94 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Gbem_0077  CDS  NC_011146  92690  93427  +  738  hypothetical protein  YP_002136904  unclonable  0.00000000844228  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0095  CDS  NC_011146  118311  120161  +  1851  hypothetical protein  YP_002136922  unclonable  0.00000209926  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0151  CDS  NC_011146  182199  183644  -  1446  poly(A) polymerase  YP_002136978  unclonable  0.000000345097  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0162  CDS  NC_011146  193461  193769  +  309  50S ribosomal protein L21  YP_002136989  unclonable  0.00000000233925  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0208  CDS  NC_011146  244053  244253  -  201  cold-shock DNA-binding domain protein  YP_002137035  unclonable  0.000000000807689  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0215  CDS  NC_011146  255457  256431  +  975  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_002137042  unclonable  0.0000000367752  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0216  CDS  NC_011146  256522  257475  +  954  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_002137043  unclonable  0.0000000196807  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0217  CDS  NC_011146  257560  258453  -  894  chaperone DnaJ domain protein  YP_002137044  unclonable  0.00000000962373  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0241  CDS  NC_011146  284626  285546  -  921  ribosomal protein L11 methyltransferase  YP_002137068  unclonable  0.0000000356795  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0252  CDS  NC_011146  296573  297208  -  636  hypothetical protein  YP_002137079  unclonable  0.00000000870152  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0360  CDS  NC_011146  438777  439235  +  459  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  YP_002137187  unclonable  0.0000000032246  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0425  CDS  NC_011146  500608  501849  -  1242  hypothetical protein  YP_002137250  unclonable  0.000000166547  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0497  CDS  NC_011146  599853  601013  +  1161  cell division protein FtsZ  YP_002137322  unclonable  0.0000000633261  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0539  CDS  NC_011146  651843  652307  -  465  hypothetical protein  YP_002137364  unclonable  0.0000000030974  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0549  CDS  NC_011146  662003  662593  -  591  hypothetical protein  YP_002137374  unclonable  0.00000000486601  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0550  CDS  NC_011146  662805  663461  -  657  isoprenoid biosynthesis protein with amidotransferase-like domain  YP_002137375  unclonable  0.0000000055429  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0551  CDS  NC_011146  663894  664055  +  162  hypothetical protein  YP_002137376  unclonable  0.000000000489175  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0552  CDS  NC_011146  664625  665923  -  1299  adenylosuccinate synthetase  YP_002137377  unclonable  0.000000130749  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0555  CDS  NC_011146  668947  669222  -  276  hypothetical protein  YP_002137380  unclonable  0.00000000049421  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0556  CDS  NC_011146  669254  669529  -  276  hypothetical protein  YP_002137381  unclonable  0.000000000586075  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0558  CDS  NC_011146  671567  671980  -  414  methylmalonyl-CoA epimerase  YP_002137383  unclonable  0.000000000977172  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0580  CDS  NC_011146  700473  701810  -  1338  penicillin-binding protein transpeptidase  YP_002137404  unclonable  0.000000287741  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0600  CDS  NC_011146  719436  721619  +  2184  putative PAS/PAC sensor protein  YP_002137424  unclonable  0.0000188746  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0617  CDS  NC_011146  738467  738886  -  420  transcriptional regulator, TraR/DksA family  YP_002137441  unclonable  0.00000000439972  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0683  CDS  NC_011146  807677  811033  +  3357  alpha amylase catalytic region  YP_002137506  unclonable  0.000715113  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0692  CDS  NC_011146  820369  820944  -  576  metal dependent phophohydrolase  YP_002137515  unclonable  0.00000000253532  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0700  CDS  NC_011146  828158  830869  +  2712  ribonuclease, Rne/Rng family  YP_002137523  unclonable  0.000181353  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0898  CDS  NC_011146  1053232  1053639  -  408  hypothetical protein  YP_002137715  unclonable  0.00000000233925  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0911  CDS  NC_011146  1073431  1074183  +  753  tRNA pseudouridine synthase A  YP_002137728  unclonable  0.0000000123783  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1016  CDS  NC_011146  1174846  1175139  +  294  hypothetical protein  YP_002137833  unclonable  0.000000000791503  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1019  CDS  NC_011146  1186751  1189153  -  2403  ATP-dependent protease La  YP_002137836  unclonable  0.0000720396  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1123  CDS  NC_011146  1298730  1300571  +  1842  hypothetical protein  YP_002137939  unclonable  0.00000290136  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1254  CDS  NC_011146  1449981  1451354  -  1374  chromosome partitioning ATPase  YP_002138069  unclonable  0.000000381777  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1264  CDS  NC_011146  1460726  1461940  +  1215  aspartate kinase  YP_002138079  unclonable  0.000000223474  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1291  CDS  NC_011146  1489165  1490412  +  1248  hypothetical protein  YP_002138106  unclonable  0.000000104745  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1307  CDS  NC_011146  1510473  1510739  +  267  30S ribosomal protein S15  YP_002138122  unclonable  0.000000000433754  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1391  CDS  NC_011146  1605963  1606163  +  201  cold-shock DNA-binding domain protein  YP_002138206  unclonable  0.000000000857842  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1399  CDS  NC_011146  1612789  1613886  -  1098  RelA/SpoT domain protein  YP_002138214  unclonable  0.000000071471  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1496  CDS  NC_011146  1731471  1731719  +  249  regulatory protein, FmdB family  YP_002138310  unclonable  0.00000000164684  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1568  CDS  NC_011146  1816571  1817425  +  855  Fe-S cluster assembly protein NifU  YP_002138382  unclonable  0.0000000157708  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1587  CDS  NC_011146  1840756  1841187  +  432  ferric uptake regulator, Fur family  YP_002138401  unclonable  0.0000000012945  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1636  CDS  NC_011146  1900731  1902143  +  1413  hypothetical protein  YP_002138450  unclonable  0.000000397659  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1723  CDS  NC_011146  1987443  1988432  +  990  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  YP_002138535  unclonable  0.0000000440935  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1749  CDS  NC_011146  2013194  2014498  -  1305  integrase family protein  YP_002138561  unclonable  0.000000110171  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1750  CDS  NC_011146  2014719  2015414  -  696  protein of unknown function DUF1573  YP_002138562  unclonable  0.00000000472104  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1751  CDS  NC_011146  2015664  2017748  +  2085  MJ0042 family finger-like protein  YP_002138563  unclonable  0.0000114935  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1759  CDS  NC_011146  2026896  2028281  +  1386  hypothetical protein  YP_002138571  unclonable  0.000000338093  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1922  CDS  NC_011146  2220943  2224611  +  3669  regulator of chromosome condensation RCC1  YP_002138732  unclonable  0.00199148  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1934  CDS  NC_011146  2235574  2236767  +  1194  Extracellular ligand-binding receptor  YP_002138744  unclonable  0.0000000937878  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_1935  CDS  NC_011146  2237108  2237962  +  855  peptidase M48 Ste24p  YP_002138745  unclonable  0.0000000118842  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2003  CDS  NC_011146  2308045  2308605  +  561  transcriptional regulator, MucR family  YP_002138812  unclonable  0.00000000972284  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2143  CDS  NC_011146  2495176  2496108  +  933  cytochrome c family protein  YP_002138952  unclonable  0.0000000152859  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2144  CDS  NC_011146  2496315  2496989  -  675  YHS domain protein  YP_002138953  unclonable  0.00000000462643  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2206  CDS  NC_011146  2565592  2565858  -  267  hypothetical protein  YP_002139014  unclonable  0.00000000173212  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2222  CDS  NC_011146  2586456  2586656  +  201  cold-shock DNA-binding domain protein  YP_002139030  unclonable  0.000000000977172  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2249  CDS  NC_011146  2617748  2618143  -  396  response regulator receiver protein  YP_002139057  unclonable  0.00000000231541  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2309  CDS  NC_011146  2683020  2683682  -  663  HhH-GPD family protein  YP_002139117  unclonable  0.0000000091499  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2312  CDS  NC_011146  2685105  2685920  -  816  transport-associated  YP_002139120  unclonable  0.0000000102264  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2509  CDS  NC_011146  2908863  2909906  -  1044  rod shape-determining protein MreB  YP_002139313  unclonable  0.0000000707423  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2703  CDS  NC_011146  3121070  3121462  -  393  hypothetical protein  YP_002139503  unclonable  0.000000000598059  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2711  CDS  NC_011146  3127358  3129697  -  2340  DNA topoisomerase I  YP_002139511  unclonable  0.0000391579  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2738  CDS  NC_011146  3166063  3167091  +  1029  hypothetical protein  YP_002139538  unclonable  0.0000000217827  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2779  CDS  NC_011146  3207034  3208482  +  1449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  YP_002139579  unclonable  0.000000517174  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2845  CDS  NC_011146  3274459  3276096  -  1638  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  YP_002139645  unclonable  0.00000115656  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2848  CDS  NC_011146  3280550  3280846  +  297  hypothetical protein  YP_002139648  unclonable  0.000000000997397  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2869  CDS  NC_011146  3305290  3308880  +  3591  cytochrome C family protein  YP_002139669  unclonable  0.00106509  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2901  CDS  NC_011146  3345414  3347645  -  2232  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  YP_002139700  unclonable  0.0000248362  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_2973  CDS  NC_011146  3441014  3442714  -  1701  hypothetical protein  YP_002139772  unclonable  0.00000225437  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3064  CDS  NC_011146  3551523  3551969  -  447  hypothetical protein  YP_002139862  unclonable  0.0000000016974  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3090  CDS  NC_011146  3574666  3575931  +  1266  protein of unknown function DUF445  YP_002139888  unclonable  0.000000113555  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3092  CDS  NC_011146  3577261  3580731  -  3471  DNA polymerase III, alpha subunit  YP_002139890  unclonable  0.00110918  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3185  CDS  NC_011146  3673548  3673748  -  201  cold-shock DNA-binding domain protein  YP_002139982  unclonable  0.000000000997397  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3200    NC_011146  3691473  3692365  -  893      unclonable  0.00000001561  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3208  CDS  NC_011146  3698870  3699460  -  591  protein of unknown function DUF218  YP_002140003  unclonable  0.00000000349402  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3209  CDS  NC_011146  3699566  3699757  +  192  50S ribosomal protein L28  YP_002140004  unclonable  0.000000000252463  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3321  CDS  NC_011146  3818180  3819370  -  1191  tryptophan synthase subunit beta  YP_002140113  unclonable  0.0000000386703  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3353  CDS  NC_011146  3852258  3853589  -  1332  hypothetical protein  YP_002140144  unclonable  0.000000199743  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3359  CDS  NC_011146  3858600  3861251  -  2652  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  YP_002140150  unclonable  0.000128558  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3390  CDS  NC_011146  3897714  3898520  -  807  peptidase M48 Ste24p  YP_002140181  unclonable  0.0000000240796  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3431  CDS  NC_011146  3943249  3943515  -  267  30S ribosomal protein S16  YP_002140220  unclonable  0.00000000117102  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3432  CDS  NC_011146  3943623  3944984  -  1362  signal recognition particle protein  YP_002140221  unclonable  0.000000327935  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3518  CDS  NC_011146  4028285  4028611  -  327  twin arginine translocase protein A  YP_002140307  unclonable  0.000000000524898  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3519  CDS  NC_011146  4028811  4029725  +  915  quinolinate synthetase  YP_002140308  unclonable  0.0000000125089  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3650  CDS  NC_011146  4176572  4179349  -  2778  isoleucyl-tRNA synthetase  YP_002140438  unclonable  0.000233753  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3679  CDS  NC_011146  4207361  4208356  -  996  hypothetical protein  YP_002140467  unclonable  0.0000000759473  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3713  CDS  NC_011146  4237047  4238294  -  1248  transcription termination factor Rho  YP_002140501  unclonable  0.000000184202  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3912  CDS  NC_011146  4448844  4449224  -  381  hypothetical protein  YP_002140700  unclonable  0.00000000148939  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3965  CDS  NC_011146  4502429  4503007  +  579  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type  YP_002140753  unclonable  0.00000000414248  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_3975  CDS  NC_011146  4511903  4512343  +  441  single-strand binding protein  YP_002140763  unclonable  0.00000000156614  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_R0013  tRNA  NC_011146  664136  664210  -  75  tRNA-Glu    unclonable  0.000000000327585  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_R0014  tRNA  NC_011146  664280  664355  -  76  tRNA-Lys    unclonable  0.000000000321021  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_R0015  tRNA  NC_011146  664396  664473  -  78  tRNA-Glu    unclonable  0.000000000362214  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_R0016  tRNA  NC_011146  664477  664552  -  76  tRNA-Lys    unclonable  0.000000000347926  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_R0048  tRNA  NC_011146  2014574  2014650  -  77  tRNA-Arg    unclonable  0.000000000177864  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>