127 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Spro_0377  CDS  NC_009832  424320  425852  +  1533  catalase  YP_001476613  unclonable  0.000000005607  normal  1  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0426  CDS  NC_009832  476550  477938  +  1389  hypothetical protein  YP_001476662  unclonable  0.00000000379244  hitchhiker  0.000000929429  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0430  CDS  NC_009832  482113  483054  +  942  tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase  YP_001476666  hitchhiker  0.00000593323  unclonable  0.0000000247595  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0431  CDS  NC_009832  483169  483477  +  309  RNA-binding protein Hfq  YP_001476667  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0432  CDS  NC_009832  483573  484853  +  1281  putative GTPase HflX  YP_001476668  hitchhiker  0.000150209  unclonable  0.0000000363353  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0433  CDS  NC_009832  484922  486181  +  1260  FtsH protease regulator HflK  YP_001476669  normal  0.0562883  unclonable  0.0000000348967  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0434  CDS  NC_009832  486185  487192  +  1008  FtsH protease regulator HflC  YP_001476670  normal  0.476328  unclonable  0.0000000374568  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0435  CDS  NC_009832  487253  487456  +  204  hypothetical protein  YP_001476671  normal  0.409321  unclonable  0.0000000247595  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0436  CDS  NC_009832  487554  488852  +  1299  adenylosuccinate synthetase  YP_001476672  normal  1  unclonable  0.0000000472279  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0437  CDS  NC_009832  489086  489511  +  426  transcriptional repressor NsrR  YP_001476673  normal  0.900839  unclonable  0.0000000282304  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0438  CDS  NC_009832  489571  492057  +  2487  exoribonuclease R  YP_001476674  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0472  CDS  NC_009832  522892  523863  -  972  octaprenyl diphosphate synthase  YP_001476708  unclonable  0.000000000437093  normal  1  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0473  CDS  NC_009832  524133  524444  +  312  50S ribosomal protein L21  YP_001476709  unclonable  0.0000000000637379  normal  1  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0474  CDS  NC_009832  524462  524719  +  258  50S ribosomal protein L27  YP_001476710  unclonable  0.0000000000537628  normal  1  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0563  CDS  NC_009832  624761  625855  +  1095  permease YjgP/YjgQ family protein  YP_001476797  unclonable  0.000000000298554  normal  1  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0728  CDS  NC_009832  806820  807641  +  822  Dna-J like membrane chaperone protein  YP_001476962  unclonable  0.000000000304706  normal  1  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0767  CDS  NC_009832  856514  857479  +  966  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_001477001  unclonable  0.000000000498071  normal  0.148797  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0792  CDS  NC_009832  882936  885167  +  2232  GDP/GTP pyrophosphokinase  YP_001477026  unclonable  0.0000000258134  normal  0.259843  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0841  CDS  NC_009832  937070  938131  +  1062  recombinase A  YP_001477075  normal  0.0280148  unclonable  0.0000000182986  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0842  CDS  NC_009832  938196  938702  +  507  recombination regulator RecX  YP_001477076  hitchhiker  0.0000969432  unclonable  0.0000000113027  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0843  CDS  NC_009832  938785  941463  +  2679  alanyl-tRNA synthetase  YP_001477077  hitchhiker  0.00000200247  unclonable  0.0000000309197  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0844  CDS  NC_009832  941752  941901  +  150  carbon storage regulator, CsrA  YP_001477078  unclonable  0.0000000000152138  unclonable  0.00000000991899  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0856  CDS  NC_009832  952334  952552  -  219  transcriptional activator Ogr/delta  YP_001477090  unclonable  0.0000000000414293  hitchhiker  0.000248698  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1090  CDS  NC_009832  1198288  1199238  -  951  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  YP_001477322  unclonable  0.000000000286734  hitchhiker  0.00000462839  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1118  CDS  NC_009832  1232932  1233135  -  204  hemolysin expression-modulating protein  YP_001477350  normal  0.0524587  unclonable  0.00000000811136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1119  CDS  NC_009832  1233191  1233559  -  369  hypothetical protein  YP_001477351  normal  0.0656157  unclonable  0.00000000942965  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1120  CDS  NC_009832  1233722  1234075  -  354  hypothetical protein  YP_001477352  normal  0.0357256  unclonable  0.00000000870294  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1121  CDS  NC_009832  1234525  1235238  +  714  ABC transporter-related protein  YP_001477353  normal  0.0122299  unclonable  0.0000000107473  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1122  CDS  NC_009832  1235235  1236092  +  858  ABC-3 protein  YP_001477354  hitchhiker  0.0000976582  unclonable  0.0000000110767  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1123  CDS  NC_009832  1236118  1236996  +  879  periplasmic solute binding protein  YP_001477355  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1124  CDS  NC_009832  1237110  1237250  -  141  ribosomal protein L36  YP_001477356  hitchhiker  0.000000000202037  unclonable  0.0000000081945  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1125  CDS  NC_009832  1237263  1237520  -  258  50S ribosomal protein L31 type B  YP_001477357  unclonable  0.0000000000113817  unclonable  0.00000000942965  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1126  CDS  NC_009832  1237701  1240847  -  3147  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  YP_001477358  hitchhiker  0.00000646715  unclonable  0.0000000481916  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1127  CDS  NC_009832  1240865  1242052  -  1188  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001477359  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1128  CDS  NC_009832  1242195  1242878  +  684  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  YP_001477360  normal  1  unclonable  0.0000000181094  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1129  CDS  NC_009832  1242889  1243242  +  354  DsrE family protein  YP_001477361  normal  1  unclonable  0.0000000155776  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1130  CDS  NC_009832  1243346  1246738  +  3393  potassium efflux protein KefA  YP_001477362  normal  1  unclonable  0.0000000811569  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1131  CDS  NC_009832  1246782  1246961  -  180  hypothetical protein  YP_001477363  normal  1  unclonable  0.0000000143743  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1132  CDS  NC_009832  1247068  1247604  -  537  primosomal replication priB and priC  YP_001477364  normal  1  unclonable  0.0000000181094  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1133  CDS  NC_009832  1247755  1248135  +  381  hypothetical protein  YP_001477365  normal  0.88473  unclonable  0.0000000168817  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1134  CDS  NC_009832  1248204  1248800  +  597  adenine phosphoribosyltransferase  YP_001477366  normal  0.397131  unclonable  0.0000000192445  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1135  CDS  NC_009832  1248884  1250836  +  1953  DNA polymerase III subunits gamma and tau  YP_001477367  normal  0.239786  unclonable  0.0000000363353  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1136  CDS  NC_009832  1250878  1251207  +  330  hypothetical protein  YP_001477368  normal  0.226792  unclonable  0.000000014815  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1137  CDS  NC_009832  1251207  1251812  +  606  recombination protein RecR  YP_001477369  normal  0.1524  unclonable  0.0000000160552  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1138  CDS  NC_009832  1251942  1253813  +  1872  heat shock protein 90  YP_001477370  normal  0.145495  unclonable  0.0000000382364  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1139  CDS  NC_009832  1254018  1254662  +  645  adenylate kinase  YP_001477371  normal  0.498003  unclonable  0.0000000226015  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1140  CDS  NC_009832  1254831  1255964  +  1134  transcriptional regulator, CdaR  YP_001477372  normal  1  unclonable  0.0000000252697  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1141  CDS  NC_009832  1256083  1257348  +  1266  gluconate transporter  YP_001477373  normal  0.881561  unclonable  0.0000000318677  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1142  CDS  NC_009832  1257358  1258506  +  1149  glycerate kinase  YP_001477374  normal  0.45984  unclonable  0.0000000352544  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1143  CDS  NC_009832  1258641  1259603  +  963  ferrochelatase  YP_001477375  normal  0.559652  unclonable  0.0000000305999  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1144  CDS  NC_009832  1259695  1260999  +  1305  inosine kinase  YP_001477376  normal  0.956957  unclonable  0.0000000331815  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1145  CDS  NC_009832  1261048  1262739  -  1692  putative cation:proton antiport protein  YP_001477377  normal  0.176983  unclonable  0.0000000402209  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1146  CDS  NC_009832  1262985  1264205  -  1221  major facilitator transporter  YP_001477378  normal  0.155488  unclonable  0.000000029988  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1147  CDS  NC_009832  1264387  1266042  +  1656  bifunctional UDP-sugar hydrolase/5'-nucleotidase periplasmic precursor  YP_001477379  normal  0.0136849  unclonable  0.0000000374568  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1238  CDS  NC_009832  1363003  1363290  -  288  LexA regulated protein  YP_001477470  unclonable  0.0000000000306733  normal  1  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1280  CDS  NC_009832  1407037  1407552  +  516  peptidoglycan-associated outer membrane lipoprotein  YP_001477512  unclonable  0.000000000137851  hitchhiker  0.0000238774  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1281  CDS  NC_009832  1407562  1408362  +  801  tol-pal system protein YbgF  YP_001477513  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1347  CDS  NC_009832  1477531  1478994  -  1464  amino acid permease-associated region  YP_001477579  unclonable  0.00000000251432  normal  1  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1754  CDS  NC_009832  1933209  1934285  -  1077  outer membrane protein A  YP_001477986  unclonable  0.000000000540093  decreased coverage  0.000000507763  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1810  CDS  NC_009832  1994822  1995619  -  798  nuclease  YP_001478041  unclonable  0.000000000251579  unclonable  0.0000000338586  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1811  CDS  NC_009832  1995785  1997245  -  1461  TrkH family potassium uptake protein  YP_001478042  hitchhiker  0.00000393317  unclonable  0.0000000582873  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1900  CDS  NC_009832  2085655  2086275  -  621  maf protein  YP_001478131  unclonable  0.0000000000961367  hitchhiker  0.0000430577  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1901  CDS  NC_009832  2086378  2086899  +  522  hypothetical protein  YP_001478132  unclonable  0.0000000000844005  hitchhiker  0.00000603572  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1903  CDS  NC_009832  2087095  2088129  +  1035  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_001478134  unclonable  0.000000000585193  hitchhiker  0.00000784442  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1904  CDS  NC_009832  2088136  2089089  +  954  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_001478135  unclonable  0.000000000498071  hitchhiker  0.00000736818  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1905  CDS  NC_009832  2089107  2090036  +  930  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_001478136  unclonable  0.000000000364946  hitchhiker  0.00000805799  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1906  CDS  NC_009832  2090048  2090782  +  735  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001478137  unclonable  0.000000000158661  hitchhiker  0.0000072353  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1907  CDS  NC_009832  2090937  2091173  +  237  acyl carrier protein  YP_001478138  unclonable  0.0000000000356515  hitchhiker  0.00000541151  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1908  CDS  NC_009832  2091255  2092496  +  1242  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II  YP_001478139  unclonable  0.00000000116019  hitchhiker  0.00000865676  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2185  CDS  NC_009832  2386370  2387383  +  1014  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_001478414  unclonable  0.000000000508337  unclonable  0.0000000228332  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2186  CDS  NC_009832  2387524  2387760  -  237  LPP repeat-containing protein  YP_001478415  unclonable  0.0000000000306733  hitchhiker  0.000000305308  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2206  CDS  NC_009832  2407753  2408664  +  912  LysR family transcriptional regulator  YP_001478435  unclonable  0.000000000518708  hitchhiker  0.000125224  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2207  CDS  NC_009832  2408686  2408925  +  240  hypothetical protein  YP_001478436  unclonable  0.0000000000511306  hitchhiker  0.0000930327  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2243  CDS  NC_009832  2443070  2444575  -  1506  L-arabinose isomerase  YP_001478472  normal  1  unclonable  0.0000000390243  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2244  CDS  NC_009832  2444607  2446292  -  1686  ribulokinase  YP_001478473  normal  1  unclonable  0.0000000378483  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2245  CDS  NC_009832  2446654  2447637  +  984  monosaccharide-transporting ATPase  YP_001478474  normal  1  unclonable  0.0000000240134  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2650  CDS  NC_009832  2917534  2918703  -  1170  tetratricopeptide repeat protein  YP_001478879  decreased coverage  0.0000000174406  unclonable  0.0000000582873  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2651  CDS  NC_009832  2918710  2919012  -  303  hypothetical protein  YP_001478880  hitchhiker  0.00000305401  unclonable  0.0000000305999  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2652  CDS  NC_009832  2919474  2920247  -  774  phosphatidylglycerophosphatase B  YP_001478881  hitchhiker  0.0000111048  unclonable  0.0000000410416  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2653  CDS  NC_009832  2920525  2921118  +  594  GTP cyclohydrolase II  YP_001478882  hitchhiker  0.000762781  unclonable  0.000000032518  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2654  CDS  NC_009832  2921165  2923837  -  2673  aconitate hydratase  YP_001478883  normal  0.0109909  unclonable  0.0000000764154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2655  CDS  NC_009832  2924101  2924742  +  642  hypothetical protein  YP_001478884  hitchhiker  0.00248341  unclonable  0.0000000268429  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2656  CDS  NC_009832  2924870  2925844  -  975  transcriptional regulator CysB  YP_001478885  hitchhiker  0.00546956  unclonable  0.0000000382364  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2657  CDS  NC_009832  2926204  2928801  -  2598  DNA topoisomerase I  YP_001478886  hitchhiker  0.000104499  unclonable  0.0000000870588  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2658  CDS  NC_009832  2929228  2929479  +  252  hypothetical protein  YP_001478887  hitchhiker  0.00672751  unclonable  0.0000000202391  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2659  CDS  NC_009832  2929525  2930571  -  1047  putative periplasmic protease  YP_001478888  normal  0.0477819  unclonable  0.0000000288065  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2660  CDS  NC_009832  2930863  2931693  +  831  short chain dehydrogenase  YP_001478889  normal  0.219801  unclonable  0.0000000271181  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2661  CDS  NC_009832  2931707  2932297  +  591  cob(I)alamin adenosyltransferase  YP_001478890  normal  0.350025  unclonable  0.0000000240134  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2752  CDS  NC_009832  3033444  3033692  +  249  protein of unknown function DUF883, ElaB  YP_001478981  unclonable  0.0000000000718786  hitchhiker  0.0000953283  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2753  CDS  NC_009832  3033768  3034424  -  657  hypothetical protein  YP_001478982  unclonable  0.000000000267242  hitchhiker  0.000114559  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2754  CDS  NC_009832  3034508  3035548  -  1041  lytic murein transglycosylase  YP_001478983  unclonable  0.00000000102797  hitchhiker  0.000133589  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2755  CDS  NC_009832  3035612  3035884  -  273  hypothetical protein  YP_001478984  unclonable  0.0000000000827128  hitchhiker  0.0000961265  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2756  CDS  NC_009832  3036021  3036722  +  702  septum formation inhibitor  YP_001478985  unclonable  0.00000000039542  hitchhiker  0.00154059  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2757  CDS  NC_009832  3036748  3037560  +  813  cell division inhibitor MinD  YP_001478986  unclonable  0.000000000621875  hitchhiker  0.001596  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2758  CDS  NC_009832  3037564  3037833  +  270  cell division topological specificity factor MinE  YP_001478987  unclonable  0.0000000000733452  hitchhiker  0.00128029  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2759  CDS  NC_009832  3038070  3039242  -  1173  ribonuclease D  YP_001478988  unclonable  0.00000000108089  hitchhiker  0.00170183  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2926  CDS  NC_009832  3222226  3224373  -  2148  TonB-dependent receptor  YP_001479155  unclonable  0.0000000198793  normal  1  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_3309  CDS  NC_009832  3664217  3665152  -  936  LysR family transcriptional regulator  YP_001479535  unclonable  0.000000000301615  normal  1  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_3318  CDS  NC_009832  3675550  3676107  -  558  NUDIX hydrolase  YP_001479544  unclonable  0.000000000044442  normal  1  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_3445  CDS  NC_009832  3815627  3816625  -  999  cell division protein ZipA  YP_001479671  unclonable  0.000000000760929  decreased coverage  0.0000314053  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>