263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0475 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0475  50S ribosomal protein L36  100 
 
 
38 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000219186 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0647  ribosomal protein L36  100 
 
 
38 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4728  50S ribosomal protein L36  100 
 
 
38 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.243342  normal  0.440571 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3888  50S ribosomal protein L36  100 
 
 
38 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00159643  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0508  ribosomal protein L36  100 
 
 
55 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.130854  hitchhiker  0.00874206 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09070  50S ribosomal protein L36  94.74 
 
 
38 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.417954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0858  50S ribosomal protein L36  94.74 
 
 
38 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06460  50S ribosomal protein L36  94.74 
 
 
38 aa  73.2  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3730  50S ribosomal protein L36  89.47 
 
 
38 aa  72.4  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00190831  hitchhiker  0.00407202 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03150  50S ribosomal protein L36  86.84 
 
 
38 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0836067  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0414  ribosomal protein L36  86.84 
 
 
38 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000033684  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03101  hypothetical protein  86.84 
 
 
38 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0561863  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0414  50S ribosomal protein L36  86.84 
 
 
38 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000552081  unclonable  0.0000000117832 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3594  50S ribosomal protein L36  86.84 
 
 
38 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0054931  normal  0.0468357 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3493  50S ribosomal protein L36  86.84 
 
 
38 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000232904  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3782  50S ribosomal protein L36  86.84 
 
 
38 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000525761  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4622  50S ribosomal protein L36  86.84 
 
 
38 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000900319  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3801  50S ribosomal protein L36  89.47 
 
 
38 aa  70.9  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0207121  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0426  50S ribosomal protein L36  89.47 
 
 
38 aa  71.2  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128717  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0304  50S ribosomal protein L36  89.47 
 
 
38 aa  70.9  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000229696  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3980  50S ribosomal protein L36  89.47 
 
 
38 aa  70.9  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.208556  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0344  50S ribosomal protein L36  86.84 
 
 
38 aa  70.5  0.000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0208995  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0980  50S ribosomal protein L36  84.21 
 
 
38 aa  70.1  0.000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000194486  hitchhiker  0.00368678 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00959  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  67.8  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000239291  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3724  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
46 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0547196  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1010  50S ribosomal protein L36  78.95 
 
 
38 aa  66.6  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000678722  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3500  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
46 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1946  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
46 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.779159  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3275  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000772406 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0271  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0386198 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2817  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111902  normal  0.172342 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2997  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.373572 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2610  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2928  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000201149 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0349  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0968367 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3158  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3754  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0869692  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3622  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00017542  hitchhiker  0.000000000119611 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3469  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3046  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.13587  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0336  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.191743  hitchhiker  0.00985215 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3295  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  65.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2737  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.88036  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3782  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0289  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0370  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0917084  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3147  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0831779  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0298  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
38 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00439653  normal  0.106289 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0349  ribosomal protein L36  73.68 
 
 
38 aa  65.1  0.0000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0350  50S ribosomal protein L36  89.47 
 
 
37 aa  64.7  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0325149  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0520  50S ribosomal protein L36  89.47 
 
 
37 aa  64.7  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.130512  unclonable  0.0000000000126926 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0442  50S ribosomal protein L36P  84.21 
 
 
41 aa  63.9  0.0000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.817309  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0080a  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  63.5  0.0000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000400492  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001721  LSU ribosomal protein L36p  84.21 
 
 
37 aa  63.2  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000373745  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2153  50S ribosomal protein L36  84.21 
 
 
37 aa  63.2  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000225133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00751  50S ribosomal protein L36  84.21 
 
 
37 aa  63.2  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0740  50S ribosomal protein L36  86.84 
 
 
37 aa  63.5  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00337234  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4669  50S ribosomal protein L36  84.21 
 
 
37 aa  62  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000672096  unclonable  0.00000000651208 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4221  ribosomal protein L36  81.58 
 
 
43 aa  62  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.238341  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0191  ribosomal protein L36  81.58 
 
 
48 aa  62.4  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000986324  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3316  50S ribosomal protein L36  84.21 
 
 
37 aa  62.4  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.696898  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3927  50S ribosomal protein L36  84.21 
 
 
37 aa  62.4  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0234  50S ribosomal protein L36  84.21 
 
 
37 aa  62  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000243083  unclonable  0.00000771527 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3421  50S ribosomal protein L36P  81.58 
 
 
37 aa  62  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.193423 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4035  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  61.6  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000035995  unclonable  0.00000000000219735 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0252  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  61.6  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4255  50S ribosomal protein L36  84.21 
 
 
37 aa  61.6  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000277487  unclonable  0.00000000000170252 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0179  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  61.6  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000187157  hitchhiker  0.00156032 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0497  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  61.2  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3738  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  61.6  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000224875  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0220  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  61.6  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000362841  unclonable  0.0000000000143355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0215  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  61.6  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000134125  hitchhiker  0.00577803 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0220  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  61.6  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  hitchhiker  0.000000000946708 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0217  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  61.6  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000098301  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0341  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  61.2  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.165247  hitchhiker  0.000355537 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4149  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  61.6  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000631479  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0479  50S ribosomal protein L36P  84.21 
 
 
37 aa  61.2  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0169  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  61.2  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000409443  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2610  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  61.2  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.142007  normal  0.487826 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3503  50S ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  61.2  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000992018  hitchhiker  0.0000000744799 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2303  50S ribosomal protein L36P  81.58 
 
 
37 aa  60.8  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.494369  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1923  50S ribosomal protein L36  73.68 
 
 
38 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2041  50S ribosomal protein L36  73.68 
 
 
38 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.89804  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1213  50S ribosomal protein L36  73.68 
 
 
38 aa  60.8  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00616764 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1956  50S ribosomal protein L36  73.68 
 
 
38 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1934  50S ribosomal protein L36  73.68 
 
 
38 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.549268 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0622  ribosomal protein L36  73.68 
 
 
37 aa  59.7  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0139923  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0510  50S ribosomal protein L36  73.68 
 
 
38 aa  59.7  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.106687  hitchhiker  0.00286829 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0505  50S ribosomal protein L36  71.05 
 
 
38 aa  59.3  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000136096  normal  0.026153 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2148  ribosomal protein L36  81.58 
 
 
37 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0657747  normal  0.398863 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5049  ribosomal protein L36  76.32 
 
 
37 aa  59.3  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0358  50S ribosomal protein L36  81.08 
 
 
40 aa  58.5  0.00000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.47138e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17201  50S ribosomal protein L36  73.68 
 
 
38 aa  58.5  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0394  50S ribosomal protein L36  78.95 
 
 
37 aa  57.8  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.153637  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0402  50S ribosomal protein L36  78.95 
 
 
37 aa  57.8  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0622  50S ribosomal protein L36  78.95 
 
 
37 aa  57.8  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0072  ribosomal protein L36  76.32 
 
 
38 aa  57.4  0.00000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.346676  hitchhiker  0.00000000224285 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0249  50S ribosomal protein L36  73.68 
 
 
37 aa  57.4  0.00000006  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0837  ribosomal protein L36  76.32 
 
 
37 aa  57.4  0.00000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0341  50S ribosomal protein L36P  73.68 
 
 
37 aa  57.4  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000597452  unclonable  0.0000000332549 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>