11 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0042 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03541  conserved hypothetical protein  100 
 
 
150 bp  262  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0047  conserved hypothetical protein  100 
 
 
147 bp  262  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0042    100 
 
 
132 bp  262  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3870  hypothetical protein  99.24 
 
 
150 bp  254  5e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4013  hypothetical protein  97.66 
 
 
147 bp  230  7e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4110    95.45 
 
 
144 bp  206  1e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4164    95.45 
 
 
144 bp  206  1e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4146    93.75 
 
 
564 bp  48.1  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00468969  hitchhiker  0.00966617 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4094  hypothetical protein  93.75 
 
 
771 bp  48.1  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4082  virulence protein  89.47 
 
 
1038 bp  44.1  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4145  virulence protein  89.47 
 
 
1038 bp  44.1  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.373189  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>