102 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Dd1591_0180  CDS  NC_012912  219070  221628  +  2559  adenylate cyclase  YP_003002552  unclonable  0.000188579  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0316  CDS  NC_012912  370243  370617  +  375  30S ribosomal protein S12  YP_003002685  unclonable  0.0000103775  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0317  CDS  NC_012912  370714  371184  +  471  30S ribosomal protein S7  YP_003002686  unclonable  0.0000114768  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0318  CDS  NC_012912  371276  373390  +  2115  elongation factor G  YP_003002687  unclonable  0.000130884  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0319  CDS  NC_012912  373480  374664  +  1185  elongation factor Tu  YP_003002688  unclonable  0.0000444857  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0320  CDS  NC_012912  374794  374988  +  195  BFD domain protein (2Fe-2S)-binding domain protein  YP_003002689  unclonable  0.0000114768  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0321  CDS  NC_012912  375064  375537  +  474  bacterioferritin  YP_003002690  unclonable  0.0000194791  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0322  CDS  NC_012912  375831  376142  +  312  30S ribosomal protein S10  YP_003002691  unclonable  0.000012719  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0323  CDS  NC_012912  376175  376804  +  630  ribosomal protein L3  YP_003002692  unclonable  0.0000222247  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0324  CDS  NC_012912  376815  377420  +  606  50S ribosomal protein L4  YP_003002693  unclonable  0.0000187067  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0325  CDS  NC_012912  377417  377719  +  303  50S ribosomal protein L23  YP_003002694  unclonable  0.0000118373  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0326  CDS  NC_012912  377737  378558  +  822  50S ribosomal protein L2  YP_003002695  unclonable  0.0000291678  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0327  CDS  NC_012912  378575  378853  +  279  30S ribosomal protein S19  YP_003002696  unclonable  0.00000996601  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0328  CDS  NC_012912  378868  379200  +  333  50S ribosomal protein L22  YP_003002697  unclonable  0.00000986458  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0486  CDS  NC_012912  550826  551965  -  1140  iron-sulfur cluster binding protein  YP_003002847  unclonable  0.0000360257  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0487  CDS  NC_012912  552176  553717  +  1542  hypothetical protein  YP_003002848  unclonable  0.0000620084  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0488  CDS  NC_012912  553714  554196  +  483  protein of unknown function UPF0079  YP_003002849  unclonable  0.0000100685  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0504  CDS  NC_012912  570275  570976  -  702  Deoxyribonuclease I  YP_003002865  unclonable  0.0000136601  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0616  CDS  NC_012912  701492  702409  +  918  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_003002977  unclonable  0.000026645  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0697  CDS  NC_012912  802336  805617  +  3282  CRISPR-associated helicase Cas3 family  YP_003003057  unclonable  0.000756095  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0775  CDS  NC_012912  892898  893218  +  321  primosomal replication protein N  YP_003003133  unclonable  0.0000117168  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0776  CDS  NC_012912  893223  893450  +  228  30S ribosomal protein S18  YP_003003134  unclonable  0.00000892175  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0777  CDS  NC_012912  893492  893941  +  450  50S ribosomal protein L9  YP_003003135  unclonable  0.0000131124  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0778  CDS  NC_012912  894060  894434  +  375  protein of unknown function DUF488  YP_003003136  unclonable  0.0000129789  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0779  CDS  NC_012912  894418  895122  -  705  Opacity-associated protein A  YP_003003137  unclonable  0.0000149639  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0780  CDS  NC_012912  895348  895968  +  621  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_003003138  unclonable  0.0000131124  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0815  CDS  NC_012912  942536  944773  +  2238  GDP/GTP pyrophosphokinase  YP_003003173  unclonable  0.000200525  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0845  CDS  NC_012912  978824  979639  -  816  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  YP_003003203  unclonable  0.0000174258  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0846  CDS  NC_012912  979702  980355  -  654  DL-methionine transporter permease subunit  YP_003003204  unclonable  0.0000145183  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0847  CDS  NC_012912  980348  981379  -  1032  D-methionine ABC transporter, ATPase subunit  YP_003003205  unclonable  0.0000211162  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0926  CDS  NC_012912  1074712  1075884  -  1173  anticodon nuclease  YP_003003283  unclonable  0.0000288709  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1030    NC_012912  1184695  1186113  -  1419      unclonable  0.0000250875  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1062  CDS  NC_012912  1226365  1226940  +  576  RNA polymerase sigma factor RpoE  YP_003003413  unclonable  0.0000160674  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1063  CDS  NC_012912  1226990  1227655  +  666  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  YP_003003414  unclonable  0.0000155817  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1126  CDS  NC_012912  1296792  1298177  -  1386  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_003003477  unclonable  0.0000645996  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1160  CDS  NC_012912  1322501  1326772  -  4272  YD repeat protein  YP_003003506  unclonable  0.00301652  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1209  CDS  NC_012912  1377443  1378510  -  1068  outer membrane protein A  YP_003003555  unclonable  0.0000342607  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1210  CDS  NC_012912  1378875  1379369  -  495  SOS cell division inhibitor  YP_003003556  unclonable  0.0000104842  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1211  CDS  NC_012912  1379589  1380218  +  630  regulator of competence-specific genes  YP_003003557  unclonable  0.0000136601  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1212  CDS  NC_012912  1380215  1382410  -  2196  hypothetical protein  YP_003003558  unclonable  0.000149337  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1245  CDS  NC_012912  1411778  1412500  -  723  UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase  YP_003003588  unclonable  0.0000179649  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1246  CDS  NC_012912  1412511  1413005  -  495  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B (rotamase B)  YP_003003589  unclonable  0.0000132503  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1247  CDS  NC_012912  1413344  1413775  +  432  DoxX family protein  YP_003003590  unclonable  0.0000114768  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1319  CDS  NC_012912  1493346  1495568  -  2223  TonB-dependent siderophore receptor  YP_003003661  unclonable  0.000200525  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1383  CDS  NC_012912  1570794  1571405  +  612  NUDIX hydrolase  YP_003003724  unclonable  0.0000123288  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1465    NC_012912  1678188  1679000  -  813      unclonable  0.0000159039  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1596  CDS  NC_012912  1817362  1818000  -  639  hypothetical protein  YP_003003929  unclonable  0.0000160674  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1597  CDS  NC_012912  1818379  1818897  -  519  3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase  YP_003003930  unclonable  0.0000149639  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1598  CDS  NC_012912  1818988  1820718  -  1731  hypothetical protein  YP_003003931  unclonable  0.0000947515  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1615  CDS  NC_012912  1839286  1842462  -  3177  ribonuclease, Rne/Rng family  YP_003003947  unclonable  0.000319313  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1616  CDS  NC_012912  1843042  1844004  +  963  pseudouridine synthase, RluA family  YP_003003948  unclonable  0.0000133866  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1617  CDS  NC_012912  1844101  1844703  -  603  maf protein  YP_003003949  unclonable  0.00000874307  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1618  CDS  NC_012912  1844846  1845367  +  522  hypothetical protein  YP_003003950  unclonable  0.00000831476  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1619  CDS  NC_012912  1845384  1845554  +  171  50S ribosomal protein L32  YP_003003951  unclonable  0.00000529201  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1620  CDS  NC_012912  1845581  1846627  +  1047  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_003003952  unclonable  0.0000291678  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1621  CDS  NC_012912  1846634  1847584  +  951  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_003003953  unclonable  0.0000245792  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1622  CDS  NC_012912  1847604  1848533  +  930  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_003003954  unclonable  0.0000213384  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1623  CDS  NC_012912  1848547  1849281  +  735  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_003003955  unclonable  0.0000163996  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1624  CDS  NC_012912  1849436  1849672  +  237  acyl carrier protein  YP_003003956  unclonable  0.00000729948  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1625  CDS  NC_012912  1849755  1850993  +  1239  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II  YP_003003957  unclonable  0.0000300702  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1626  CDS  NC_012912  1851115  1851918  +  804  4-amino-4-deoxychorismate lyase  YP_003003958  unclonable  0.0000172444  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1627  CDS  NC_012912  1851925  1852956  +  1032  aminodeoxychorismate lyase  YP_003003959  unclonable  0.0000211162  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1628  CDS  NC_012912  1852949  1853596  +  648  thymidylate kinase  YP_003003960  unclonable  0.0000125837  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1629  CDS  NC_012912  1853604  1854614  +  1011  DNA polymerase III, delta prime subunit  YP_003003961  unclonable  0.0000209012  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1630  CDS  NC_012912  1854633  1855427  +  795  putative metallodependent hydrolase  YP_003003962  unclonable  0.000015742  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1631  CDS  NC_012912  1855745  1857178  +  1434  PTS system glucose-specific transporter subunits IIBC  YP_003003963  unclonable  0.0000458512  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1666  CDS  NC_012912  1899392  1900531  -  1140  porin Gram-negative type  YP_003003998  unclonable  0.000017605  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1667  CDS  NC_012912  1900830  1902230  -  1401  asparaginyl-tRNA synthetase  YP_003003999  unclonable  0.0000224533  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1700  CDS  NC_012912  1945825  1946826  +  1002  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_003004032  unclonable  0.0000219984  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1701  CDS  NC_012912  1946998  1947234  -  237  LPP repeat-containing protein  YP_003004033  unclonable  0.00000609145  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1702  CDS  NC_012912  1947542  1948954  -  1413  pyruvate kinase  YP_003004034  unclonable  0.0000472586  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1735  CDS  NC_012912  1985535  1986704  +  1170  tetratricopeptide repeat protein  YP_003004066  unclonable  0.0000233751  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1808  CDS  NC_012912  2073029  2073220  -  192  transcriptional activator Ogr/delta  YP_003004138  unclonable  0.00000910407  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1809  CDS  NC_012912  2073316  2074491  -  1176  late control D family protein  YP_003004139  unclonable  0.0000332404  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1977  CDS  NC_012912  2260879  2261088  +  210  cold shock-like protein CspC  YP_003004305  unclonable  0.0000125837  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2002    NC_012912  2285134  2285503  -  370      unclonable  0.00000627839  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2003  CDS  NC_012912  2285778  2286497  +  720  fatty acid metabolism regulator  YP_003004330  unclonable  0.0000120819  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2004  CDS  NC_012912  2286573  2288108  -  1536  SpoVR family protein  YP_003004331  unclonable  0.0000607664  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2536  CDS  NC_012912  2892242  2892922  -  681  dethiobiotin synthase  YP_003004855  unclonable  0.0000213384  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2679  CDS  NC_012912  3042976  3044358  -  1383  diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  YP_003004986  unclonable  0.0000398425  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2722  CDS  NC_012912  3087326  3088534  +  1209  putative transcriptional regulator  YP_003005028  unclonable  0.0000390444  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2733  CDS  NC_012912  3099483  3102593  +  3111  beta-D-galactosidase  YP_003005037  unclonable  0.000508239  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2899  CDS  NC_012912  3302756  3303475  -  720  protein of unknown function DUF554  YP_003005200  unclonable  0.0000109146  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2900  CDS  NC_012912  3304270  3305088  -  819  tol-pal system protein YbgF  YP_003005201  unclonable  0.0000143705  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2901  CDS  NC_012912  3305098  3305604  -  507  peptidoglycan-associated outer membrane lipoprotein  YP_003005202  unclonable  0.0000125837  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3257  CDS  NC_012912  3704463  3705329  +  867  transcriptional regulator, LysR family  YP_003005556  unclonable  0.000024832  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3266  CDS  NC_012912  3715776  3716702  -  927  cell division protein ZipA  YP_003005565  unclonable  0.0000194791  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3267  CDS  NC_012912  3716926  3717696  +  771  protein of unknown function DUF540  YP_003005566  unclonable  0.0000136601  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3379  CDS  NC_012912  3846721  3848088  -  1368  Xanthine/uracil/vitamin C permease  YP_003005674  unclonable  0.0000491987  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3477  CDS  NC_012912  3951377  3952321  -  945  protein of unknown function DUF6 transmembrane  YP_003005768  unclonable  0.0000192809  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3478  CDS  NC_012912  3952423  3952680  -  258  ribosomal protein L27  YP_003005769  unclonable  0.00000653762  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3479  CDS  NC_012912  3952700  3953011  -  312  50S ribosomal protein L21  YP_003005770  unclonable  0.00000647108  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3480    NC_012912  3953015  3953195  +  181      unclonable  0.00000534642  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3481  CDS  NC_012912  3953271  3954242  +  972  octaprenyl diphosphate synthase  YP_003005771  unclonable  0.0000172444  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3482  CDS  NC_012912  3954244  3954654  -  411  MuA-transposase/repressor protein CI DNA-binding  YP_003005772  unclonable  0.00000591006  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3483  CDS  NC_012912  3954859  3955245  -  387  MuA-transposase/repressor protein CI DNA-binding  YP_003005773  unclonable  0.00000503276  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3484  CDS  NC_012912  3955784  3956725  -  942  malate dehydrogenase  YP_003005774  unclonable  0.0000124556  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3798  CDS  NC_012912  4299873  4301003  -  1131  AFG1-family ATPase  YP_003006077  unclonable  0.0000375047  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_4170  CDS  NC_012912  4711460  4712485  -  1026  transcriptional repressor RbsR  YP_003006445  unclonable  0.0000181496  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_4188  CDS  NC_012912  4731067  4731858  +  792  F0F1 ATP synthase subunit A  YP_003006463  unclonable  0.0000118373  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>