetical protein  42.6 
 
 		 279 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.358542 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1697  hypothetical protein  42.39 
 
 		 277 aa  238  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1518  hypothetical protein  41.88 
 
 		 280 aa  238  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0135842 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3786  RNA binding S1  42.81 
 
 		 278 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.198165  normal  0.0264698 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1868  hypothetical protein  42.75 
 
 		 279 aa  237  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2481  hypothetical protein  43.12 
 
 		 277 aa  236  4e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0367564  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4487  hypothetical protein  44.69 
 
 		 284 aa  236  4e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.830856  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2473  RNA binding S1 domain protein  45.76 
 
 		 282 aa  235  6e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.728532 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4023  hypothetical protein  41.67 
 
 		 277 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2610  hypothetical protein  42.03 
 
 		 277 aa  232  5e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1446  RNA binding S1  41.01 
 
 		 278 aa  232  6e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16900  RNA binding protein, S1 family  41.09 
 
 		 289 aa  231  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1326  RNA-binding S1 domain-containing protein  41.45 
 
 		 278 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1724  hypothetical protein  39.71 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.437519  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4563  RNA binding S1 domain protein  40.73 
 
 		 278 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4071  RNA-binding S1 domain-containing protein  40.73 
 
 		 278 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3240  uncharacterized protein-like protein  45.85 
 
 		 280 aa  226  3e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3864  RNA-binding S1 domain-containing protein  40.36 
 
 		 278 aa  224  9e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2579  RNA binding S1 domain protein  42.03 
 
 		 277 aa  223  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.401264 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1111  hypothetical protein  40.07 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003424  hypothetical protein  38.99 
 
 		 277 aa  217  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.303245  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1727  yitL protein  38.97 
 
 		 287 aa  216  2.9999999999999998e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2647  hypothetical protein  40.36 
 
 		 274 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.902029  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02354  hypothetical protein  37.91 
 
 		 277 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2031  RNA-binding S1 domain-containing protein  38.15 
 
 		 277 aa  208  6e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0626  hypothetical protein  40.36 
 
 		 279 aa  208  8e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000762305  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0235  hypothetical protein  39.93 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000105707  hitchhiker  0.0000000000000116702 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0312  hypothetical protein  37.59 
 
 		 282 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0250  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.5 
 
 		 279 aa  186  3e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000115612  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1515  nucleic acid binding protein  35.51 
 
 		 276 aa  181  1e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01079  hypothetical protein  36.8 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2903  RNA binding S1 domain protein  36.56 
 
 		 278 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.144767  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1902  hypothetical protein  33.93 
 
 		 280 aa  165  6.9999999999999995e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000109992  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1621  hypothetical protein  33.57 
 
 		 280 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0056  RNA binding S1  37.44 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0877  RNA-binding S1 domain-containing protein  30.11 
 
 		 284 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4127  hypothetical protein  27.3 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.098552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1241  hypothetical protein  27.66 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1060  hypothetical protein  27.66 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1065  hypothetical protein  27.66 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1167  hypothetical protein  27.66 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1082  hypothetical protein  27.66 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1187  hypothetical protein  40.77 
 
 		 151 aa  102  9e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1274  hypothetical protein  27.3 
 
 		 284 aa  101  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.51389  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1214  hypothetical protein  26.95 
 
 		 284 aa  101  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1319  hypothetical protein  27.3 
 
 		 284 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.270285  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1062  RNA-binding S1 domain-containing protein  26.33 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0425998  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0712  RNA binding S1 domain protein  25.19 
 
 		 286 aa  91.7  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000721227  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0886  RNA binding S1 domain protein  26.97 
 
 		 274 aa  84  0.000000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000369657  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0961  hypothetical protein  24.9 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.93034  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0883  RNA-binding protein  26.12 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000841553 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1452  hypothetical protein  24.11 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.288819  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1481  hypothetical protein  24.11 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2289  RNA-binding protein  28.28 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1511  hypothetical protein  27.76 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00830658  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0476  RNA-binding protein  26.64 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1301  RNA-binding protein  23.31 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.237432  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0752  hypothetical protein  26.09 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000115591  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42428  predicted protein  34.74 
 
 		 252 aa  48.9  0.00009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>