48 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Slin_0005  CDS  NC_013730  4301  6628  +  2328  polymorphic outer membrane protein  YP_003384878  unclonable  0.0000000710623  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0162  CDS  NC_013730  202290  202601  -  312  FeS assembly SUF system protein  YP_003385027  hitchhiker  0.0000779531  unclonable  7.25464e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0163  CDS  NC_013730  202675  203118  -  444  Fe-S metabolism associated SufE  YP_003385028  hitchhiker  0.00000000342799  unclonable  8.26296e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0164  CDS  NC_013730  203172  203459  -  288  plasmid stabilization system  YP_003385029  unclonable  0.0000000000911041  unclonable  6.83121e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0165  CDS  NC_013730  203444  203647  -  204  hypothetical protein  YP_003385030  hitchhiker  0.00000000153136  unclonable  5.76244e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0166  CDS  NC_013730  203659  204897  -  1239  cysteine desulfurase, SufS subfamily  YP_003385031  hitchhiker  0.0000000385676  unclonable  0.00000000000000152095  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0341  CDS  NC_013730  435587  436165  -  579  protein of unknown function DUF820  YP_003385204  unclonable  0.0000000000574884  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0523  CDS  NC_013730  643711  644406  -  696  DNA repair protein RadC  YP_003385386  unclonable  0.000000000215475  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0524  CDS  NC_013730  644559  644825  -  267  ribosomal protein S20  YP_003385387  unclonable  0.0000000000452156  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0525  CDS  NC_013730  644930  645328  -  399  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  YP_003385388  unclonable  0.0000000000610518  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0526  CDS  NC_013730  645432  646496  +  1065  hypothetical protein  YP_003385389  unclonable  0.000000000520001  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0961  CDS  NC_013730  1167844  1170033  +  2190  hypothetical protein  YP_003385811  unclonable  0.0000000466384  normal  0.0803995  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0962  CDS  NC_013730  1170301  1173483  +  3183  TonB-dependent receptor plug  YP_003385812  unclonable  0.00000104088  decreased coverage  0.00653561  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_1020  CDS  NC_013730  1234963  1238076  -  3114  acriflavin resistance protein  YP_003385870  unclonable  0.00000109455  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_1765  CDS  NC_013730  2127741  2128790  -  1050  hypothetical protein  YP_003386609  unclonable  0.000000000499471  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_1982  CDS  NC_013730  2392453  2393106  +  654  hypothetical protein  YP_003386826  unclonable  0.000000000196874  normal  0.0213988  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_2108  CDS  NC_013730  2549102  2551054  +  1953  glycoside hydrolase family 43  YP_003386942  unclonable  0.0000000141623  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_2329  CDS  NC_013730  2812470  2813501  -  1032  glycoside hydrolase family 43  YP_003387149  unclonable  0.000000000753035  normal  0.46134  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_2454  CDS  NC_013730  2960841  2963915  -  3075  TonB-dependent receptor plug  YP_003387273  unclonable  0.000000521114  normal  0.729289  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_2652  CDS  NC_013730  3213038  3213889  -  852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  YP_003387467  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_2703  CDS  NC_013730  3269838  3271964  +  2127  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  YP_003387518  unclonable  0.0000000297127  normal  0.375768  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_2741  CDS  NC_013730  3314617  3315684  +  1068  protein of unknown function UPF0118  YP_003387555  unclonable  0.000000000351921  hitchhiker  0.0000000742293  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3202  CDS  NC_013730  3878728  3880692  -  1965  Peptidoglycan glycosyltransferase  YP_003388012  unclonable  0.0000000159747  normal  0.0376991  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3203  CDS  NC_013730  3880852  3881880  -  1029  Gluconolactonase  YP_003388013  unclonable  0.000000000499471  normal  0.0664267  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3696  CDS  NC_013730  4455865  4456101  -  237  hypothetical protein  YP_003388497  unclonable  0.0000000000373862  hitchhiker  0.0000150078  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3697  CDS  NC_013730  4456342  4457004  -  663  hypothetical protein  YP_003388498  unclonable  0.000000000154802  hitchhiker  0.0000196583  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3701  CDS  NC_013730  4462661  4465105  +  2445  protein of unknown function DUF214  YP_003388502  hitchhiker  0.0000785399  unclonable  0.0000000000000250396  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3702  CDS  NC_013730  4465262  4465666  +  405  hypothetical protein  YP_003388503  decreased coverage  0.00000000180279  unclonable  0.0000000000000038565  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3703  CDS  NC_013730  4465675  4466148  +  474  RES domain protein  YP_003388504  unclonable  0.000000000090185  unclonable  0.00000000000000341993  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3801  CDS  NC_013730  4568471  4571983  +  3513  Ig family protein  YP_003388593  unclonable  0.00000269985  normal  0.432666  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3972  CDS  NC_013730  4770633  4772420  +  1788  hypothetical protein  YP_003388761  unclonable  0.00000000648751  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4000  CDS  NC_013730  4811911  4812273  -  363  ferredoxin-like protein  YP_003388789  normal  1  unclonable  0.00000000000000776711  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4001  CDS  NC_013730  4812338  4812979  +  642  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  YP_003388790  normal  0.389622  unclonable  0.0000000000000110236  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4002  CDS  NC_013730  4813088  4814545  -  1458  oxidoreductase domain protein  YP_003388791  normal  0.725153  unclonable  0.000000000000020909  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4122  CDS  NC_013730  4969329  4970054  +  726  hypothetical protein  YP_003388908  unclonable  0.0000000002243  decreased coverage  0.00000977618  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4371  CDS  NC_013730  5301145  5302830  +  1686  cell surface receptor IPT/TIG domain protein  YP_003389151  unclonable  0.0000000045691  normal  0.581959  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4643  CDS  NC_013730  5654750  5655835  +  1086  OmpA/MotB domain protein  YP_003389420  unclonable  0.000000000815983  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4743  CDS  NC_013730  5777950  5778783  +  834  ribosomal protein S2  YP_003389520  unclonable  0.000000000226587  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4846  CDS  NC_013730  5899137  5899829  +  693  hypothetical protein  YP_003389623  unclonable  0.000000000231197  normal  0.624648  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4860  CDS  NC_013730  5918181  5918942  -  762  hypothetical protein  YP_003389637  unclonable  0.000000000563389  normal  0.686099  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4938  CDS  NC_013730  6014670  6018062  +  3393  preprotein translocase, SecA subunit  YP_003389715  unclonable  0.00000192031  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4968  CDS  NC_013730  6053577  6054197  -  621  protein of unknown function DUF820  YP_003389745  unclonable  0.000000000167718  unclonable  0.00000000000000331839  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_5066  CDS  NC_013730  6189913  6192918  -  3006  TonB-dependent receptor plug  YP_003389840  unclonable  0.000000778295  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_5254  CDS  NC_013730  6406134  6407645  +  1512  peptidase S41  YP_003390024  unclonable  0.00000000438932  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_5412  CDS  NC_013730  6582394  6583167  -  774  hypothetical protein  YP_003390178  unclonable  0.000000000178114  normal  1  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_5895  CDS  NC_013730  7139979  7141205  -  1227  nuclease SbcCD, D subunit  YP_003390657  unclonable  0.000000000840952  normal  0.0299962  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_6716  CDS  NC_013731  76852  76992  -  141  hypothetical protein  YP_003391471  unclonable  0.00000000000593591  normal  0.465298  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_R0011  tRNA  NC_013730  2393386  2393462  -  77  tRNA-Met    unclonable  0.0000000000297005  normal  0.027771  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>