216 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Shewana3_0006  CDS  NC_008577  6841  8466  1626  protein translocase subunit yidC  YP_867657  hitchhiker  0.0000101193  unclonable  0.0000000000873101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0007  CDS  NC_008577  8470  8724  255  hypothetical protein  YP_867658  unclonable  0.00000000225175  unclonable  0.0000000000348643  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0008  CDS  NC_008577  8691  9047  357  ribonuclease P  YP_867659  unclonable  0.00000000450646  unclonable  0.0000000000397397  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0009  CDS  NC_008577  9651  11033  1383  chromosomal replication initiation protein  YP_867660  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0010  CDS  NC_008577  11054  12154  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_867661  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0067  CDS  NC_008577  78662  79882  1221  major facilitator transporter  YP_867718  normal  0.700351  unclonable  0.0000000000855622  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0068  CDS  NC_008577  80143  82539  2397  TonB-dependent receptor  YP_867719  unclonable  0.0000121546  unclonable  0.000000000240632  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0124  CDS  NC_008577  139551  142121  2571  peptidase M6, immune inhibitor A  YP_867774  unclonable  0.0000205942  unclonable  0.000000000253026  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0198  CDS  NC_008577  243299  243610  312  30S ribosomal protein S10  YP_867848  unclonable  0.00000000267319  hitchhiker  0.0000000013297  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0199  CDS  NC_008577  243638  244276  639  50S ribosomal protein L3  YP_867849  unclonable  0.000000010724  hitchhiker  0.0000000019855  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0200  CDS  NC_008577  244294  244899  606  50S ribosomal protein L4  YP_867850  unclonable  0.00000000634413  hitchhiker  0.00000000166621  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0201  CDS  NC_008577  244896  245201  306  50S ribosomal protein L23  YP_867851  unclonable  0.00000000118285  hitchhiker  0.00000000127878  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0202  CDS  NC_008577  245218  246042  825  50S ribosomal protein L2  YP_867852  unclonable  0.00000000998768  hitchhiker  0.00000000161676  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0203  CDS  NC_008577  246057  246335  279  30S ribosomal protein S19  YP_867853  unclonable  0.00000000108032  hitchhiker  0.00000000125391  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0204  CDS  NC_008577  246351  246683  333  50S ribosomal protein L22  YP_867854  unclonable  0.0000000013887  hitchhiker  0.0000000012298  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0205  CDS  NC_008577  246693  247385  693  30S ribosomal protein S3  YP_867855  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0206  CDS  NC_008577  247397  247807  411  50S ribosomal protein L16  YP_867856  unclonable  0.00000000248969  hitchhiker  0.00000000118296  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0207  CDS  NC_008577  247807  247998  192  50S ribosomal protein L29  YP_867857  unclonable  0.00000000114763  hitchhiker  0.00000000110485  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0208  CDS  NC_008577  247998  248246  249  30S ribosomal protein S17  YP_867858  unclonable  0.00000000159917  hitchhiker  0.0000000011379  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0216  CDS  NC_008577  251322  251825  504  30S ribosomal protein S5  YP_867866  unclonable  0.00000000281151  hitchhiker  0.00000000127878  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0217  CDS  NC_008577  251832  252014  183  50S ribosomal protein L30  YP_867867  unclonable  0.000000000799433  hitchhiker  0.000000000956055  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0218  CDS  NC_008577  252018  252452  435  50S ribosomal protein L15  YP_867868  unclonable  0.00000000246437  hitchhiker  0.00000000104256  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0219  CDS  NC_008577  252460  253800  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_867869  unclonable  0.000000110874  hitchhiker  0.00000000176689  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0220  CDS  NC_008577  253822  253935  114  50S ribosomal protein L36  YP_867870  unclonable  0.000000000799433  hitchhiker  0.000000000946708  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0221  CDS  NC_008577  254051  254407  357  30S ribosomal protein S13  YP_867871  unclonable  0.00000000205657  unclonable  0.0000000000430972  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0222  CDS  NC_008577  254422  254814  393  30S ribosomal protein S11  YP_867872  hitchhiker  0.0000251222  unclonable  0.0000000000422157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0223  CDS  NC_008577  254846  255466  621  30S ribosomal protein S4  YP_867873  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0224  CDS  NC_008577  255491  256480  990  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  YP_867874  normal  0.0145611  unclonable  0.0000000000750145  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0225  CDS  NC_008577  256521  256916  396  50S ribosomal protein L17  YP_867875  normal  0.0682368  unclonable  0.0000000000471873  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0226  CDS  NC_008577  256982  257986  1005  hypothetical protein  YP_867876  normal  0.276636  unclonable  0.0000000000664579  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0227  CDS  NC_008577  258101  258586  486  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  YP_867877  normal  0.153064  unclonable  0.0000000000366599  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0228  CDS  NC_008577  258583  258783  201  Heme exporter protein D (CcmD)  YP_867878  normal  0.102118  unclonable  0.0000000000309082  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0229  CDS  NC_008577  258783  259529  747  heme exporter protein CcmC  YP_867879  normal  0.162177  unclonable  0.000000000040148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0230  CDS  NC_008577  259531  260217  687  heme exporter protein CcmB  YP_867880  normal  0.051216  unclonable  0.0000000000381646  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0231  CDS  NC_008577  260229  260879  651  cytochrome c biogenesis protein CcmA  YP_867881  normal  0.196504  unclonable  0.0000000000426589  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0232  CDS  NC_008577  261205  261504  300  cytochrome c, class I  YP_867882  normal  0.0199425  unclonable  0.0000000000331566  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0233  CDS  NC_008577  261588  262835  1248  TPR repeat-containing protein  YP_867883  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0234  CDS  NC_008577  263235  265214  1980  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  YP_867884  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0235  CDS  NC_008577  265226  265780  555  periplasmic protein thiol--disulphide oxidoreductase DsbE  YP_867885  hitchhiker  0.000600061  unclonable  0.0000000000422157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0236  CDS  NC_008577  265777  266256  480  cytochrome C biogenesis protein  YP_867886  hitchhiker  0.000158363  unclonable  0.00000000004354  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0237  CDS  NC_008577  266253  266834  582  redoxin domain-containing protein  YP_867887  decreased coverage  0.00000132187  unclonable  0.000000000045327  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0286  CDS  NC_008577  318683  320854  2172  TonB-dependent receptor  YP_867935  unclonable  0.00000746849  unclonable  0.000000000233468  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0299  CDS  NC_008577  331825  334062  2238  TonB-dependent siderophore receptor  YP_867948  unclonable  0.00000445581  hitchhiker  0.000163743  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0319  CDS  NC_008577  354235  354810  576  XRE family transcriptional regulator  YP_867968  unclonable  0.00000000379854  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0398  CDS  NC_008577  457504  457809  306  DNA-binding protein Fis  YP_868047  unclonable  0.00000000307765  normal  0.122976  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0431  CDS  NC_008577  498784  500826  2043  peptidase M13  YP_868080  unclonable  0.00000285059  normal  0.587511  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0432  CDS  NC_008577  500896  501552  657  2-deoxyglucose-6-phosphatase  YP_868081  unclonable  0.00000000498152  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0433  CDS  NC_008577  501912  504584  2673  bifunctional aconitate hydratase 2/2-methylisocitrate dehydratase  YP_868082  unclonable  0.0000306344  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0594  CDS  NC_008577  696509  697900  1392  cell wall hydrolase/autolysin  YP_868239  unclonable  0.000000169523  decreased coverage  0.000000280884  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0631  CDS  NC_008577  741265  741966  702  hypothetical protein  YP_868275  unclonable  0.0000000129796  normal  0.0702813  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0655  CDS  NC_008577  775190  775564  375  hypothetical protein  YP_868299  unclonable  0.00000000140297  normal  0.126448  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0692  CDS  NC_008577  809168  809596  429  50S ribosomal protein L13  YP_868336  unclonable  0.00000000556575  decreased coverage  0.00000194665  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0693  CDS  NC_008577  809611  810003  393  30S ribosomal protein S9  YP_868337  unclonable  0.00000000579549  decreased coverage  0.00000193008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0699  CDS  NC_008577  815712  817136  1425  major facilitator transporter  YP_868343  unclonable  0.000000337729  hitchhiker  0.00021718  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0700  CDS  NC_008577  817318  818073  756  hypothetical protein  YP_868344  unclonable  0.0000000147849  hitchhiker  0.000148247  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0716  CDS  NC_008577  833315  835510  2196  TonB-dependent siderophore receptor  YP_868360  unclonable  0.00000695687  hitchhiker  0.000361428  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0733  CDS  NC_008577  851205  852284  1080  porin  YP_868377  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0759  CDS  NC_008577  879811  881895  2085  peptidase M13  YP_868403  unclonable  0.00000318584  normal  0.501686  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0768  CDS  NC_008577  890351  891601  1251  glutamyl-tRNA reductase  YP_868412  unclonable  0.0000000952775  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0820  CDS  NC_008577  951063  951611  549  SH3 type 3 domain-containing protein  YP_868464  unclonable  0.00000000513438  normal  0.215798  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0821  CDS  NC_008577  951807  953096  1290  phosphate transporter  YP_868465  unclonable  0.000000102256  normal  0.247427  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0902  CDS  NC_008577  1052292  1053242  951  WD-40 repeat-containing protein  YP_868545  unclonable  0.0000000307912  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0903  CDS  NC_008577  1053397  1054167  771  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_868546  unclonable  0.0000000168489  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0919  CDS  NC_008577  1074896  1075804  909  hypothetical protein  YP_868560  unclonable  0.0000000244259  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0952  CDS  NC_008577  1115429  1117618  2190  TonB-dependent siderophore receptor  YP_868593  unclonable  0.00000770151  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0991  CDS  NC_008577  1160999  1162174  1176  penicillin-binding protein 6  YP_868632  unclonable  0.00000007627  normal  0.347803  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0995  CDS  NC_008577  1165327  1167183  1857  peptidoglycan glycosyltransferase  YP_868636  unclonable  0.000000900115  normal  0.206093  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0996  CDS  NC_008577  1167244  1167714  471  rRNA large subunit methyltransferase  YP_868637  unclonable  0.00000000270066  normal  0.150944  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0997  CDS  NC_008577  1167714  1168058  345  iojap-like protein  YP_868638  unclonable  0.00000000184153  normal  0.149582  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1023  CDS  NC_008577  1194088  1196061  1974  membrane protease FtsH catalytic subunit  YP_868664  unclonable  0.00000161981  hitchhiker  0.0000832625  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1035  CDS  NC_008577  1209065  1211164  2100  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  YP_868676  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1037  CDS  NC_008577  1212358  1213938  1581  peptide chain release factor 3  YP_868678  hitchhiker  0.00294724  unclonable  0.000000000176372  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1038  CDS  NC_008577  1214197  1214964  768  TatD-related deoxyribonuclease  YP_868679  hitchhiker  0.0000100963  unclonable  0.0000000000956605  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1039  CDS  NC_008577  1215141  1216400  1260  Na+ dependent nucleoside transporter  YP_868680  unclonable  0.0000000852943  unclonable  0.000000000104739  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1040  CDS  NC_008577  1216736  1217575  840  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  YP_868681  unclonable  0.0000000125932  unclonable  0.0000000000727651  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1100  CDS  NC_008577  1294018  1294422  405  transcription antitermination protein NusB  YP_868741  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1111  CDS  NC_008577  1306864  1309071  2208  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  YP_868752  unclonable  0.00000524023  normal  0.850048  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1135  CDS  NC_008577  1339997  1340446  450  cytochrome c, class II  YP_868776  unclonable  0.00000000323618  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1182  CDS  NC_008577  1389839  1390555  717  tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase  YP_868823  unclonable  0.00000000998768  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1208  CDS  NC_008577  1412053  1413066  1014  L-threonine aldolase  YP_868849  unclonable  0.0000000586474  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1373  CDS  NC_008577  1585825  1587294  1470  amino acid/peptide transporter  YP_869013  unclonable  0.000000302128  hitchhiker  0.00000791426  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1418  CDS  NC_008577  1643838  1645247  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_869058  unclonable  0.000000145575  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1436  CDS  NC_008577  1665505  1665780  276  protein translocase subunit yajC  YP_869076  unclonable  0.00000000109142  hitchhiker  0.000636763  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1443  CDS  NC_008577  1671430  1673859  2430  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_869083  unclonable  0.0000125277  hitchhiker  0.0000000821824  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1447  CDS  NC_008577  1678404  1679417  1014  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_869087  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1448  CDS  NC_008577  1679600  1680352  753  hypothetical protein  YP_869088  hitchhiker  0.000000347149  unclonable  0.0000000000712925  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1449  CDS  NC_008577  1680474  1680860  387  hypothetical protein  YP_869089  hitchhiker  0.0000000745945  unclonable  0.0000000000491458  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1450  CDS  NC_008577  1680961  1682247  1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_869090  hitchhiker  0.0000153151  unclonable  0.0000000000946875  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1451  CDS  NC_008577  1682588  1684039  1452  sodium/proline symporter  YP_869091  normal  0.0423407  unclonable  0.000000000084673  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1452  CDS  NC_008577  1684198  1684902  705  hypothetical protein  YP_869092  normal  0.389327  unclonable  0.0000000000496507  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1453  CDS  NC_008577  1684895  1685458  564  RNA polymerase sigma factor  YP_869093  normal  unclonable  0.0000000000486459  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1454  CDS  NC_008577  1685552  1687213  1662  hypothetical protein  YP_869094  normal  unclonable  0.000000000118146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1455  CDS  NC_008577  1687207  1689279  2073  TPR repeat-containing protein  YP_869095  normal  unclonable  0.000000000112359  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1477  CDS  NC_008577  1717523  1718539  1017  aspartate semialdehyde dehydrogenase  YP_869117  unclonable  0.0000000311076  normal  0.537594  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1530  CDS  NC_008577  1781664  1782680  1017  putative periplasmic protease  YP_869170  unclonable  0.0000000234628  unclonable  0.0000000000765641  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1531  CDS  NC_008577  1782874  1783905  1032  AraC family transcriptional regulator  YP_869171  hitchhiker  0.00128514  unclonable  0.000000000084673  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1532  CDS  NC_008577  1784046  1785230  1185  hypothetical protein  YP_869172  normal  0.159244  unclonable  0.000000000103674  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1547  CDS  NC_008577  1803990  1804082  93  hypothetical protein  YP_869187  unclonable  0.000000000441872  normal  0.0853301  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1548  CDS  NC_008577  1804215  1804649  435  hypothetical protein  YP_869188  unclonable  0.00000000222885  normal  0.0948256  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1568  CDS  NC_008577  1834654  1835694  1041  cell division protein ZipA  YP_869208  hitchhiker  0.0000000509277  unclonable  0.0000000000765641  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>