73 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Ddes_0017  CDS  NC_011883  23050  23838  -  789  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  YP_002478615  unclonable  0.000000361786  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0043  CDS  NC_011883  54382  55287  -  906  hypothetical protein  YP_002478641  unclonable  0.00000090325  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0234  CDS  NC_011883  284293  284514  +  222  hypothetical protein  YP_002478827  unclonable  0.0000000922113  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0235  CDS  NC_011883  284511  284972  +  462  hypothetical protein  YP_002478828  unclonable  0.000000188326  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0291  CDS  NC_011883  348360  349439  -  1080  recombinase A  YP_002478884  unclonable  0.000000893894  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0304  CDS  NC_011883  370412  372658  +  2247  DNA topoisomerase I  YP_002478897  unclonable  0.0000372801  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0318  CDS  NC_011883  390349  391884  +  1536  Chloride channel core  YP_002478911  unclonable  0.00000450379  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0319  CDS  NC_011883  392001  393266  +  1266  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  YP_002478912  unclonable  0.00000219032  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0364  CDS  NC_011883  442355  443296  +  942  riboflavin biosynthesis protein RibF  YP_002478956  unclonable  0.00000221325  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0365  CDS  NC_011883  443538  444029  -  492  hypothetical protein  YP_002478957  unclonable  0.000000392402  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0563  CDS  NC_011883  680929  682461  +  1533  hypothetical protein  YP_002479151  unclonable  0.00000287642  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0582  CDS  NC_011883  705738  707255  -  1518  hypothetical protein  YP_002479170  unclonable  0.00000609741  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0583  CDS  NC_011883  707768  708979  -  1212  tryptophan synthase subunit beta  YP_002479171  unclonable  0.0000031212  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0584  CDS  NC_011883  709285  710088  +  804  thymidylate synthase complementing protein ThyX  YP_002479172  unclonable  0.000000716478  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0585    NC_011883  710428  710775  +  348      unclonable  0.00000018261  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0586  CDS  NC_011883  710781  712160  -  1380  O-antigen polymerase  YP_002479173  unclonable  0.00000335873  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0594  CDS  NC_011883  719151  720371  -  1221  sodium/calcium exchanger membrane region  YP_002479181  unclonable  0.00000257465  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0595  CDS  NC_011883  720681  721967  +  1287  hypothetical protein  YP_002479182  unclonable  0.00000214517  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0613  CDS  NC_011883  741710  742945  -  1236  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  YP_002479200  unclonable  0.00000287642  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0656  CDS  NC_011883  797089  798732  +  1644  signal recognition particle-docking protein FtsY  YP_002479243  unclonable  0.00000419402  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0657  CDS  NC_011883  798928  800289  -  1362  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  YP_002479244  unclonable  0.00000265417  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0658  CDS  NC_011883  800532  800876  +  345  hypothetical protein  YP_002479245  unclonable  0.000000120843  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0659  CDS  NC_011883  801034  801351  +  318  30S ribosomal protein S10  YP_002479246  unclonable  0.000000122107  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0660    NC_011883  801364  801994  +  631      unclonable  0.000000330511  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0739  CDS  NC_011883  872058  872657  +  600  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type  YP_002479325  unclonable  0.000000509547  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0842  CDS  NC_011883  988727  989143  -  417  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  YP_002479427  unclonable  0.000000210484  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0843  CDS  NC_011883  989490  990035  +  546  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  YP_002479428  unclonable  0.000000361786  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0844  CDS  NC_011883  990079  990312  +  234  response regulator receiver protein  YP_002479429  unclonable  0.000000136417  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0845  CDS  NC_011883  990514  991902  -  1389  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  YP_002479430  unclonable  0.00000335873  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0858  CDS  NC_011883  1005237  1006556  -  1320  WD40 domain protein beta Propeller  YP_002479443  unclonable  0.00000315652  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0896  CDS  NC_011883  1044455  1045786  -  1332  carboxyl-terminal protease  YP_002479481  unclonable  0.0000020194  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0897  CDS  NC_011883  1046325  1046828  -  504  Rubrerythrin  YP_002479482  unclonable  0.000000170126  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0898  CDS  NC_011883  1047228  1047812  +  585  protein of unknown function DUF985  YP_002479483  unclonable  0.000000178921  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0899  CDS  NC_011883  1047809  1048444  +  636  protein of unknown function UPF0029  YP_002479484  unclonable  0.000000186376  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0900  CDS  NC_011883  1048647  1049801  -  1155  efflux transporter, RND family, MFP subunit  YP_002479485  unclonable  0.00000108273  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1032  CDS  NC_011883  1207870  1209504  -  1635  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  YP_002479617  unclonable  0.00000591223  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1033  CDS  NC_011883  1210401  1211843  +  1443  hypothetical protein  YP_002479618  unclonable  0.0000031212  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1044  CDS  NC_011883  1224388  1224876  -  489  transcription elongation factor GreA  YP_002479629  unclonable  0.000000369398  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1045  CDS  NC_011883  1225333  1226886  +  1554  hypothetical protein  YP_002479630  unclonable  0.00000634893  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1059  CDS  NC_011883  1239824  1242589  +  2766  DNA polymerase I  YP_002479644  unclonable  0.000233773  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1060  CDS  NC_011883  1242745  1243587  -  843  hypothetical protein  YP_002479645  unclonable  0.000000988722  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1061  CDS  NC_011883  1243770  1245011  -  1242  hypothetical protein  YP_002479646  unclonable  0.0000023277  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1157  CDS  NC_011883  1365895  1367040  +  1146  glutamate synthase alpha subunit domain protein  YP_002479739  unclonable  0.00000112739  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1158  CDS  NC_011883  1367223  1367732  +  510  nitroreductase  YP_002479740  unclonable  0.000000244648  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1159  CDS  NC_011883  1367999  1368706  -  708  HhH-GPD family protein  YP_002479741  unclonable  0.000000451555  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1160  CDS  NC_011883  1368684  1369184  -  501  methylated-DNA/protein-cysteine methyltransferase  YP_002479742  unclonable  0.000000327088  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1206  CDS  NC_011883  1418623  1419300  +  678  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  YP_002479788  unclonable  0.000000867117  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1207  CDS  NC_011883  1419577  1421046  +  1470  30S ribosomal protein S1  YP_002479789  unclonable  0.00000450379  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1219  CDS  NC_011883  1433575  1435896  -  2322  hypothetical protein  YP_002479801  unclonable  0.0000629207  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1310  CDS  NC_011883  1553631  1554422  +  792  17 kDa surface antigen  YP_002479890  unclonable  0.000000667764  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1348  CDS  NC_011883  1619606  1620526  -  921  hypothetical protein  YP_002479928  unclonable  0.000000776472  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1349  CDS  NC_011883  1620760  1622589  -  1830  Citrate transporter  YP_002479929  unclonable  0.00000776771  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1443  CDS  NC_011883  1729654  1730955  +  1302  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  YP_002480023  unclonable  0.00000239959  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1539  CDS  NC_011883  1838622  1841897  +  3276  Non-specific serine/threonine protein kinase  YP_002480119  unclonable  0.00041445  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1560  CDS  NC_011883  1875627  1876535  +  909  extracellular solute-binding protein family 3  YP_002480139  unclonable  0.00000128549  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1595  CDS  NC_011883  1918085  1919362  +  1278  diaminopimelate decarboxylase  YP_002480173  unclonable  0.00000335873  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1596  CDS  NC_011883  1919650  1920966  +  1317  MATE efflux family protein  YP_002480174  unclonable  0.00000302768  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1730  CDS  NC_011883  2093445  2096369  -  2925  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  YP_002480306  unclonable  0.000283057  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1737  CDS  NC_011883  2102655  2103050  +  396  thioesterase superfamily protein  YP_002480313  unclonable  0.000000190297  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1751  CDS  NC_011883  2117971  2118225  +  255  hypothetical protein  YP_002480327  unclonable  0.000000194221  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1890  CDS  NC_011883  2279144  2280214  -  1071  N-acetylneuraminate synthase  YP_002480464  unclonable  0.00000120962  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2010  CDS  NC_011883  2424611  2424991  +  381  desulfoferrodoxin  YP_002480584  unclonable  0.000000133661  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2011  CDS  NC_011883  2425060  2425197  +  138  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  YP_002480585  unclonable  0.0000000593389  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2012  CDS  NC_011883  2425297  2426505  +  1209  beta-lactamase domain protein  YP_002480586  unclonable  0.00000125952  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2020  CDS  NC_011883  2432885  2433151  -  267  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_002480594  unclonable  0.0000000834021  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2059  CDS  NC_011883  2475913  2477235  -  1323  Glycine C-acetyltransferase  YP_002480633  unclonable  0.00000332392  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2060  CDS  NC_011883  2477344  2477493  -  150  hypothetical protein  YP_002480634  unclonable  0.000000156982  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2242  CDS  NC_011883  2702041  2702646  +  606  BamHI-like type II restriction endonuclease  YP_002480815  unclonable  0.000000489366  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2286  CDS  NC_011883  2753037  2753885  +  849  pantoate--beta-alanine ligase  YP_002480859  unclonable  0.0000010295  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2287  CDS  NC_011883  2753925  2755097  +  1173  S-adenosylmethionine synthetase  YP_002480860  unclonable  0.00000191933  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2288  CDS  NC_011883  2755495  2756589  +  1095  chorismate synthase  YP_002480861  unclonable  0.00000146456  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2325  CDS  NC_011883  2795499  2796887  +  1389  Fmu (Sun) domain protein  YP_002480897  unclonable  0.00000441275  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2333  CDS  NC_011883  2807099  2808811  -  1713  30S ribosomal protein S1  YP_002480905  unclonable  0.00000922659  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>