More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0073 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013530  Xcel_R0060  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.488944  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0006  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108569 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01860  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0074  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.529781 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0073  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.524429 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0007  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0057  tRNA-Asp  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116847  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0020  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0054  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.521016 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34020  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  2e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.73239  normal  0.53918 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0045  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.280943 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0046  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0046  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.923307  normal  0.624215 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14012  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.25537e-37  hitchhiker  3.44638e-06 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0016  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.649998  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0049  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  2e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.85452 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0051  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0049  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0014  tRNA-Asp  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0055  tRNA-Asp  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.509832  normal  0.38034 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37120  tRNA-Asp  94.59 
 
 
77 bp  115  1e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.176209  normal  0.041751 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0055  tRNA-Asp  94.59 
 
 
77 bp  115  1e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06170  tRNA-Asp  98.28 
 
 
74 bp  107  4e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.58434  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0076  tRNA-Asp  91.89 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25090  tRNA-Asp  91.89 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.657176  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  92.06 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  92.06 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0054  tRNA-Asp  92.06 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  1.5644e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  92.06 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  92.06 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1400  tRNA-Asp  92.06 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.754313 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0056  tRNA-Asp  92.06 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0005  tRNA-Asp  91.94 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0059  tRNA-Asp  97.78 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.778422  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  91.8 
 
 
74 bp  81.8  2e-14  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0061  tRNA-Asp  97.78 
 
 
74 bp  81.8  2e-14  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.213115  normal  0.210612 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0034  tRNA-Asp  94.23 
 
 
74 bp  79.8  8e-14  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.848663  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  90.48 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0094  tRNA-Asp  92.73 
 
 
74 bp  77.8  3e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  90.48 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  90.48 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0096  tRNA-Asp  92.73 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.434013  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0093  tRNA-Asp  92.73 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  90.48 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  90.48 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  90.48 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  90.16 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  90.16 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  90.16 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0059  tRNA-Asp  97.56 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.938712  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  90.16 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  90.16 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0052  tRNA-Asp  92.31 
 
 
78 bp  71.9  2e-11  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000174221  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  88.89 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14160  tRNA-Asp  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13730  tRNA-Asp  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  88.89 
 
 
79 bp  69.9  8e-11  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0298  tRNA-Asp  88.89 
 
 
79 bp  69.9  8e-11  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00212865  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  2.03604e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  9.33276e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2259  tRNA-Asp  90.91 
 
 
79 bp  69.9  8e-11  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  6.13833e-07  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0038  tRNA-Asp  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298827  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2219  tRNA-Asp  90.91 
 
 
79 bp  69.9  8e-11  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08680  tRNA-Asp  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00345298  normal  0.233368 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1156  tRNA-Asp  95.12 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00893597  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1160  tRNA-Asp  95.12 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0165656  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2178  tRNA-Asp  95.12 
 
 
79 bp  65.9  1e-09  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2182  tRNA-Asp  95.12 
 
 
79 bp  65.9  1e-09  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1734  tRNA-Asp  95.12 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  5.27786e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0082  tRNA-Asp  93.33 
 
 
75 bp  65.9  1e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  95.12 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.520938  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1738  tRNA-Asp  95.12 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  4.57664e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0059  tRNA-Asp  93.33 
 
 
78 bp  65.9  1e-09  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  95.12 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0038  tRNA-Asp  93.18 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.64026e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0040  tRNA-Asp  93.18 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.65357e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1179  tRNA-Asp  97.22 
 
 
79 bp  63.9  5e-09  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.015483  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>