42 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Dret_0318  CDS  NC_013223  394797  394982  -  186  hypothetical protein  YP_003197198  unclonable  0.00000000000108772  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0319  CDS  NC_013223  395036  395272  -  237  FeoA family protein  YP_003197199  unclonable  0.00000000000134242  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0320  CDS  NC_013223  395568  398804  +  3237  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  YP_003197200  unclonable  0.000000336143  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0372  CDS  NC_013223  457124  458524  -  1401  hypothetical protein  YP_003197251  unclonable  0.000000000191651  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0398  CDS  NC_013223  486104  487504  -  1401  hypothetical protein  YP_003197274  unclonable  0.000000000077648  normal  0.524896  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0624    NC_013223  749427  753905  +  4479      unclonable  0.0000724302  unclonable  0.000000000702649  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0625  CDS  NC_013223  750009  751346  +  1338  transposase IS4 family protein  YP_003197498  unclonable  0.00000000035382  unclonable  0.0000000000654827  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0696  CDS  NC_013223  829408  830730  -  1323  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  YP_003197566  unclonable  0.000000000415374  normal  0.0401463  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0843  CDS  NC_013223  999635  1000882  +  1248  transcription termination factor Rho  YP_003197712  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0858  CDS  NC_013223  1015966  1017018  -  1053  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  YP_003197727  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0908  CDS  NC_013223  1078622  1079035  +  414  transcriptional regulator, MucR family  YP_003197777  unclonable  0.00000000000358508  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0954  CDS  NC_013223  1128018  1129418  -  1401  hypothetical protein  YP_003197820  unclonable  0.000000000201555  hitchhiker  0.0000000572086  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0960  CDS  NC_013223  1133181  1133510  +  330  hypothetical protein  YP_003197826  unclonable  0.00000000000228243  decreased coverage  0.000000000295621  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0961  CDS  NC_013223  1133965  1134963  +  999  hypothetical protein  YP_003197827  unclonable  0.0000000000380867  decreased coverage  0.00000000041454  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0962  CDS  NC_013223  1135314  1136429  +  1116  integrase family protein  YP_003197828  unclonable  0.0000000000586623  decreased coverage  0.000000000358592  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0963  CDS  NC_013223  1136414  1137814  -  1401  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  YP_003197829  unclonable  0.000000000244111  hitchhiker  0.000000045445  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1169  CDS  NC_013223  1374030  1375367  -  1338  transposase IS4 family protein  YP_003198035  unclonable  0.0000000000912267  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1220  CDS  NC_013223  1428505  1430286  -  1782  Uncharacterized protein family UPF0324  YP_003198086  unclonable  0.00000000121334  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1361  CDS  NC_013223  1588922  1590472  -  1551  extracellular solute-binding protein family 5  YP_003198227  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1362  CDS  NC_013223  1590793  1591038  +  246  hypothetical protein  YP_003198228  unclonable  0.000000000000445825  normal  0.418476  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1488  CDS  NC_013223  1719981  1720844  +  864  Nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N- acyltransferase  YP_003198352  hitchhiker  0.00000188425  unclonable  0.0000000000321819  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1489  CDS  NC_013223  1721209  1721469  -  261  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_003198353  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1490  CDS  NC_013223  1722136  1723743  -  1608  peptide chain release factor 3  YP_003198354  unclonable  0.000000000251643  hitchhiker  0.00000000120572  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1496  CDS  NC_013223  1733291  1734628  -  1338  transposase IS4 family protein  YP_003198360  unclonable  0.000000000517789  hitchhiker  0.0000000823353  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1841  CDS  NC_013223  2112581  2113000  +  420  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_003198703  unclonable  0.00000000000340892  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1852  CDS  NC_013223  2123525  2124451  +  927  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  YP_003198714  unclonable  0.0000000000194668  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1853  CDS  NC_013223  2124645  2126711  -  2067  sodium/hydrogen exchanger  YP_003198715  unclonable  0.00000000204486  normal  0.40293  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1854  CDS  NC_013223  2126954  2127307  -  354  hypothetical protein  YP_003198716  unclonable  0.000000000000889871  normal  0.194758  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1855  CDS  NC_013223  2127322  2127708  -  387  hypothetical protein  YP_003198717  unclonable  0.000000000000812968  normal  0.0861373  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1856  CDS  NC_013223  2128183  2129169  +  987  chaperone DnaJ domain protein  YP_003198718  unclonable  0.0000000000127856  normal  0.0651455  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1857  CDS  NC_013223  2129316  2129633  +  318  hypothetical protein  YP_003198719  unclonable  0.00000000000070649  normal  0.0310663  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1858  CDS  NC_013223  2129829  2132429  +  2601  ATP-dependent chaperone ClpB  YP_003198720  unclonable  0.0000000217935  normal  0.0630918  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1879  CDS  NC_013223  2154685  2154999  +  315  hypothetical protein  YP_003198741  unclonable  0.00000000000257443  hitchhiker  0.00124508  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2026  CDS  NC_013223  2323292  2324773  -  1482  signal recognition particle protein  YP_003198888  unclonable  0.000000000241588  hitchhiker  0.00894206  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2033  CDS  NC_013223  2332848  2333129  -  282  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  YP_003198895  unclonable  0.00000000000281796  hitchhiker  0.000016405  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2034  CDS  NC_013223  2333408  2335123  -  1716  bifunctional sulfate adenylyltransferase subunit 1/adenylylsulfate kinase protein  YP_003198896  unclonable  0.000000000871956  decreased coverage  0.0000299137  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2063  CDS  NC_013223  2351329  2351619  -  291  50S ribosomal protein L23  YP_003198925  unclonable  0.000000000000993724  normal  0.203735  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2064  CDS  NC_013223  2351622  2352242  -  621  50S ribosomal protein L4  YP_003198926  unclonable  0.00000000000384651  normal  0.231159  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2065  CDS  NC_013223  2352254  2352883  -  630  50S ribosomal protein L3  YP_003198927  unclonable  0.00000000000562685  normal  0.223373  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2066  CDS  NC_013223  2352895  2353212  -  318  30S ribosomal protein S10  YP_003198928  unclonable  0.00000000000145478  normal  0.204549  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2067  CDS  NC_013223  2353218  2354414  -  1197  translation elongation factor Tu  YP_003198929  unclonable  0.0000000000442847  normal  0.246821  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2389  CDS  NC_013223  2732368  2733714  -  1347  glutamine synthetase, type I  YP_003199249  unclonable  0.000000000201555  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>