91 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
SeHA_C0047  CDS  NC_011083  47737  48000  264  30S ribosomal protein S20  YP_002044010  unclonable  0.00000872417  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0099  CDS  NC_011083  101210  103570  2361  organic solvent tolerance protein  YP_002044061  unclonable  0.0097442  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0100  CDS  NC_011083  103580  103741  162  hypothetical protein  YP_002044062  unclonable  0.0000209262  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0101  CDS  NC_011083  103824  104636  813  Dna-J like membrane chaperone protein  YP_002044063  unclonable  0.000130204  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0216  CDS  NC_011083  221557  222870  1314  poly(A) polymerase I  YP_002044169  unclonable  0.000405641  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0286  CDS  NC_011083  295973  296539  567  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  YP_002044238  unclonable  0.0000374783  normal  0.408971  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0287    NC_011083  296610  296732  123      unclonable  0.00000805028  normal  0.284432  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0463  CDS  NC_011083  466115  467284  1170  methylcitrate synthase  YP_002044399  unclonable  0.000165686  hitchhiker  0.000000131062  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0464  CDS  NC_011083  467322  468773  1452  2-methylcitrate dehydratase  YP_002044400  unclonable  0.0004098  hitchhiker  0.00000887617  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0550  CDS  NC_011083  548788  550086  1299  trigger factor  YP_002044482  unclonable  0.000374305  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0572  CDS  NC_011083  573476  573736  261  50S ribosomal protein L31 type B  YP_002044503  unclonable  0.0000109975  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0753  CDS  NC_011083  746829  748040  1212  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction A  YP_002044671  unclonable  0.000245446  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0814  CDS  NC_011083  805549  806079  531  flavodoxin FldA  YP_002044724  unclonable  0.0000448874  normal  0.266215  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0815  CDS  NC_011083  806522  806644  123  hypothetical protein  YP_002044726  unclonable  0.0000181888  normal  0.228296  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0816  CDS  NC_011083  806230  806523  294  LexA regulated protein  YP_002044725  unclonable  0.0000303434  normal  0.244625  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0817  CDS  NC_011083  806657  807427  771  hypothetical protein  YP_002044727  unclonable  0.000104367  normal  0.28548  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0818  CDS  NC_011083  807612  808154  543  replication initiation regulator SeqA  YP_002044728  unclonable  0.0000543337  normal  0.225006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0877  CDS  NC_011083  866064  866852  789  tol-pal system protein YbgF  YP_002044784  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0878  tRNA  NC_011083  867016  867093  78  tRNA-Lys    unclonable  0.0000133144  normal  0.655098  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0879  tRNA  NC_011083  867224  867299  76  tRNA-Val    unclonable  0.0000126601  normal  0.645347  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0880  tRNA  NC_011083  867303  867378  76  tRNA-Lys    unclonable  0.0000131793  normal  0.645347  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0881  tRNA  NC_011083  867427  867504  78  tRNA-Lys    unclonable  0.0000114507  normal  0.568904  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0882  tRNA  NC_011083  867638  867713  76  tRNA-Lys    unclonable  0.0000105642  normal  0.563094  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C0925  CDS  NC_011083  912702  914723  2022  excinuclease ABC subunit B  YP_002044826  unclonable  0.00407979  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1064  CDS  NC_011083  1052167  1052784  618  dimethylsulfoxide reductase, B subunit  YP_002044958  unclonable  0.0000663895  normal  0.967952  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1065  CDS  NC_011083  1052786  1053649  864  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase, C subunit  YP_002044959  unclonable  0.000142523  normal  0.658942  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1168  CDS  NC_011083  1152862  1153404  543  hypothetical protein  YP_002045061  unclonable  0.0000448874  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1176  CDS  NC_011083  1162633  1163151  519  3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase  YP_002045069  unclonable  0.0000226736  normal  0.688427  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1177  CDS  NC_011083  1163220  1164980  1761  protease La-like protein  YP_002045070  unclonable  0.00123977  normal  0.54103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1179  CDS  NC_011083  1165690  1166766  1077  outer membrane protein A  YP_002045072  unclonable  0.000188951  normal  0.637141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1309  CDS  NC_011083  1283565  1284299  735  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_002045194  unclonable  0.0000691126  decreased coverage  8.766760000000001e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1310  CDS  NC_011083  1284455  1284691  237  acyl carrier protein  YP_002045195  unclonable  0.0000174722  decreased coverage  4.37915e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1311  CDS  NC_011083  1284777  1286018  1242  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II  YP_002045196  unclonable  0.00036682  decreased coverage  1.62652e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1459  CDS  NC_011083  1413574  1414428  855  DNA/RNA non-specific endonuclease  YP_002045338  unclonable  0.000101242  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1510  CDS  NC_011083  1464894  1465130  237  major outer membrane lipoprotein  YP_002045383  unclonable  0.00000917327  hitchhiker  0.00000000217872  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1562  CDS  NC_011083  1512506  1513438  933  putative DNA-binding transcriptional regulator  YP_002045430  unclonable  0.000120122  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1634  CDS  NC_011083  1586323  1587831  1509  hypothetical protein  YP_002045502  unclonable  0.00065712  normal  0.987558  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1895  CDS  NC_011083  1849326  1850495  1170  tetratricopeptide repeat protein  YP_002045752  unclonable  0.000228715  hitchhiker  4.98218e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C1972  CDS  NC_011083  1922262  1923518  1257  glutamyl-tRNA reductase  YP_002045820  unclonable  0.000439602  normal  0.904808  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2037  CDS  NC_011083  1981390  1983135  1746  peptidoglycan synthetase FtsI  YP_002045882  unclonable  0.00133127  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2038  CDS  NC_011083  1983355  1983564  210  cold shock-like protein CspC  YP_002045883  unclonable  0.0000133144  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2140  CDS  NC_011083  2069483  2070061  579  transcriptional activator FlhC  YP_002045979  decreased coverage  0.000606763  unclonable  4.37238e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2141  CDS  NC_011083  2070064  2070405  342  transcriptional activator FlhD  YP_002045980  unclonable  0.0000294408  hitchhiker  1.8448199999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2158  tRNA  NC_011083  2083808  2083881  74  tRNA-Cys    unclonable  0.0000095495  hitchhiker  0.000000000143723  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2159  tRNA  NC_011083  2083934  2084009  76  tRNA-Gly    unclonable  0.000010146  hitchhiker  0.000000000399675  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2160  CDS  NC_011083  2084161  2084709  549  phosphatidylglycerophosphate synthetase  YP_002045996  unclonable  0.0000496279  hitchhiker  0.000000000694112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2219  CDS  NC_011083  2129969  2130766  798  hypothetical protein  YP_002046051  unclonable  0.000101242  normal  0.573011  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2220  tRNA  NC_011083  2130866  2130943  78  tRNA-Asn    unclonable  0.0000122834  normal  0.473554  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2221    NC_011083  2131138  2131428  291      unclonable  0.0000277153  normal  0.359302  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2234  tRNA  NC_011083  2141776  2141853  78  tRNA-Asn    unclonable  0.0000137279  normal  0.643353  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2288  CDS  NC_011083  2186294  2188570  2277  thiosulfate reductase  YP_002046113  unclonable  0.00880607  normal  0.0980362  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2587  CDS  NC_011083  2503180  2503734  555  nudix hydrolase 3  YP_002046401  unclonable  0.0000345832  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2639  CDS  NC_011083  2552025  2553746  1722  hypothetical protein  YP_002046451  unclonable  0.0014587  decreased coverage  1.98155e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2687  CDS  NC_011083  2598891  2599877  987  cell division protein ZipA  YP_002046492  unclonable  0.000108647  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2768  CDS  NC_011083  2682756  2684105  1350  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_002046572  unclonable  0.000315473  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2875  rRNA  NC_011083  2808317  2809850  1534  16S ribosomal RNA    unclonable  0.000670664  normal  0.388962  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2876  CDS  NC_011083  2810195  2810311  117  hypothetical protein  YP_002046665  unclonable  0.0000159621  normal  0.192989  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C2943  CDS  NC_011083  2882926  2884908  1983  putative DNA/RNA helicase  YP_002046725  normal  0.0569603  unclonable  1.9165499999999998e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3162  CDS  NC_011083  3085519  3087753  2235  GDP/GTP pyrophosphokinase  YP_002046925  unclonable  0.00447218  normal  0.0412564  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3217  CDS  NC_011083  3144806  3145336  531  dinucleoside polyphosphate hydrolase  YP_002046974  unclonable  0.0000360016  hitchhiker  0.00252549  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3218  CDS  NC_011083  3146019  3146714  696  DNA mismatch repair protein  YP_002046975  unclonable  0.0000631392  hitchhiker  0.00373794  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3257  CDS  NC_011083  3180614  3181093  480  galactitol-specific phosphotransferase enzyme iia component  YP_002047012  unclonable  0.0000435521  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3258  CDS  NC_011083  3181412  3182167  756  DeoR family transcriptional regulator  YP_002047013  unclonable  0.0000943791  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3259  CDS  NC_011083  3182550  3183086  537  ribose-5-phosphate isomerase B  YP_002047014  unclonable  0.0000325628  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3293  CDS  NC_011083  3212916  3213245  330  Z-ring-associated protein  YP_002047046  unclonable  0.0000277153  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3294  ncRNA  NC_011083  3213287  3213470  184  6S / SsrS RNA    unclonable  0.0000161257  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3295  CDS  NC_011083  3213491  3214087  597  putative ligase  YP_002047047  unclonable  0.0000506404  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3463  CDS  NC_011083  3366211  3366426  216  30S ribosomal protein S21  YP_002047207  unclonable  0.0000248235  normal  0.0117511  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3592  CDS  NC_011083  3480004  3481947  1944  ATP-dependent metalloprotease  YP_002047324  unclonable  0.00319823  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3601  CDS  NC_011083  3488092  3488403  312  50S ribosomal protein L21  YP_002047333  unclonable  0.0000243272  normal  0.724724  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3672  CDS  NC_011083  3557928  3558971  1044  rod shape-determining protein MreB  YP_002047402  unclonable  0.000126331  normal  0.279818  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3700  rRNA  NC_011083  3584762  3586295  1534  16S ribosomal RNA    unclonable  0.000788136  normal  0.0665123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3701    NC_011083  3586480  3586602  123      unclonable  0.0000151776  normal  0.0181617  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3702  CDS  NC_011083  3586616  3586732  117  hypothetical protein  YP_002047424  unclonable  0.0000158002  normal  0.0131556  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C3703    NC_011083  3586777  3587331  555      unclonable  0.0000527174  normal  0.0126385  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4222  rRNA  NC_011083  4110030  4111563  1534  16S ribosomal RNA    unclonable  0.00108755  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4259  CDS  NC_011083  4149327  4150712  1386  putative transport protein YifK  YP_002047950  unclonable  0.000481193  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4260  tRNA  NC_011083  4150815  4150891  77  tRNA-Arg    unclonable  0.0000095495  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4261  tRNA  NC_011083  4150945  4151022  78  tRNA-His    unclonable  0.00000854975  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4262  tRNA  NC_011083  4151042  4151128  87  tRNA-Leu    unclonable  0.0000100431  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4263  tRNA  NC_011083  4151170  4151248  79  tRNA-Pro    unclonable  0.0000112218  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4264  ncRNA  NC_011083  4151577  4151750  174  SraJ RNA    unclonable  0.0000137279  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4313  CDS  NC_011083  4203512  4204057  546  protoporphyrinogen oxidase  YP_002047996  unclonable  0.0000309624  normal  0.107941  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4475  CDS  NC_011083  4357323  4358507  1185  elongation factor Tu  YP_002048133  unclonable  0.000136907  hitchhiker  0.00081274  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4508    NC_011083  4389781  4389903  123      unclonable  0.0000134534  normal  0.0130242  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4651  CDS  NC_011083  4547825  4550254  2430  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase chain a  YP_002048296  unclonable  0.00741112  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4777  CDS  NC_011083  4655633  4657489  1857  DNA mismatch repair protein  YP_002048402  unclonable  0.00171491  normal  0.0289843  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4778  CDS  NC_011083  4657482  4658432  951  tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase  YP_002048403  unclonable  0.000111979  normal  0.0766659  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4814  CDS  NC_011083  4687017  4687652  636  opacity-associated protein A  YP_002048438  unclonable  0.0000309624  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4815  CDS  NC_011083  4687872  4688492  621  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_002048439  unclonable  0.0000233687  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
SeHA_C4856  CDS  NC_011083  4727810  4729228  1419  PTS system trehalose(maltose)-specific transporter subunits IIBC  YP_002048478  unclonable  0.000588436  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>