124 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Shew185_0001  CDS  NC_009665  382  1770  +  1389  chromosomal replication initiation protein  YP_001364237  unclonable  0.000000000562887  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0182  CDS  NC_009665  227719  228903  +  1185  elongation factor Tu  YP_001364416  unclonable  0.000000000514209  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0194  CDS  NC_009665  244482  245666  +  1185  elongation factor Tu  YP_001364428  unclonable  0.0000000000823717  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0195  CDS  NC_009665  246002  246313  +  312  30S ribosomal protein S10  YP_001364429  unclonable  0.000000000000645818  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0205  CDS  NC_009665  250704  250952  +  249  30S ribosomal protein S17  YP_001364439  unclonable  0.00000000000179685  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0206  CDS  NC_009665  251133  251501  +  369  50S ribosomal protein L14  YP_001364440  unclonable  0.0000000000025278  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0218  CDS  NC_009665  256760  257116  +  357  30S ribosomal protein S13  YP_001364452  unclonable  0.000000000000881294  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0404  CDS  NC_009665  453205  454440  +  1236  cell division protein FtsA  YP_001364636  unclonable  0.000000000380167  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0406  CDS  NC_009665  455842  456762  +  921  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_001364638  unclonable  0.000000000104832  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0409  CDS  NC_009665  458209  460935  +  2727  preprotein translocase subunit SecA  YP_001364641  unclonable  0.000000766764  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0465  CDS  NC_009665  527951  529126  +  1176  diaminopimelate decarboxylase  YP_001364696  unclonable  0.000000000104832  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0497  CDS  NC_009665  564286  565335  +  1050  rod shape-determining protein MreB  YP_001364728  unclonable  0.0000000000391443  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0780  CDS  NC_009665  912541  913278  +  738  hypothetical protein  YP_001365000  unclonable  0.00000000000762567  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0781  CDS  NC_009665  913368  914675  -  1308  outer membrane channel protein  YP_001365001  unclonable  0.000000000184345  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0810  CDS  NC_009665  949221  949997  -  777  deoxyribonuclease I  YP_001365030  unclonable  0.0000000000171872  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0815  CDS  NC_009665  954693  959246  +  4554  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  YP_001365035  unclonable  0.000195166  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0820  CDS  NC_009665  970294  972387  +  2094  elongation factor G  YP_001365037  unclonable  0.0000000394199  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0847  CDS  NC_009665  1004689  1006230  -  1542  poly(A) polymerase  YP_001365064  unclonable  0.00000000196187  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1021  CDS  NC_009665  1212932  1215022  +  2091  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  YP_001365236  unclonable  0.000000037848  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1226  CDS  NC_009665  1467310  1468377  -  1068  putative adenylate/guanylate cyclase  YP_001365440  unclonable  0.000000000096707  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1227  CDS  NC_009665  1468500  1469171  -  672  DNA mismatch repair protein  YP_001365441  unclonable  0.00000000000990302  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1243  CDS  NC_009665  1483264  1485054  +  1791  GTP-binding protein LepA  YP_001365457  unclonable  0.00000000510522  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1256  CDS  NC_009665  1495473  1496219  +  747  tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  YP_001365470  unclonable  0.0000000000483662  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1257  CDS  NC_009665  1496254  1496607  +  354  50S ribosomal protein L19  YP_001365471  unclonable  0.00000000000504967  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1258  CDS  NC_009665  1496868  1497959  +  1092  phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase  YP_001365472  unclonable  0.000000000166728  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1267  CDS  NC_009665  1509581  1510030  -  450  cytochrome c class II  YP_001365481  unclonable  0.00000000000308815  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1276  CDS  NC_009665  1519463  1522747  +  3285  peptidase S41  YP_001365490  unclonable  0.00000396794  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1342  CDS  NC_009665  1613942  1614562  +  621  heat shock protein GrpE  YP_001365555  unclonable  0.0000000000163417  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1365  CDS  NC_009665  1641998  1643296  +  1299  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  YP_001365578  unclonable  0.000000000304613  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1455  CDS  NC_009665  1755797  1756822  +  1026  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase  YP_001365668  unclonable  0.0000000000680576  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1475  CDS  NC_009665  1784746  1785195  -  450  hypothetical protein  YP_001365688  unclonable  0.00000000000135685  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1589  CDS  NC_009665  1924820  1925314  -  495  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type  YP_001365799  unclonable  0.00000000000617175  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1590  CDS  NC_009665  1925455  1926834  +  1380  cysteinyl-tRNA synthetase  YP_001365800  unclonable  0.000000000784367  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1591  CDS  NC_009665  1927012  1927866  -  855  bifunctional 5,10-methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase/ 5,10-methylene-tetrahydrofolate cyclohydrolase  YP_001365801  unclonable  0.0000000000513684  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1595  CDS  NC_009665  1932346  1934703  +  2358  ATP-dependent protease La  YP_001365805  unclonable  0.000000103769  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1596  CDS  NC_009665  1934963  1935235  +  273  histone family protein DNA-binding protein  YP_001365806  unclonable  0.00000000000169185  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1620  CDS  NC_009665  1960992  1962203  +  1212  porin  YP_001365830  unclonable  0.000000000207941  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1623  CDS  NC_009665  1967810  1970617  +  2808  TonB-dependent receptor  YP_001365832  unclonable  0.000000685263  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1710  CDS  NC_009665  2058830  2059414  -  585  maf protein  YP_001365916  unclonable  0.0000000000115082  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1711  CDS  NC_009665  2059677  2060201  +  525  hypothetical protein  YP_001365917  unclonable  0.00000000000754481  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1716  CDS  NC_009665  2063400  2064146  +  747  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001365922  unclonable  0.0000000000469264  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1724  CDS  NC_009665  2071842  2074088  +  2247  TonB-dependent siderophore receptor  YP_001365930  unclonable  0.0000000700289  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1734  CDS  NC_009665  2086948  2087553  +  606  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001365940  unclonable  0.00000000000485061  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1735  CDS  NC_009665  2087654  2088325  -  672  ribonuclease T  YP_001365941  unclonable  0.00000000000754481  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1736  CDS  NC_009665  2088467  2089336  +  870  OmpA/MotB domain-containing protein  YP_001365942  unclonable  0.0000000000267219  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1737  CDS  NC_009665  2090138  2092321  +  2184  prolyl oligopeptidase  YP_001365943  unclonable  0.000000036721  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1743  CDS  NC_009665  2096416  2096952  +  537  peptidoglycan-associated lipoprotein  YP_001365949  unclonable  0.00000000000604821  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1744  CDS  NC_009665  2096977  2097726  +  750  Tol-Pal system YbgF  YP_001365950  unclonable  0.0000000000201827  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1771  CDS  NC_009665  2131694  2132410  +  717  fatty acid metabolism regulator  YP_001365977  unclonable  0.0000000000343571  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1775  CDS  NC_009665  2137585  2138169  -  585  superoxide dismutase  YP_001365981  unclonable  0.00000000000480024  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1776  CDS  NC_009665  2138394  2138726  +  333  glutaredoxin-like protein  YP_001365982  unclonable  0.000000000000936402  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1777  CDS  NC_009665  2138873  2140123  -  1251  uracil-xanthine permease  YP_001365983  unclonable  0.000000000163317  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1892  CDS  NC_009665  2257638  2258747  +  1110  ribonuclease D  YP_001366098  unclonable  0.000000000212189  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1893  CDS  NC_009665  2258874  2259131  -  258  cell division topological specificity factor MinE  YP_001366099  unclonable  0.00000000000138456  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1894  CDS  NC_009665  2259134  2259943  -  810  septum site-determining protein MinD  YP_001366100  unclonable  0.0000000000304586  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1895  CDS  NC_009665  2259971  2260636  -  666  septum formation inhibitor  YP_001366101  unclonable  0.0000000000124722  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1896  CDS  NC_009665  2260760  2261038  +  279  hypothetical protein  YP_001366102  unclonable  0.00000000000145586  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2019  CDS  NC_009665  2408581  2411028  -  2448  acyl-CoA dehydrogenase  YP_001366225  unclonable  0.00000019403  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2066  CDS  NC_009665  2477344  2479248  -  1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  YP_001366271  unclonable  0.00000000803773  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2138  CDS  NC_009665  2552701  2554035  +  1335  glutamate--putrescine ligase  YP_001366343  unclonable  0.000000000330057  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2139  CDS  NC_009665  2554193  2554753  -  561  elongation factor P  YP_001366344  unclonable  0.00000000000480024  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2140  CDS  NC_009665  2554799  2555977  -  1179  hypothetical protein  YP_001366345  unclonable  0.00000000016162  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2141  CDS  NC_009665  2556064  2556591  -  528  flavodoxin FldA  YP_001366346  unclonable  0.0000000000052046  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2216  CDS  NC_009665  2641575  2642081  -  507  leucine-responsive transcriptional regulator  YP_001366418  unclonable  0.0000000000025021  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2276  CDS  NC_009665  2712626  2713786  -  1161  tetratricopeptide repeat protein  YP_001366477  unclonable  0.000000000164995  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2277  CDS  NC_009665  2713788  2714063  -  276  hypothetical protein  YP_001366478  unclonable  0.000000000000908529  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2278  CDS  NC_009665  2714186  2714473  -  288  integration host factor subunit beta  YP_001366479  unclonable  0.000000000000837765  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2279  CDS  NC_009665  2714547  2716214  -  1668  30S ribosomal protein S1  YP_001366480  unclonable  0.00000000133831  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2280  CDS  NC_009665  2716317  2717009  -  693  cytidylate kinase  YP_001366481  unclonable  0.00000000000793863  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2294  CDS  NC_009665  2736958  2738805  +  1848  signal peptide peptidase SppA, 67K type  YP_001366495  unclonable  0.00000000944101  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2380  CDS  NC_009665  2837311  2838216  -  906  alpha-L-glutamate ligase  YP_001366581  unclonable  0.0000000000191941  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2461  CDS  NC_009665  2937408  2937878  -  471  17 kDa surface antigen  YP_001366661  unclonable  0.00000000000826442  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2462  CDS  NC_009665  2937933  2938646  +  714  leucyl/phenylalanyl-tRNA--protein transferase  YP_001366662  unclonable  0.0000000000298489  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2463  CDS  NC_009665  2938633  2939343  +  711  arginyl-tRNA-protein transferase  YP_001366663  unclonable  0.0000000000249099  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2502  CDS  NC_009665  2988823  2989254  +  432  ferric uptake regulator  YP_001366702  unclonable  0.00000000000739379  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2595  CDS  NC_009665  3093565  3094428  -  864  heat shock protein HtpX  YP_001366793  unclonable  0.000000000042859  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2613  CDS  NC_009665  3119620  3120219  -  600  recombination protein RecR  YP_001366811  unclonable  0.00000000000932221  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2614  CDS  NC_009665  3120232  3120597  -  366  hypothetical protein  YP_001366812  unclonable  0.00000000000245202  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2615  CDS  NC_009665  3120785  3124198  -  3414  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  YP_001366813  unclonable  0.00000443473  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2616  CDS  NC_009665  3124236  3124790  -  555  adenine phosphoribosyltransferase  YP_001366814  unclonable  0.00000000000754481  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2617  CDS  NC_009665  3125055  3125423  -  369  hypothetical protein  YP_001366815  unclonable  0.00000000000233192  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2680  CDS  NC_009665  3204708  3205778  -  1071  cell division protein ZipA  YP_001366878  unclonable  0.0000000000767687  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2714  CDS  NC_009665  3251219  3253702  -  2484  hypothetical protein  YP_001366911  unclonable  0.000000160154  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2760  CDS  NC_009665  3304849  3308280  -  3432  hypothetical protein  YP_001366957  unclonable  0.0000120005  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2799  CDS  NC_009665  3355507  3357966  +  2460  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_001366996  unclonable  0.000000118341  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2822  CDS  NC_009665  3382366  3383775  -  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_001367019  unclonable  0.00000000059188  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3026  CDS  NC_009665  3622669  3623682  -  1014  threonine aldolase  YP_001367220  unclonable  0.000000000104832  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3118  CDS  NC_009665  3714298  3715410  -  1113  permease YjgP/YjgQ family protein  YP_001367312  unclonable  0.000000000110304  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3119  CDS  NC_009665  3715654  3717162  +  1509  leucyl aminopeptidase  YP_001367313  unclonable  0.000000000969621  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3120  CDS  NC_009665  3717484  3718008  +  525  DNA polymerase III chi subunit HolC  YP_001367314  unclonable  0.00000000000377435  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3137  CDS  NC_009665  3739897  3741534  -  1638  CTP synthetase  YP_001367331  unclonable  0.00000000110473  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3144  CDS  NC_009665  3750918  3753125  -  2208  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  YP_001367338  unclonable  0.0000000386215  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3155  CDS  NC_009665  3764670  3765149  -  480  6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase  YP_001367349  unclonable  0.00000000000230822  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3231  CDS  NC_009665  3855398  3856255  -  858  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  YP_001367421  unclonable  0.00000000002039  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3288  CDS  NC_009665  3918830  3920803  -  1974  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_001367478  unclonable  0.00000000787677  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3299  CDS  NC_009665  3931481  3932572  -  1092  GTP-dependent nucleic acid-binding protein EngD  YP_001367489  unclonable  0.0000000000459769  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3314  CDS  NC_009665  3947624  3948274  +  651  nicotinate (nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase  YP_001367504  unclonable  0.00000000000642503  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3315  CDS  NC_009665  3948367  3948711  +  345  iojap-like protein  YP_001367505  unclonable  0.00000000000132969  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3316  CDS  NC_009665  3948711  3949181  +  471  rRNA large subunit methyltransferase  YP_001367506  unclonable  0.00000000000308815  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3321  CDS  NC_009665  3954248  3955423  +  1176  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  YP_001367511  unclonable  0.000000000239349  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>