33 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Dfer_0028  CDS  NC_013037  27720  29351  -  1632  hypothetical protein  YP_003084465  unclonable  0.0000000000206462  normal  0.317386  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0218  CDS  NC_013037  245021  246316  +  1296  hypothetical protein  YP_003084654  unclonable  0.00000000000216938  normal  0.0174815  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0226  CDS  NC_013037  252536  253810  +  1275  hypothetical protein  YP_003084662  unclonable  0.000000000000846841  normal  0.0470571  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_1429  CDS  NC_013037  1686393  1687247  -  855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  YP_003085840  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_1723  CDS  NC_013037  2099699  2102914  +  3216  TonB-dependent receptor plug  YP_003086129  unclonable  0.00000000845953  normal  0.63993  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_1764  CDS  NC_013037  2165603  2166514  -  912  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  YP_003086170  unclonable  0.000000000000420026  normal  0.345622  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_2154  CDS  NC_013037  2635713  2638772  -  3060  metallophosphoesterase  YP_003086542  unclonable  0.0000000106564  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_2509  CDS  NC_013037  3085579  3087819  +  2241  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  YP_003086892  unclonable  0.000000000184796  normal  0.83989  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3015  CDS  NC_013037  3687734  3689125  -  1392  bifunctional UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase/(3R)-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase  YP_003087395  unclonable  0.00000000000287185  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3099  CDS  NC_013037  3787093  3787461  -  369  hypothetical protein  YP_003087479  unclonable  0.0000000000000147187  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3100  CDS  NC_013037  3787613  3788116  +  504  hypothetical protein  YP_003087480  unclonable  0.0000000000000284874  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3101  CDS  NC_013037  3788190  3790682  -  2493  conserved hypothetical protein, membrane  YP_003087481  unclonable  0.000000000415978  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3102  CDS  NC_013037  3791004  3791978  +  975  6-phosphofructokinase  YP_003087482  unclonable  0.000000000000237495  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3103  CDS  NC_013037  3791994  3792764  -  771  protein of unknown function DUF218  YP_003087483  unclonable  0.0000000000000591337  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3351  CDS  NC_013037  4102961  4103989  +  1029  hypothetical protein  YP_003087727  unclonable  0.000000000000556224  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3985  CDS  NC_013037  4834305  4835888  +  1584  SSS sodium solute transporter superfamily  YP_003088354  unclonable  0.00000000000567258  normal  0.756619  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4061  CDS  NC_013037  4908356  4910116  +  1761  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  YP_003088429  unclonable  0.000000000018866  hitchhiker  0.000000049947  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4062  CDS  NC_013037  4910209  4910415  -  207  hypothetical protein  YP_003088430  unclonable  0.0000000000000113469  unclonable  0.000000000983405  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4063  CDS  NC_013037  4910519  4911916  +  1398  hypothetical protein  YP_003088431  unclonable  0.00000000000376267  unclonable  0.0000000023713  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4064  CDS  NC_013037  4911922  4913001  +  1080  chorismate synthase  YP_003088432  unclonable  0.000000000000659407  hitchhiker  0.000000405427  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4065  CDS  NC_013037  4913003  4913152  -  150  hypothetical protein  YP_003088433  unclonable  0.00000000000000957137  hitchhiker  0.000000250602  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4066  CDS  NC_013037  4913330  4914673  -  1344  oxidoreductase domain protein  YP_003088434  unclonable  0.0000000000027865  hitchhiker  0.000000464548  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4067  CDS  NC_013037  4914698  4915708  -  1011  protein of unknown function DUF323  YP_003088435  unclonable  0.00000000000050809  hitchhiker  0.0000128924  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4322  CDS  NC_013037  5238119  5243512  +  5394  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_003088689  unclonable  0.000460936  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4455  CDS  NC_013037  5373043  5374563  -  1521  RagB/SusD domain protein  YP_003088821  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4525  CDS  NC_013037  5459344  5460810  +  1467  Parallel beta-helix repeat protein  YP_003088891  unclonable  0.0000000000043731  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4899  CDS  NC_013037  5921969  5924377  -  2409  protein of unknown function DUF214  YP_003089265  unclonable  0.000000000216897  normal  0.089059  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4977  CDS  NC_013037  6017535  6020630  +  3096  TonB-dependent receptor plug  YP_003089342  unclonable  0.00000000497416  normal  0.504247  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_5089  CDS  NC_013037  6146322  6147803  -  1482  carbohydrate kinase, YjeF related protein  YP_003089454  unclonable  0.00000000000420091  normal  0.19658  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_5090  CDS  NC_013037  6147945  6148307  +  363  50S ribosomal protein L19  YP_003089455  unclonable  0.0000000000000290678  normal  0.249753  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_5091  CDS  NC_013037  6148501  6149280  +  780  diaminopimelate epimerase  YP_003089456  unclonable  0.000000000000217016  normal  0.274183  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_5092  CDS  NC_013037  6149322  6149627  -  306  rhodanese-like domain-containing protein  YP_003089457  unclonable  0.0000000000000245151  normal  0.239892  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_5093  CDS  NC_013037  6149627  6150778  -  1152  DEAD/DEAH box helicase domain protein  YP_003089458  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>