38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0205 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0205    100 
 
 
114 bp  226  9e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.41685e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0217  50S ribosomal protein L36  95.61 
 
 
114 bp  186  8e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  9.8301e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4669  50S ribosomal protein L36  95.61 
 
 
114 bp  186  8e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  6.72096e-09  unclonable  6.51208e-09 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0179  50S ribosomal protein L36  95.61 
 
 
114 bp  186  8e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.87157e-09  hitchhiker  0.00156032 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4149  50S ribosomal protein L36  95.61 
 
 
114 bp  186  8e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  6.31479e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0220  50S ribosomal protein L36  95.61 
 
 
114 bp  186  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  7.99433e-10  hitchhiker  9.46708e-10 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0215  50S ribosomal protein L36  95.61 
 
 
114 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.34125e-07  hitchhiker  0.00577803 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0220  50S ribosomal protein L36  95.61 
 
 
114 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  3.62841e-10  unclonable  1.43355e-11 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4035  50S ribosomal protein L36  95.61 
 
 
114 bp  186  8e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  3.5995e-11  unclonable  2.19735e-12 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3738  50S ribosomal protein L36  94.74 
 
 
114 bp  178  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.24875e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0252  50S ribosomal protein L36  94.74 
 
 
114 bp  178  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0191  ribosomal protein L36  93.86 
 
 
147 bp  170  5e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  9.86324e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0234  50S ribosomal protein L36  93.86 
 
 
114 bp  170  5e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.43083e-10  unclonable  7.71527e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0169  50S ribosomal protein L36  93.81 
 
 
114 bp  168  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  4.09443e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0442  50S ribosomal protein L36P  93.75 
 
 
126 bp  71.9  3e-11  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.817309  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3493  50S ribosomal protein L36  87.72 
 
 
117 bp  58  5e-07  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.32904e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3782  50S ribosomal protein L36  87.72 
 
 
117 bp  58  5e-07  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.25761e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0414  50S ribosomal protein L36  87.72 
 
 
117 bp  58  5e-07  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  5.52081e-05  unclonable  1.17832e-08 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0414  ribosomal protein L36  87.72 
 
 
117 bp  58  5e-07  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.3684e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3594  50S ribosomal protein L36  87.72 
 
 
117 bp  58  5e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0054931  normal  0.0468357 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03101  hypothetical protein  87.72 
 
 
117 bp  58  5e-07  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0561863  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4622  50S ribosomal protein L36  87.72 
 
 
117 bp  58  5e-07  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  9.00319e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3730  50S ribosomal protein L36  87.72 
 
 
117 bp  58  5e-07  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00190831  hitchhiker  0.00407202 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03150  50S ribosomal protein L36  87.72 
 
 
117 bp  58  5e-07  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0836067  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4523    83.75 
 
 
114 bp  56  2e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  4.50313e-10  hitchhiker  4.67082e-06 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0479  50S ribosomal protein L36P  100 
 
 
114 bp  52  3e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00751  50S ribosomal protein L36  90.24 
 
 
114 bp  50.1  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001721  LSU ribosomal protein L36p  90.24 
 
 
114 bp  50.1  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.73745e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2153  50S ribosomal protein L36  90.24 
 
 
114 bp  50.1  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.25133e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0858  50S ribosomal protein L36  87.5 
 
 
117 bp  48.1  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0508  ribosomal protein L36  87.5 
 
 
168 bp  48.1  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.130854  hitchhiker  0.00874206 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0475  50S ribosomal protein L36  87.5 
 
 
117 bp  48.1  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.19186e-05 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0647  ribosomal protein L36  87.23 
 
 
117 bp  46.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3980  50S ribosomal protein L36  84.48 
 
 
117 bp  44.1  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.208556  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3801  50S ribosomal protein L36  84.48 
 
 
117 bp  44.1  0.007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0207121  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0344  50S ribosomal protein L36  84.48 
 
 
117 bp  44.1  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0208995  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0426  50S ribosomal protein L36  84.48 
 
 
117 bp  44.1  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128717  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0304  50S ribosomal protein L36  84.48 
 
 
117 bp  44.1  0.007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  2.29696e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>