220 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Shewmr4_0001  CDS  NC_008321  79  1461  1383  chromosomal replication initiation protein  YP_732140  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0002  CDS  NC_008321  1482  2582  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_732141  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0003  CDS  NC_008321  2744  3826  1083  recombination protein F  YP_732142  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0004  CDS  NC_008321  3843  6260  2418  DNA gyrase subunit B  YP_732143  normal  0.850847  unclonable  0.0000000000498396  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0005  CDS  NC_008321  6341  6997  657  glutathione S-transferase domain-containing protein  YP_732144  normal  unclonable  0.0000000000152518  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0023  CDS  NC_008321  27840  28148  309  ArsR family transcriptional regulator  YP_732162  unclonable  0.00000000124872  hitchhiker  0.000733869  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0124  CDS  NC_008321  136100  138955  2856  TonB-dependent receptor  YP_732262  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0179  CDS  NC_008321  200018  200836  819  glutamate racemase  YP_732317  unclonable  0.00000000377093  normal  0.781333  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0180  CDS  NC_008321  200848  201312  465  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_732318  unclonable  0.000000000725181  normal  0.749946  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0184  CDS  NC_008321  210493  210624  132  hypothetical protein  YP_732322  unclonable  0.00000000029954  normal  0.0251326  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0185  CDS  NC_008321  211092  212276  1185  elongation factor Tu  YP_732323  unclonable  0.0000000201579  hitchhiker  0.00891044  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0186  CDS  NC_008321  212554  212925  372  preprotein translocase subunit SecE  YP_732324  unclonable  0.000000000826672  hitchhiker  0.00751304  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0187  CDS  NC_008321  212935  213486  552  transcription antitermination protein nusG  YP_732325  unclonable  0.00000000177465  hitchhiker  0.00840518  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0188  CDS  NC_008321  213615  214043  429  50S ribosomal protein L11  YP_732326  unclonable  0.00000000110697  hitchhiker  0.00720013  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0189  CDS  NC_008321  214048  214749  702  50S ribosomal protein L1  YP_732327  unclonable  0.00000000305059  hitchhiker  0.00355335  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0197  CDS  NC_008321  227874  229058  1185  elongation factor Tu  YP_732335  hitchhiker  0.00000553237  unclonable  0.0000000000241033  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0198  CDS  NC_008321  229397  229708  312  30S ribosomal protein S10  YP_732336  hitchhiker  0.000000200655  unclonable  0.0000000000157318  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0199  CDS  NC_008321  229736  230374  639  50S ribosomal protein L3  YP_732337  hitchhiker  0.000000636858  unclonable  0.0000000000196513  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0200  CDS  NC_008321  230392  230997  606  50S ribosomal protein L4  YP_732338  hitchhiker  0.00000425276  unclonable  0.0000000000211023  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0201  CDS  NC_008321  230994  231299  306  50S ribosomal protein L23  YP_732339  hitchhiker  0.00000698801  unclonable  0.0000000000184888  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0202  CDS  NC_008321  231316  232140  825  50S ribosomal protein L2  YP_732340  hitchhiker  0.000118322  unclonable  0.0000000000286265  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0203  CDS  NC_008321  232155  232433  279  30S ribosomal protein S19  YP_732341  hitchhiker  0.0000219443  unclonable  0.0000000000154128  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0204  CDS  NC_008321  232449  232781  333  50S ribosomal protein L22  YP_732342  hitchhiker  0.0000274538  unclonable  0.0000000000170547  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0205  CDS  NC_008321  232791  233483  693  30S ribosomal protein S3  YP_732343  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0206  CDS  NC_008321  233495  233905  411  50S ribosomal protein L16  YP_732344  hitchhiker  0.00000020814  unclonable  0.0000000000172303  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0207  CDS  NC_008321  233905  234096  192  50S ribosomal protein L29  YP_732345  hitchhiker  0.000000132572  unclonable  0.0000000000150964  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0208  CDS  NC_008321  234096  234344  249  30S ribosomal protein S17  YP_732346  hitchhiker  0.000000014726  unclonable  0.0000000000149425  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0209  CDS  NC_008321  234523  234891  369  50S ribosomal protein L14  YP_732347  hitchhiker  0.0000000278183  unclonable  0.0000000000139083  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0210  CDS  NC_008321  234903  235217  315  50S ribosomal protein L24  YP_732348  hitchhiker  0.0000000216375  unclonable  0.0000000000129617  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0211  CDS  NC_008321  235230  235769  540  50S ribosomal protein L5  YP_732349  hitchhiker  0.0000226613  unclonable  0.0000000000144866  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0212  CDS  NC_008321  235780  236085  306  30S ribosomal protein S14  YP_732350  hitchhiker  0.0000559885  unclonable  0.0000000000128265  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0213  CDS  NC_008321  236110  236502  393  30S ribosomal protein S8  YP_732351  hitchhiker  0.000264343  unclonable  0.0000000000147865  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0214  CDS  NC_008321  236513  237046  534  50S ribosomal protein L6  YP_732352  hitchhiker  0.000958159  unclonable  0.0000000000152518  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0215  CDS  NC_008321  237057  237407  351  50S ribosomal protein L18  YP_732353  hitchhiker  0.00167241  unclonable  0.0000000000126926  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0216  CDS  NC_008321  237420  237923  504  30S ribosomal protein S5  YP_732354  hitchhiker  0.000901319  unclonable  0.0000000000154128  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0217  CDS  NC_008321  237930  238112  183  50S ribosomal protein L30  YP_732355  hitchhiker  0.000105847  unclonable  0.0000000000126926  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0218  CDS  NC_008321  238116  238550  435  50S ribosomal protein L15  YP_732356  hitchhiker  0.000000450664  unclonable  0.0000000000146358  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0219  CDS  NC_008321  238558  239898  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_732357  unclonable  0.0000000744124  unclonable  0.0000000000304117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0220  CDS  NC_008321  239920  240033  114  50S ribosomal protein L36  YP_732358  unclonable  0.000000000362841  unclonable  0.0000000000143355  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0221  CDS  NC_008321  240149  240505  357  30S ribosomal protein S13  YP_732359  hitchhiker  0.0000000224904  unclonable  0.0000000000165465  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0222  CDS  NC_008321  240520  240912  393  30S ribosomal protein S11  YP_732360  hitchhiker  0.000000236746  unclonable  0.0000000000190612  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0223  CDS  NC_008321  240944  241564  621  30S ribosomal protein S4  YP_732361  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0224  CDS  NC_008321  241589  242578  990  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  YP_732362  hitchhiker  0.00010279  unclonable  0.0000000000313535  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0225  CDS  NC_008321  242619  243014  396  50S ribosomal protein L17  YP_732363  hitchhiker  0.000697417  unclonable  0.0000000000243576  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0226  CDS  NC_008321  243079  244083  1005  hypothetical protein  YP_732364  hitchhiker  0.00330504  unclonable  0.0000000000368394  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0227  CDS  NC_008321  244196  244681  486  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  YP_732365  normal  0.0228693  unclonable  0.0000000000264125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0228  CDS  NC_008321  244678  244878  201  Heme exporter protein D (CcmD)  YP_732366  normal  0.0464589  unclonable  0.0000000000228881  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0229  CDS  NC_008321  244878  245624  747  heme exporter protein CcmC  YP_732367  normal  0.0706055  unclonable  0.0000000000357328  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0230  CDS  NC_008321  245626  246312  687  heme exporter protein CcmB  YP_732368  normal  0.101455  unclonable  0.0000000000289214  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0231  CDS  NC_008321  246324  246974  651  cytochrome c biogenesis protein CcmA  YP_732369  normal  0.0147409  unclonable  0.0000000000310337  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0232  CDS  NC_008321  247300  247599  300  cytochrome c, class I  YP_732370  hitchhiker  0.00113447  unclonable  0.0000000000238576  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0233  CDS  NC_008321  247689  248936  1248  TPR repeat-containing protein  YP_732371  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0234  CDS  NC_008321  249336  251315  1980  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  YP_732372  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0284  CDS  NC_008321  303727  304902  1176  diguanylate cyclase  YP_732421  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0285  CDS  NC_008321  305092  305259  168  hypothetical protein  YP_732422  normal  0.102648  unclonable  0.0000000000368394  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0286  CDS  NC_008321  305325  307496  2172  TonB-dependent receptor  YP_732423  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0323  CDS  NC_008321  347543  347866  324  rhodanese domain-containing protein  YP_732460  unclonable  0.000000000826672  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0389  CDS  NC_008321  435904  438318  2415  adenylate cyclase  YP_732526  unclonable  0.00000334339  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0433  CDS  NC_008321  489219  491261  2043  endothelin-converting protein 1  YP_732570  unclonable  0.000000749022  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0436  CDS  NC_008321  492634  493290  657  2-deoxyglucose-6-phosphatase  YP_732573  unclonable  0.0000000024214  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0618  CDS  NC_008321  712777  713412  636  cAMP-regulatory protein  YP_732755  unclonable  0.00000000475791  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0656  CDS  NC_008321  764701  765075  375  hypothetical protein  YP_732793  unclonable  0.00000000101119  normal  0.209543  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0666  CDS  NC_008321  776180  776872  693  OmpA/MotB domain-containing protein  YP_732803  unclonable  0.00000000515803  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0691  CDS  NC_008321  798654  799427  774  deoxyribonuclease I  YP_732828  unclonable  0.00000000438774  normal  0.686603  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0698  CDS  NC_008321  810634  812727  2094  elongation factor G  YP_732835  unclonable  0.000000926499  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0728  CDS  NC_008321  848481  849788  1308  poly(A) polymerase  YP_732865  unclonable  0.0000000577304  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0920  CDS  NC_008321  1074098  1075006  909  hypothetical protein  YP_733057  unclonable  0.00000000510544  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0950  CDS  NC_008321  1110440  1112611  2172  TonB-dependent siderophore receptor  YP_733087  unclonable  0.00000152119  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0987  CDS  NC_008321  1153424  1154599  1176  penicillin-binding protein 6  YP_733124  unclonable  0.000000020777  normal  0.0123429  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0988  CDS  NC_008321  1154744  1155586  843  rare lipoprotein A  YP_733125  unclonable  0.00000000365675  normal  0.010381  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0993  CDS  NC_008321  1160139  1160483  345  iojap-like protein  YP_733130  unclonable  0.000000000971305  normal  0.0937197  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1035  CDS  NC_008321  1207526  1208785  1260  nucleoside transporter  YP_733172  unclonable  0.0000000565727  hitchhiker  0.000000000517288  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1036  CDS  NC_008321  1209134  1209973  840  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  YP_733173  unclonable  0.0000000103481  unclonable  0.0000000000147865  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1114  CDS  NC_008321  1308664  1310304  1641  CTP synthetase  YP_733251  unclonable  0.000000131384  normal  0.869869  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1207  CDS  NC_008321  1407109  1408122  1014  L-threonine aldolase  YP_733344  unclonable  0.00000000862399  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1313  CDS  NC_008321  1520089  1521558  1470  amino acid/peptide transporter  YP_733449  unclonable  0.0000000607679  normal  0.565693  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1365  CDS  NC_008321  1588908  1590317  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_733500  unclonable  0.000000124879  normal  0.0325353  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1390  CDS  NC_008321  1616676  1619093  2418  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_733525  unclonable  0.00000278441  hitchhiker  0.0000000134181  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1393  CDS  NC_008321  1620354  1623602  3249  acriflavin resistance protein  YP_733528  hitchhiker  0.000988639  unclonable  0.0000000000715255  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1394  CDS  NC_008321  1623638  1624651  1014  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_733529  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1395  CDS  NC_008321  1624832  1625548  717  hypothetical protein  YP_733530  hitchhiker  0.0000000811634  unclonable  0.0000000000143355  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1396  CDS  NC_008321  1625707  1626093  387  hypothetical protein  YP_733531  hitchhiker  0.0000125062  unclonable  0.0000000000128265  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1397  CDS  NC_008321  1626194  1627489  1296  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_733532  hitchhiker  0.00928382  unclonable  0.0000000000243576  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1398  CDS  NC_008321  1627830  1629281  1452  sodium/proline symporter  YP_733533  normal  0.0934266  unclonable  0.0000000000241033  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1425  CDS  NC_008321  1664031  1667420  3390  hypothetical protein  YP_733560  unclonable  0.000113276  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1470  CDS  NC_008321  1720149  1721165  1017  putative periplasmic protease  YP_733605  unclonable  0.0000000101356  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1490  CDS  NC_008321  1744416  1746569  2154  phosphate acetyltransferase  YP_733625  unclonable  0.00000130652  normal  0.921429  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1505  CDS  NC_008321  1768154  1768933  780  putative sulfate transport protein CysZ  YP_733640  unclonable  0.00000000542518  hitchhiker  0.0000000567341  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1506  CDS  NC_008321  1769175  1772603  3429  chromosome segregation protein SMC  YP_733641  unclonable  0.00012681  hitchhiker  0.00000000387349  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1507  CDS  NC_008321  1772630  1773670  1041  cell division protein ZipA  YP_733642  unclonable  0.0000000182258  decreased coverage  0.000000000692006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1572  CDS  NC_008321  1856459  1857043  585  superoxide dismutase  YP_733706  unclonable  0.00000000380978  normal  0.113962  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1651  CDS  NC_008321  1951866  1952576  711  leucyl/phenylalanyl-tRNA--protein transferase  YP_733784  unclonable  0.00000000365675  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1652  CDS  NC_008321  1952631  1953101  471  17 kDa surface antigen  YP_733785  unclonable  0.00000000172178  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1737  CDS  NC_008321  2064949  2065770  822  serine O-acetyltransferase  YP_733868  unclonable  0.0000000134681  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1745  CDS  NC_008321  2071603  2072502  900  SSU ribosomal protein S6P modification protein  YP_733876  unclonable  0.0000000225359  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1903  CDS  NC_008321  2267956  2270523  2568  TonB-dependent receptor  YP_734034  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1909  CDS  NC_008321  2274508  2276352  1845  signal peptide peptidase SppA, 67K type  YP_734040  unclonable  0.00000036932  hitchhiker  0.0000182105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1922  CDS  NC_008321  2292604  2293884  1281  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  YP_734053  hitchhiker  0.0000089326  unclonable  0.000000000054004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1923  CDS  NC_008321  2294067  2294759  693  cytidylate kinase  YP_734054  hitchhiker  0.0000000722421  unclonable  0.0000000000403388  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1924  CDS  NC_008321  2294862  2296529  1668  30S ribosomal protein S1  YP_734055  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>