12 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1272 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_1272  10Sa RNA (tmRNA)  100 
 
 		 361 bp  716    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.423231  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_CjtmRNA1  sRNA  91.84 
 
 		 359 bp  238  9e-61  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1752  10Sa RNA (tmRNA)  91.84 
 
 		 359 bp  238  9e-61  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0290  10Sa RNA (tmRNA)  91.33 
 
 		 359 bp  230  2e-58  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2196    94.37 
 
 		 359 bp  218  8e-55  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.310411  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2269  putative tmRNA  92.96 
 
 		 359 bp  202  5e-50  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0606121  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0467  10Sa RNA (tmRNA)  89.29 
 
 		 361 bp  159  7e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0735185  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1273  tmRNA proteolysis tag  100 
 
 		 45 bp  89.7  5e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.386573  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1796  putative tmRNA  86.36 
 
 		 361 bp  79.8  0.0000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_s1268    96.88 
 
 		 366 bp  56  0.000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3833  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  100 
 
 		 1950 bp  46.1  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0025  hypothetical protein  96.3 
 
 		 1080 bp  46.1  0.007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00265781  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>