78 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
SeSA_A0048  CDS  NC_011094  52284  52547  -  264  30S ribosomal protein S20  YP_002113055  unclonable  0.0000000398649  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0106  CDS  NC_011094  108567  109379  +  813  Dna-J like membrane chaperone protein  YP_002113112  unclonable  0.000000540131  normal  0.839324  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0150  CDS  NC_011094  156828  157745  +  918  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_002113152  unclonable  0.00000101853  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0179  CDS  NC_011094  188500  188862  +  363  hypothetical protein  YP_002113179  unclonable  0.0000000658867  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0180  CDS  NC_011094  189036  190049  +  1014  2-keto-3-deoxygluconate permease  YP_002113180  unclonable  0.00000129613  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0276    NC_011094  291300  291422  -  123      unclonable  0.0000000427815  normal  0.130788  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0277  rRNA  NC_011094  291607  293139  +  1533  16S ribosomal RNA    unclonable  0.0000147488  normal  0.265457  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0506  CDS  NC_011094  509790  511088  +  1299  trigger factor  YP_002113478  unclonable  0.00000626608  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0797  CDS  NC_011094  771727  772938  -  1212  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction A  YP_002113755  unclonable  0.00000379586  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0850  CDS  NC_011094  822894  823523  -  630  flavodoxin FldA  YP_002113800  unclonable  0.000000167228  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0851  CDS  NC_011094  823867  823989  +  123  hypothetical protein  YP_002113802  unclonable  0.0000000261453  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0852  CDS  NC_011094  823575  823868  -  294  LexA regulated protein  YP_002113801  unclonable  0.0000000487307  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0853  CDS  NC_011094  824002  824772  -  771  hypothetical protein  YP_002113803  unclonable  0.000000437553  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1121  CDS  NC_011094  1107025  1107567  +  543  hypothetical protein  YP_002114059  unclonable  0.00000020025  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1130  CDS  NC_011094  1116796  1117314  -  519  3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase  YP_002114067  unclonable  0.00000024968  normal  0.962263  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1131  CDS  NC_011094  1117383  1119143  -  1761  protease La homolog  YP_002114068  unclonable  0.000050712  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1132  CDS  NC_011094  1119329  1119781  +  453  hypothetical protein  YP_002114069  unclonable  0.000000320725  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1427  CDS  NC_011094  1375056  1375910  +  855  DNA/RNA non-specific endonuclease  YP_002114349  unclonable  0.000000987613  decreased coverage  0.000225479  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1473  CDS  NC_011094  1423025  1423264  -  240  hypothetical protein  YP_002114391  unclonable  0.0000000926239  normal  0.022042  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1474  CDS  NC_011094  1423347  1423583  -  237  major outer membrane lipoprotein  YP_002114392  unclonable  0.0000000804906  normal  0.0109348  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1560  CDS  NC_011094  1500289  1501329  +  1041  putative oxidoreductase  YP_002114475  unclonable  0.00000251187  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1702  CDS  NC_011094  1641395  1642888  +  1494  L-asparagine permease  YP_002114609  unclonable  0.0000149033  normal  0.155266  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1837  CDS  NC_011094  1778901  1780070  -  1170  tetratricopeptide repeat protein  YP_002114737  unclonable  0.0000022719  hitchhiker  0.000343343  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1959  CDS  NC_011094  1892030  1893157  -  1128  ribonuclease D  YP_002114851  unclonable  0.00000313579  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2097  CDS  NC_011094  2013007  2013135  -  129  hypothetical protein  YP_002114977  unclonable  0.0000000283286  hitchhiker  0.00742467  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2098  tRNA  NC_011094  2013212  2013298  -  87  tRNA-Leu    unclonable  0.0000000256224  hitchhiker  0.00730061  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2099  tRNA  NC_011094  2013310  2013383  -  74  tRNA-Cys    unclonable  0.0000000300865  normal  0.0154301  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2100  tRNA  NC_011094  2013435  2013510  -  76  tRNA-Gly    unclonable  0.000000030713  hitchhiker  0.00742467  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2101  CDS  NC_011094  2013662  2014210  -  549  phosphatidylglycerophosphate synthetase  YP_002114978  unclonable  0.000000204337  hitchhiker  0.00888747  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2163  tRNA  NC_011094  2060422  2060499  +  78  tRNA-Asn    unclonable  0.0000000349839  normal  0.522468  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2164  CDS  NC_011094  2060806  2060937  +  132  hypothetical protein  YP_002115036  unclonable  0.0000000487307  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2165  tRNA  NC_011094  2061098  2061175  +  78  tRNA-Asn    unclonable  0.0000000402737  normal  0.996727  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2166  CDS  NC_011094  2061435  2061563  +  129  hypothetical protein  YP_002115037  unclonable  0.0000000402737  normal  0.978327  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2167  CDS  NC_011094  2061677  2063131  -  1455  AMP nucleosidase  YP_002115038  unclonable  0.0000113485  normal  0.699069  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2168  CDS  NC_011094  2063177  2063338  +  162  hypothetical protein  YP_002115039  unclonable  0.0000000507401  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2169  CDS  NC_011094  2063327  2063653  -  327  putative cytoplasmic protein  YP_002115040  unclonable  0.0000000813161  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2170  tRNA  NC_011094  2064533  2064610  -  78  tRNA-Asn    unclonable  0.0000000382862  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2558  CDS  NC_011094  2443224  2444162  -  939  HTH-type transcriptional regulator PecT  YP_002115399  unclonable  0.00000175067  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2649  CDS  NC_011094  2532845  2534260  -  1416  glutamyl-tRNA synthetase  YP_002115484  unclonable  0.00000633167  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2650  tRNA  NC_011094  2534519  2534594  +  76  tRNA-Val    unclonable  0.0000000507401  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2651  tRNA  NC_011094  2534639  2534716  +  78  tRNA-Val    unclonable  0.0000000523066  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2652  tRNA  NC_011094  2534756  2534833  +  78  tRNA-Val    unclonable  0.0000000608087  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2663  CDS  NC_011094  2543924  2544910  -  987  cell division protein ZipA  YP_002115494  unclonable  0.00000146198  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2746  CDS  NC_011094  2629164  2630513  +  1350  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_002115575  unclonable  0.00000699903  normal  0.210011  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2976  tRNA  NC_011094  2877748  2877842  -  95  tRNA-Ser    unclonable  0.0000000227205  decreased coverage  0.0000509713  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3097  CDS  NC_011094  2987146  2988681  -  1536  crispr-associated protein, Cse1 family  YP_002115893  unclonable  0.0000104629  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3230  CDS  NC_011094  3123517  3124095  -  579  hypothetical protein  YP_002116008  unclonable  0.000000337238  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3486  CDS  NC_011094  3363822  3365765  -  1944  ATP-dependent metalloprotease  YP_002116244  unclonable  0.0000528036  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3537  CDS  NC_011094  3411045  3411473  -  429  50S ribosomal protein L13  YP_002116293  unclonable  0.000000244686  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3566  CDS  NC_011094  3441721  3442764  -  1044  rod shape-determining protein MreB  YP_002116322  unclonable  0.00000307307  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3576  CDS  NC_011094  3453477  3454442  +  966  tRNA-dihydrouridine synthase B  YP_002116332  unclonable  0.000000997743  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3596    NC_011094  3470099  3470950  +  852      unclonable  0.000000808092  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3637  CDS  NC_011094  3494132  3494443  -  312  30S ribosomal protein S10  YP_002116383  unclonable  0.0000000584006  normal  0.459498  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3644  CDS  NC_011094  3500248  3500622  -  375  30S ribosomal protein S12  YP_002116390  unclonable  0.0000000993601  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3645  CDS  NC_011094  3500748  3501035  -  288  sulfur transfer complex subunit TusB  YP_002116391  unclonable  0.0000000589995  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3646  CDS  NC_011094  3501043  3501399  -  357  sulfur relay protein TusC  YP_002116392  unclonable  0.000000115464  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3647  CDS  NC_011094  3501399  3501785  -  387  sulfur transfer complex subunit TusD  YP_002116393  unclonable  0.000000127633  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3648  CDS  NC_011094  3501785  3502507  -  723  hypothetical protein  YP_002116394  unclonable  0.000000508468  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3649  CDS  NC_011094  3502783  3503601  -  819  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_002116395  unclonable  0.000000680922  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4144  tRNA  NC_011094  4020452  4020538  +  87  tRNA-Leu    unclonable  0.0000000390676  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4210  CDS  NC_011094  4084468  4087254  +  2787  DNA polymerase I  YP_002116921  unclonable  0.0026674  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4342  CDS  NC_011094  4217180  4217962  +  783  glutamate racemase  YP_002117043  unclonable  0.000000513683  normal  0.657896  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4354  tRNA  NC_011094  4227659  4227733  +  75  tRNA-Gly    unclonable  0.0000000304012  normal  0.98071  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4355  tRNA  NC_011094  4227739  4227816  +  78  tRNA-Thr    unclonable  0.0000000300865  normal  0.983555  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4356  CDS  NC_011094  4227931  4229115  +  1185  elongation factor Tu  YP_002117049  unclonable  0.0000022952  normal  0.868504  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4444  CDS  NC_011094  4321769  4321969  +  201  hypothetical protein  YP_002117131  hitchhiker  0.000802347  unclonable  0.000000000864049  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4445  CDS  NC_011094  4322007  4322558  +  552  hypothetical protein  YP_002117132  hitchhiker  0.00706423  unclonable  0.00000000112107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4446  CDS  NC_011094  4322903  4323844  +  942  phage O protein family  YP_002117133  normal  0.0401993  unclonable  0.00000000141211  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4447  CDS  NC_011094  4323939  4324592  +  654  phage N-6-adenine-methyltransferase  YP_002117134  hitchhiker  0.00279672  unclonable  0.00000000137011  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4448  CDS  NC_011094  4324589  4324915  +  327  lexA DNA binding domain protein  YP_002117135  hitchhiker  0.0015739  unclonable  0.00000000108771  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4449  CDS  NC_011094  4324912  4325301  +  390  bacteriophage V crossover junction endodeoxyribonuclease  YP_002117136  hitchhiker  0.00181578  unclonable  0.00000000115544  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4450  CDS  NC_011094  4325321  4326118  +  798  KilA-N domain family  YP_002117137  hitchhiker  0.0000955205  unclonable  0.00000000145542  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4451  CDS  NC_011094  4326126  4327115  +  990  hypothetical protein  YP_002117138  unclonable  0.00000182249  unclonable  0.00000000157695  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4452  CDS  NC_011094  4327129  4327881  +  753  antitermination protein  YP_002117139  unclonable  0.000000674008  unclonable  0.00000000121493  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4453  CDS  NC_011094  4328317  4328430  -  114  hypothetical protein  YP_002117140  normal  0.0184837  unclonable  0.000000000672513  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4454  CDS  NC_011094  4328560  4328748  +  189  hypothetical protein  YP_002117141  normal  0.0425559  unclonable  0.000000000735995  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4455  CDS  NC_011094  4328883  4329227  +  345  putative prophage membrane protein  YP_002117142  normal  0.057965  unclonable  0.000000000855278  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4664  CDS  NC_011094  4532023  4532658  -  636  opacity-associated protein A  YP_002117336  unclonable  0.000000808092  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>