58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4462 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4462  nucleic acid binding protein  100 
 
 
95 aa  196  6e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0112  hypothetical protein  71.58 
 
 
93 aa  137  5e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0097  hypothetical protein  71.58 
 
 
93 aa  137  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00377155 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0112  nucleic acid binding protein  71.58 
 
 
93 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0046  hypothetical protein  69.47 
 
 
96 aa  133  8e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0089  hypothetical protein  73.91 
 
 
96 aa  132  1e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0068  hypothetical protein  75 
 
 
91 aa  130  4e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00800  hypothetical protein  75 
 
 
91 aa  131  4e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0143  hypothetical protein  67.37 
 
 
95 aa  130  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0115  hypothetical protein  68.42 
 
 
93 aa  130  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.122357 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01080  hypothetical protein  60.44 
 
 
91 aa  107  6e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0321  hypothetical protein  44.32 
 
 
86 aa  74.3  5e-13  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0398  hypothetical protein  41.46 
 
 
86 aa  73.6  1e-12  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0032  hypothetical protein  41.46 
 
 
78 aa  66.6  1e-10  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0055  hypothetical protein  45.57 
 
 
83 aa  64.7  4e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.630825  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0301  hypothetical protein  52.63 
 
 
64 aa  53.9  7e-07  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4559  hypothetical protein  53.66 
 
 
67 aa  53.1  1e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0405858  normal  0.361912 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3686  hypothetical protein  57.89 
 
 
73 aa  52.4  2e-06  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.88375  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0267  hypothetical protein  57.89 
 
 
73 aa  52.4  2e-06  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.412857  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3929  hypothetical protein  57.89 
 
 
73 aa  52.4  2e-06  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0358004  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3546  hypothetical protein  53.85 
 
 
66 aa  50.1  1e-05  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.17809e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0363  hypothetical protein  53.85 
 
 
66 aa  50.1  1e-05  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.049912  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3631  hypothetical protein  53.85 
 
 
66 aa  50.1  1e-05  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000471494  hitchhiker  0.000413394 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03152  hypothetical protein  53.85 
 
 
66 aa  50.1  1e-05  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000462043  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4659  hypothetical protein  53.85 
 
 
66 aa  50.1  1e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  3.29375e-08  normal  0.021079 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3819  hypothetical protein  53.85 
 
 
66 aa  50.1  1e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  7.54125e-08  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0363  conserved hypothetical protein  53.85 
 
 
66 aa  50.1  1e-05  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0869191  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3724  hypothetical protein  53.85 
 
 
66 aa  50.1  1e-05  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.86305e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3726  hypothetical protein  53.85 
 
 
66 aa  49.3  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0444332  normal  0.18978 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3652  hypothetical protein  53.85 
 
 
66 aa  49.3  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00259735  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3653  hypothetical protein  53.85 
 
 
66 aa  49.3  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00013028  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0679  hypothetical protein  43.75 
 
 
66 aa  48.9  2e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3761  hypothetical protein  53.85 
 
 
66 aa  49.3  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0464102  normal  0.29121 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3824  hypothetical protein  53.85 
 
 
66 aa  49.3  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.043094  normal  0.823477 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3767  hypothetical protein  51.28 
 
 
66 aa  49.3  2e-05  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.103883  hitchhiker  0.00329253 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03981  predicted nucleic-acid-binding protein containing an-ribbon domain  50 
 
 
68 aa  47.8  5e-05  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.978441  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3198  hypothetical protein  55.56 
 
 
72 aa  47.4  6e-05  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.426045  normal  0.0272863 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3475  hypothetical protein  41.67 
 
 
67 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3116  hypothetical protein  41.67 
 
 
67 aa  46.2  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0111  hypothetical protein  46.15 
 
 
68 aa  46.6  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0864  hypothetical protein  41.67 
 
 
67 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0900  hypothetical protein  41.67 
 
 
67 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0888  hypothetical protein  41.67 
 
 
67 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00067  hypothetical protein  38.33 
 
 
81 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3860  hypothetical protein  47.37 
 
 
66 aa  46.2  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002287  hypothetical protein  44.74 
 
 
66 aa  45.8  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.469964  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2183  hypothetical protein  44.74 
 
 
66 aa  45.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.51825e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2995  hypothetical protein  50 
 
 
65 aa  44.3  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0594  hypothetical protein  50 
 
 
66 aa  44.3  0.0005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.203773 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3283  hypothetical protein  47.37 
 
 
65 aa  44.3  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0434  hypothetical protein  47.37 
 
 
67 aa  42.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0886  hypothetical protein  47.22 
 
 
66 aa  42.4  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3177  hypothetical protein  39.53 
 
 
65 aa  42.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0742  hypothetical protein  47.22 
 
 
66 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3280  hypothetical protein  47.22 
 
 
66 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3392  hypothetical protein  47.22 
 
 
66 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0378  hypothetical protein  50 
 
 
64 aa  40.8  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3500  hypothetical protein  43.24 
 
 
69 aa  40.4  0.009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>