92 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Apar_0016  CDS  NC_013203  20848  22686  +  1839  GTP-binding protein TypA  YP_003179046  unclonable  0.000000119023  normal  1  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0017  CDS  NC_013203  22832  23575  -  744  protein of unknown function UPF0126  YP_003179047  unclonable  0.00000000429816  normal  1  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0018  CDS  NC_013203  24040  25455  +  1416  hypothetical protein  YP_003179048  unclonable  0.0000000421814  normal  1  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0119  CDS  NC_013203  134044  134757  +  714  HAD-superfamily subfamily IB hydrolase, TIGR01490  YP_003179146  unclonable  0.00000000400181  normal  0.0929396  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0120  CDS  NC_013203  134833  135429  +  597  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  YP_003179147  unclonable  0.00000000213431  normal  0.090725  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0121  CDS  NC_013203  135534  136535  +  1002  HhH-GPD family protein  YP_003179148  unclonable  0.00000000756832  normal  0.180452  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0122  CDS  NC_013203  136691  137236  +  546  Rubrerythrin  YP_003179149  unclonable  0.00000000148271  normal  0.250808  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0123  CDS  NC_013203  137433  138104  -  672  endonuclease III  YP_003179150  unclonable  0.00000000215731  normal  0.253004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0240  CDS  NC_013203  282264  283646  +  1383  peptidase  YP_003179263  unclonable  0.0000000787577  normal  0.24947  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0312  CDS  NC_013203  358149  358769  +  621  transcriptional regulator, TetR family  YP_003179334  unclonable  0.00000000380117  normal  0.28635  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0313  CDS  NC_013203  358856  359464  +  609  hypothetical protein  YP_003179335  unclonable  0.00000000395913  normal  0.272748  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0433  CDS  NC_013203  500625  502040  +  1416  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  YP_003179455  unclonable  0.0000000434978  normal  1  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0465  CDS  NC_013203  534848  535663  +  816  phosphotransferase system PTS sorbose-specific IIC subunit  YP_003179487  unclonable  0.00000000677014  normal  1  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0523  CDS  NC_013203  605500  605700  +  201  ribosomal protein L35  YP_003179545  decreased coverage  0.0000000250837  unclonable  0.0000000265454  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0524  CDS  NC_013203  605742  606101  +  360  ribosomal protein L20  YP_003179546  decreased coverage  0.0000000408752  unclonable  0.0000000274126  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0525  CDS  NC_013203  606675  607895  -  1221  Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase  YP_003179547  hitchhiker  0.0000346321  unclonable  0.0000000470096  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0526  CDS  NC_013203  608466  609500  +  1035  Radical SAM domain protein  YP_003179548  hitchhiker  0.0095894  unclonable  0.0000000400012  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0527  CDS  NC_013203  609503  609922  +  420  hypothetical protein  YP_003179549  normal  0.0910914  unclonable  0.000000024348  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0528  CDS  NC_013203  609983  611479  +  1497  nicotinate phosphoribosyltransferase  YP_003179550  normal  0.633345  unclonable  0.0000000475164  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0529  CDS  NC_013203  611551  613395  +  1845  arginyl-tRNA synthetase  YP_003179551  normal  1  unclonable  0.0000000661895  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0530  CDS  NC_013203  613726  614406  +  681  transcriptional regulator, MarR family  YP_003179552  normal  1  unclonable  0.0000000301669  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0531  CDS  NC_013203  614647  616752  +  2106  transcription termination factor Rho  YP_003179553  normal  1  unclonable  0.0000000460455  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0532  CDS  NC_013203  617114  618496  +  1383  hypothetical protein  YP_003179554  normal  1  unclonable  0.0000000254138  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0533  CDS  NC_013203  618688  619869  +  1182  Extracellular ligand-binding receptor  YP_003179555  normal  1  unclonable  0.0000000200352  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0534  CDS  NC_013203  619885  620757  +  873  inner-membrane translocator  YP_003179556  normal  1  unclonable  0.0000000179103  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0535  CDS  NC_013203  620768  621973  +  1206  inner-membrane translocator  YP_003179557  normal  1  unclonable  0.0000000217655  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0536  CDS  NC_013203  621979  622824  +  846  ABC transporter related  YP_003179558  normal  0.508685  unclonable  0.0000000200352  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0537  CDS  NC_013203  622824  623573  +  750  ABC transporter related  YP_003179559  normal  0.135709  unclonable  0.0000000163343  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0538  CDS  NC_013203  623685  624614  -  930  homoserine kinase  YP_003179560  normal  0.283285  unclonable  0.0000000181031  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0539  CDS  NC_013203  624637  626145  -  1509  threonine synthase  YP_003179561  normal  0.0259397  unclonable  0.0000000259641  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0540  CDS  NC_013203  626380  627519  +  1140  Homoserine dehydrogenase  YP_003179562  normal  0.0240139  unclonable  0.0000000248752  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0650  CDS  NC_013203  727648  727833  -  186  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  YP_003179671  unclonable  0.000000000524122  normal  1  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0651    NC_013203  727959  728220  -  262      unclonable  0.000000000768037  normal  1  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0686  CDS  NC_013203  764964  765440  +  477  iojap-like protein  YP_003179706  unclonable  0.00000000289548  normal  0.0203597  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0687  CDS  NC_013203  765451  766785  -  1335  DNA-directed DNA polymerase  YP_003179707  unclonable  0.0000000344848  hitchhiker  0.00527115  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0688  CDS  NC_013203  766958  767344  +  387  ribosomal protein S16  YP_003179708  unclonable  0.00000000224694  hitchhiker  0.000468142  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0697  CDS  NC_013203  776129  777187  +  1059  deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase  YP_003179717  unclonable  0.000000013673  hitchhiker  0.00000510491  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0698  CDS  NC_013203  777301  777642  +  342  ribosomal protein L19  YP_003179718  unclonable  0.00000000127437  hitchhiker  0.00000355367  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0699  CDS  NC_013203  777717  778490  +  774  Ribonuclease H  YP_003179719  unclonable  0.00000000499736  hitchhiker  0.00000400312  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0700  CDS  NC_013203  778703  779221  +  519  protein of unknown function UPF0102  YP_003179720  unclonable  0.00000000202877  hitchhiker  0.000000354886  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0701  CDS  NC_013203  779218  780714  +  1497  Mg chelatase, subunit ChlI  YP_003179721  hitchhiker  0.000000913151  unclonable  0.0000000277278  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0702  CDS  NC_013203  780717  781592  +  876  SMF family protein  YP_003179722  hitchhiker  0.000000212454  unclonable  0.0000000268506  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0703  CDS  NC_013203  781610  782944  +  1335  gid protein  YP_003179723  hitchhiker  0.000000569551  unclonable  0.000000038791  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0704  CDS  NC_013203  782946  783863  +  918  integrase family protein  YP_003179724  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0705  CDS  NC_013203  784125  784877  +  753  ribosomal protein S2  YP_003179725  unclonable  0.00000000421001  unclonable  0.0000000254138  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0706  CDS  NC_013203  784931  785803  +  873  translation elongation factor Ts  YP_003179726  hitchhiker  0.00000134038  unclonable  0.0000000259641  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0707  CDS  NC_013203  785833  786657  +  825  uridylate kinase  YP_003179727  hitchhiker  0.00000695592  unclonable  0.0000000228976  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0708  CDS  NC_013203  786657  787202  +  546  ribosome recycling factor  YP_003179728  hitchhiker  0.0000756586  unclonable  0.0000000210923  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0709  CDS  NC_013203  787203  787982  +  780  undecaprenyl diphosphate synthase  YP_003179729  normal  0.0105503  unclonable  0.000000024348  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0750  CDS  NC_013203  832821  834044  +  1224  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  YP_003179770  unclonable  0.0000000167123  normal  1  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0777  CDS  NC_013203  856576  858129  -  1554  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  YP_003179797  unclonable  0.0000000796077  normal  0.068248  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0778  CDS  NC_013203  858413  859087  -  675  regulatory protein RecX  YP_003179798  unclonable  0.00000000705154  normal  0.0273831  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0787  CDS  NC_013203  867546  869210  -  1665  beta-lactamase domain protein  YP_003179807  unclonable  0.000000129126  normal  0.323008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0788  CDS  NC_013203  869462  871660  -  2199  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  YP_003179808  unclonable  0.000000677019  normal  0.144869  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0789  CDS  NC_013203  871745  872023  -  279  ribosomal protein S15  YP_003179809  unclonable  0.00000000101038  normal  0.090725  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0790  CDS  NC_013203  872159  872908  -  750  DNA repair protein RecO  YP_003179810  unclonable  0.00000000558246  normal  0.055878  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0830  CDS  NC_013203  916111  918750  -  2640  translation initiation factor IF-2  YP_003179850  normal  0.122611  unclonable  0.0000000598475  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0832  CDS  NC_013203  920052  920546  -  495  protein of unknown function DUF150  YP_003179852  unclonable  0.00000000130104  hitchhiker  0.000000375903  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0833  CDS  NC_013203  920671  923244  -  2574  leucyl-tRNA synthetase  YP_003179853  unclonable  0.00000149617  hitchhiker  0.00000103499  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0863  CDS  NC_013203  958494  958682  +  189  ribosomal protein L28  YP_003179883  unclonable  0.00000000649528  normal  0.761868  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0864  CDS  NC_013203  958827  960191  -  1365  thiamine pyrophosphokinase  YP_003179884  unclonable  0.000000134495  normal  0.492449  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0908  CDS  NC_013203  1017596  1018159  -  564  peroxiredoxin  YP_003179928  unclonable  0.00000000179552  normal  0.606862  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0967  CDS  NC_013203  1092350  1092652  -  303  hypothetical protein  YP_003179987  unclonable  0.00000000112946  normal  1  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1161  CDS  NC_013203  1298338  1298958  -  621  ribosomal protein L3  YP_003180180  unclonable  0.00000000266904  hitchhiker  0.000000567921  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1162  CDS  NC_013203  1299266  1299766  -  501  protein tyrosine phosphatase  YP_003180181  unclonable  0.00000000163981  hitchhiker  0.000000530383  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1163  CDS  NC_013203  1299954  1300262  -  309  ribosomal protein S10  YP_003180182  unclonable  0.000000000940072  hitchhiker  0.000000509949  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1164  CDS  NC_013203  1300306  1302402  -  2097  translation elongation factor G  YP_003180183  unclonable  0.000000382661  hitchhiker  0.00000123904  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1165  CDS  NC_013203  1302427  1302897  -  471  ribosomal protein S7  YP_003180184  unclonable  0.00000000269779  hitchhiker  0.000000590673  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1166  CDS  NC_013203  1302936  1303364  -  429  ribosomal protein S12  YP_003180185  unclonable  0.00000000185152  unclonable  0.0000000295483  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1167  CDS  NC_013203  1303681  1304556  -  876  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_003180186  hitchhiker  0.000000126694  unclonable  0.0000000357828  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1168  CDS  NC_013203  1304619  1304987  -  369  transcriptional regulator, ArsR family  YP_003180187  hitchhiker  0.0000000315565  unclonable  0.0000000265454  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1169  CDS  NC_013203  1305186  1309613  -  4428  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  YP_003180188  hitchhiker  0.00437832  unclonable  0.000000255692  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1170  CDS  NC_013203  1309619  1313134  -  3516  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  YP_003180189  normal  0.0809825  unclonable  0.000000172992  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1171  CDS  NC_013203  1313500  1313880  -  381  ribosomal protein L7/L12  YP_003180190  hitchhiker  0.000000534348  unclonable  0.0000000277278  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1172  CDS  NC_013203  1314013  1314534  -  522  ribosomal protein L10  YP_003180191  unclonable  0.00000000357466  unclonable  0.0000000289216  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1173  CDS  NC_013203  1314971  1315678  -  708  ribosomal protein L1  YP_003180192  unclonable  0.00000000649528  unclonable  0.0000000262625  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1174  CDS  NC_013203  1315835  1316263  -  429  ribosomal protein L11  YP_003180193  unclonable  0.00000000246208  unclonable  0.0000000192361  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1175  CDS  NC_013203  1316360  1316905  -  546  NusG antitermination factor  YP_003180194  unclonable  0.00000000364949  unclonable  0.0000000228976  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1176  CDS  NC_013203  1316909  1317271  -  363  preprotein translocase, SecE subunit  YP_003180195  unclonable  0.00000000187146  unclonable  0.0000000215336  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1177  CDS  NC_013203  1317436  1317585  -  150  ribosomal protein L33  YP_003180196  unclonable  0.000000000979821  unclonable  0.0000000170129  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1178  CDS  NC_013203  1317770  1318975  -  1206  translation elongation factor Tu  YP_003180197  unclonable  0.0000000242479  unclonable  0.0000000292333  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1331  CDS  NC_013203  1498041  1498670  +  630  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_003180346  unclonable  0.00000000599156  decreased coverage  0.000238136  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1354  CDS  NC_013203  1526362  1526763  -  402  ferric uptake regulator, Fur family  YP_003180369  unclonable  0.00000000236384  normal  1  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0003  tRNA  NC_013203  23703  23793  +  91  tRNA-Ser    unclonable  0.000000000641066  normal  1  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0004  tRNA  NC_013203  23832  23922  +  91  tRNA-Ser    unclonable  0.000000000551383  normal  1  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0006  tRNA  NC_013203  133722  133798  +  77  tRNA-Asp    unclonable  0.000000000433123  normal  0.0757617  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0015  ncRNA  NC_013203  608014  608177  +  164  6S RNA    hitchhiker  0.00151935  unclonable  0.0000000283285  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0016  tRNA  NC_013203  608309  608384  +  76  tRNA-Ala    hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0036  tRNA  NC_013203  1317342  1317417  -  76  tRNA-Trp    unclonable  0.000000000784105  unclonable  0.0000000173687  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0037  tRNA  NC_013203  1319081  1319157  -  77  tRNA-Met    unclonable  0.000000000950191  hitchhiker  0.00000030744  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0038  tRNA  NC_013203  1319177  1319252  -  76  tRNA-Thr    unclonable  0.000000000920806  hitchhiker  0.00000030744  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0039  tRNA  NC_013203  1319254  1319337  -  84  tRNA-Tyr    unclonable  0.00000000101038  hitchhiker  0.000000304321  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>