86 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
EcSMS35_0099  CDS  NC_010498  110615  111877  +  1263  cell division protein FtsA  YP_001742216  unclonable  0.00000000243315  normal  0.662552  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0100  CDS  NC_010498  111939  113090  +  1152  cell division protein FtsZ  YP_001742217  unclonable  0.00000000245858  normal  0.622573  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0375  CDS  NC_010498  387449  390523  -  3075  beta-D-galactosidase  YP_001742478  unclonable  0.00000167859  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0479  CDS  NC_010498  483435  484733  +  1299  trigger factor  YP_001742580  unclonable  0.00000000713029  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0482  CDS  NC_010498  487190  489544  +  2355  DNA-binding ATP-dependent protease La  YP_001742583  unclonable  0.000000167472  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0652  CDS  NC_010498  663355  664566  -  1212  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction A  YP_001742748  unclonable  0.00000000371199  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0656  CDS  NC_010498  668852  669319  -  468  rRNA large subunit methyltransferase  YP_001742752  unclonable  0.000000000108281  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0657  CDS  NC_010498  669323  669640  -  318  hypothetical protein  YP_001742753  unclonable  0.0000000000777395  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0658  CDS  NC_010498  669900  670511  -  612  alpha-ribazole phosphatase  YP_001742754  unclonable  0.00000000037528  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0692  tRNA  NC_010498  696575  696653  -  79  tRNA-Met    unclonable  0.0000000000520696  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0693  CDS  NC_010498  697033  698697  -  1665  asparagine synthetase B  YP_001742782  unclonable  0.00000000880701  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0706  CDS  NC_010498  710180  710710  -  531  flavodoxin FldA  YP_001742795  unclonable  0.000000000789352  normal  0.640878  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0707  CDS  NC_010498  710850  711143  -  294  LexA regulated protein  YP_001742796  unclonable  0.000000000300993  normal  0.498469  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0708  CDS  NC_010498  711283  712047  -  765  hypothetical protein  YP_001742797  unclonable  0.00000000135641  normal  0.38067  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0765  CDS  NC_010498  772196  772987  +  792  tol-pal system protein YbgF  YP_001742853  unclonable  0.00000000135641  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0766  tRNA  NC_010498  773151  773228  +  78  tRNA-Lys    unclonable  0.000000000107183  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0767  tRNA  NC_010498  773263  773338  +  76  tRNA-Val    unclonable  0.0000000000989037  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0768  tRNA  NC_010498  773341  773416  +  76  tRNA-Lys    unclonable  0.0000000000959618  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0769  tRNA  NC_010498  773468  773543  +  76  tRNA-Val    unclonable  0.000000000076951  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0770  tRNA  NC_010498  773547  773622  +  76  tRNA-Lys    unclonable  0.0000000000739048  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1139  CDS  NC_010498  1157310  1158764  +  1455  hypothetical protein  YP_001743207  unclonable  0.0000000023845  hitchhiker  0.0000334983  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1147  tRNA  NC_010498  1172341  1172418  -  78  tRNA-Asn    unclonable  0.0000000000475787  hitchhiker  0.0000000000000160242  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1152  CDS  NC_010498  1174838  1177279  -  2442  exonuclease family protein  YP_001743217  unclonable  0.000000192952  hitchhiker  2.23987e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1153  CDS  NC_010498  1177373  1177564  -  192  hypothetical protein  YP_001743218  unclonable  0.000000000165058  hitchhiker  1.09594e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1154  CDS  NC_010498  1177561  1177749  -  189  division inhibition protein DicB  YP_001743219  unclonable  0.000000000153869  hitchhiker  1.03441e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1155  CDS  NC_010498  1177766  1177888  +  123  hypothetical protein  YP_001743220  unclonable  0.000000000131016  hitchhiker  1.0145500000000001e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1156  CDS  NC_010498  1178317  1178535  -  219  hypothetical protein  YP_001743221  unclonable  0.000000000197649  hitchhiker  5.0661299999999995e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1231  CDS  NC_010498  1234156  1234383  -  228  hypothetical protein  YP_001743292  unclonable  0.000000000137788  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1271  CDS  NC_010498  1266699  1267247  +  549  phosphatidylglycerophosphate synthetase  YP_001743332  unclonable  0.000000000101936  hitchhiker  0.00068056  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1272  tRNA  NC_010498  1267399  1267474  +  76  tRNA-Gly    unclonable  0.0000000000331558  hitchhiker  0.00050925  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1273  tRNA  NC_010498  1267529  1267602  +  74  tRNA-Cys    unclonable  0.0000000000324929  hitchhiker  0.000536522  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1274  tRNA  NC_010498  1267615  1267701  +  87  tRNA-Leu    unclonable  0.0000000000352128  hitchhiker  0.000541618  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1275  CDS  NC_010498  1267897  1268562  +  666  hypothetical protein  YP_001743333  unclonable  0.00000000031022  hitchhiker  0.000229612  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1519  CDS  NC_010498  1505207  1505443  -  237  major outer membrane lipoprotein  YP_001743577  unclonable  0.000000000133689  decreased coverage  0.000000000978616  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1625  CDS  NC_010498  1614322  1615008  -  687  GntR family transcriptional regulator  YP_001743679  unclonable  0.000000000899292  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1741  CDS  NC_010498  1746052  1747380  -  1329  IS4 transposase  YP_001743796  hitchhiker  0.000000150228  unclonable  2.9887999999999996e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1743  CDS  NC_010498  1747487  1747765  +  279  benzoate membrane transport protein  YP_001743797  unclonable  0.000000000316549  unclonable  7.90007e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1744  CDS  NC_010498  1747800  1748468  -  669  putative lipoprotein  YP_001743798  unclonable  0.00000000116724  unclonable  1.13256e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1849  CDS  NC_010498  1871236  1872405  -  1170  tetratricopeptide repeat protein  YP_001743903  unclonable  0.00000000245858  unclonable  5.61509e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1850  CDS  NC_010498  1872412  1872720  -  309  hypothetical protein  YP_001743904  hitchhiker  0.000000437894  unclonable  2.67694e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1851  CDS  NC_010498  1872869  1873633  -  765  phosphatidylglycerophosphatase B  YP_001743905  hitchhiker  0.0000018502  unclonable  4.59635e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1852  CDS  NC_010498  1873803  1874393  +  591  GTP cyclohydrolase II  YP_001743906  hitchhiker  0.000364314  unclonable  3.76243e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1853  CDS  NC_010498  1874457  1877132  -  2676  aconitate hydratase  YP_001743907  normal  0.0328579  unclonable  4.5871699999999996e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1932  CDS  NC_010498  1952125  1953381  -  1257  glutamyl-tRNA reductase  YP_001743984  unclonable  0.00000000431786  normal  0.0964629  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1933  CDS  NC_010498  1953595  1954218  +  624  outer membrane lipoprotein LolB  YP_001743985  unclonable  0.000000000607555  normal  0.239463  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1934  CDS  NC_010498  1954218  1955069  +  852  4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase  YP_001743986  unclonable  0.00000000109905  normal  0.323322  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2026  CDS  NC_010498  2047225  2048658  -  1434  PTS system glucose-specific transporter subunits IIBC  YP_001744078  unclonable  0.00000000829082  hitchhiker  0.00000105555  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2033  CDS  NC_010498  2054676  2054912  -  237  acyl carrier protein  YP_001744085  unclonable  0.000000000123338  hitchhiker  0.00000256014  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2034  CDS  NC_010498  2055123  2055857  -  735  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001744086  unclonable  0.000000000773418  decreased coverage  0.000000561813  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2035  CDS  NC_010498  2055870  2056799  -  930  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_001744087  unclonable  0.00000000142679  decreased coverage  0.000000651036  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2036  CDS  NC_010498  2056815  2057768  -  954  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_001744088  unclonable  0.000000000955089  decreased coverage  0.000000634537  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2037  CDS  NC_010498  2057836  2058906  -  1071  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_001744089  unclonable  0.0000000010879  decreased coverage  0.000000225509  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2038  CDS  NC_010498  2058987  2059160  -  174  50S ribosomal protein L32  YP_001744090  unclonable  0.0000000000393303  hitchhiker  0.0000254001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2039  CDS  NC_010498  2059212  2059733  -  522  hypothetical protein  YP_001744091  unclonable  0.000000000123338  hitchhiker  0.0000303245  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2040  CDS  NC_010498  2059893  2060516  +  624  Maf-like protein  YP_001744092  unclonable  0.000000000222937  hitchhiker  0.000140944  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2041  CDS  NC_010498  2060627  2061586  -  960  23S rRNA pseudouridylate synthase C  YP_001744093  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2166  CDS  NC_010498  2171124  2171642  +  519  3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase  YP_001744216  unclonable  0.000000000142011  normal  0.309332  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2172  CDS  NC_010498  2180954  2181496  -  543  hypothetical protein  YP_001744223  unclonable  0.000000000720846  normal  0.548871  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2230  CDS  NC_010498  2250012  2254121  -  4110  DNA translocase FtsK  YP_001744280  unclonable  0.0000123505  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2281  CDS  NC_010498  2306613  2308559  -  1947  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  YP_001744328  unclonable  0.0000000297537  normal  0.0300629  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2282  CDS  NC_010498  2308556  2309671  -  1116  macrolide transporter subunit MacA  YP_001744329  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2455  CDS  NC_010498  2505509  2506051  -  543  NUDIX family hydrolase  YP_001744499  unclonable  0.000000000626304  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2489  CDS  NC_010498  2536010  2537368  +  1359  SMC domain-containing protein  YP_001744533  unclonable  0.00000000889729  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2490  CDS  NC_010498  2537352  2538011  +  660  hypothetical protein  YP_001744534  unclonable  0.000000000626304  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2555  tRNA  NC_010498  2612181  2612258  +  78  tRNA-Val    unclonable  0.0000000000393303  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2556  tRNA  NC_010498  2612303  2612380  +  78  tRNA-Val    unclonable  0.0000000000389314  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2557  tRNA  NC_010498  2612384  2612459  +  76  tRNA-Lys    unclonable  0.0000000000373976  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2558  CDS  NC_010498  2612570  2613454  -  885  DNA-binding transcriptional activator XapR  YP_001744594  unclonable  0.000000000632847  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2658  CDS  NC_010498  2718529  2719896  +  1368  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_001744694  unclonable  0.00000000423152  normal  0.673985  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2766  CDS  NC_010498  2845682  2846272  -  591  heat shock protein GrpE  YP_001744797  unclonable  0.000000000506874  normal  0.0900785  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2910  CDS  NC_010498  2984001  2984672  -  672  hypothetical protein  YP_001744934  unclonable  0.000000000863859  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2922  CDS  NC_010498  2994669  2996903  -  2235  GDP/GTP pyrophosphokinase  YP_001744946  unclonable  0.00000016084  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2948  CDS  NC_010498  3024535  3024930  -  396  hypothetical protein  YP_001744972  unclonable  0.0000000000825789  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2949  CDS  NC_010498  3024949  3025866  -  918  DNA-binding transcriptional activator GcvA  YP_001744973  unclonable  0.000000000549414  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_3359  CDS  NC_010498  3436625  3438370  +  1746  DNA primase  YP_001745338  unclonable  0.00000000492318  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_3474  CDS  NC_010498  3551757  3553700  -  1944  ATP-dependent metalloprotease  YP_001745450  unclonable  0.0000000879508  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_3482  CDS  NC_010498  3559752  3560063  -  312  50S ribosomal protein L21  YP_001745458  unclonable  0.000000000216305  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_3546  CDS  NC_010498  3626689  3627732  -  1044  rod shape-determining protein MreB  YP_001745522  unclonable  0.000000000601391  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_3574  rRNA  NC_010498  3654457  3655998  -  1542  16S ribosomal RNA    unclonable  0.0000000222235  normal  0.32573  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_3666  CDS  NC_010498  3725332  3726009  -  678  shikimate kinase I  YP_001745633  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_3667  CDS  NC_010498  3726254  3727492  -  1239  outer membrane porin HofQ  YP_001745634  unclonable  0.0000000045876  normal  0.0733814  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_4426  tRNA  NC_010498  4521245  4521319  +  75  tRNA-Gly    unclonable  0.0000000000739048  hitchhiker  0.0000476038  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_4427  tRNA  NC_010498  4521325  4521402  +  78  tRNA-Thr    unclonable  0.0000000000793255  hitchhiker  0.0000458064  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_4428  CDS  NC_010498  4521516  4522700  +  1185  elongation factor Tu  YP_001746364  unclonable  0.00000000375004  hitchhiker  0.00000974336  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_4637  CDS  NC_010498  4737710  4738849  -  1140  iron-sulfur cluster binding protein  YP_001746561  unclonable  0.00000000171021  normal  0.0426509  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_4742  CDS  NC_010498  4841167  4842267  +  1101  putative permease  YP_001746665  unclonable  0.000000002134  normal  0.891327  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>