117 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Spea_0001  CDS  NC_009901  223  1608  +  1386  chromosomal replication initiation protein  YP_001499865  unclonable  0.0000000102323  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0002  CDS  NC_009901  1628  2728  +  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001499866  unclonable  0.00000000267756  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0163  CDS  NC_009901  178274  178951  +  678  DNA-binding transcriptional repressor FabR  YP_001500027  unclonable  0.000000000509997  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0164  CDS  NC_009901  179017  180114  -  1098  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  YP_001500028  unclonable  0.00000000438982  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0165  CDS  NC_009901  180312  181118  +  807  glutamate racemase  YP_001500029  unclonable  0.00000000122262  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0166  CDS  NC_009901  181132  181587  -  456  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_001500030  unclonable  0.000000000221523  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0170  CDS  NC_009901  192087  193271  +  1185  elongation factor Tu  YP_001500034  unclonable  0.00000000210333  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0194  CDS  NC_009901  215545  215913  +  369  50S ribosomal protein L14  YP_001500058  unclonable  0.000000000168914  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0195  CDS  NC_009901  215925  216239  +  315  50S ribosomal protein L24  YP_001500059  unclonable  0.000000000100309  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0196  CDS  NC_009901  216253  216792  +  540  50S ribosomal protein L5  YP_001500060  unclonable  0.000000000388699  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0204  CDS  NC_009901  219584  220924  +  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_001500068  unclonable  0.00000000662692  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0205    NC_009901  220948  221061  +  114      unclonable  0.0000000000141685  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0206  CDS  NC_009901  221174  221530  +  357  30S ribosomal protein S13  YP_001500069  unclonable  0.0000000000458575  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0238  CDS  NC_009901  269451  269966  +  516  shikimate kinase I  YP_001500101  unclonable  0.000000000334252  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0239  CDS  NC_009901  269970  271049  +  1080  3-dehydroquinate synthase  YP_001500102  unclonable  0.00000000355339  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0697  CDS  NC_009901  857471  858349  -  879  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  YP_001500559  unclonable  0.00000000088618  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0731  CDS  NC_009901  906550  907539  -  990  fructose-1,6-bisphosphatase  YP_001500593  unclonable  0.00000000293174  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0865  CDS  NC_009901  1063370  1065694  -  2325  organic solvent tolerance protein  YP_001500727  unclonable  0.000000634249  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0911  CDS  NC_009901  1116601  1117716  +  1116  permease YjgP/YjgQ family protein  YP_001500773  unclonable  0.00000000466343  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0958  CDS  NC_009901  1169239  1171089  -  1851  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  YP_001500820  unclonable  0.000000123062  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0969  CDS  NC_009901  1179521  1180432  +  912  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_001500831  unclonable  0.0000000011509  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0970  CDS  NC_009901  1180629  1180895  -  267  major outer membrane lipoprotein, putative  YP_001500832  unclonable  0.0000000000394431  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1048  CDS  NC_009901  1271098  1272471  +  1374  signal recognition particle protein  YP_001500910  unclonable  0.0000000196553  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1142  CDS  NC_009901  1378189  1379205  +  1017  threonine aldolase  YP_001501004  unclonable  0.000000000636367  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1156  CDS  NC_009901  1399553  1400665  -  1113  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001501018  unclonable  0.00000000311518  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1182  CDS  NC_009901  1435005  1437212  +  2208  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  YP_001501044  unclonable  0.00000045957  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1215  CDS  NC_009901  1477930  1481208  +  3279  peptidase S41  YP_001501077  unclonable  0.0000736755  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1444  CDS  NC_009901  1758685  1759110  -  426  hypothetical protein  YP_001501304  unclonable  0.0000000000522592  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1456  CDS  NC_009901  1772396  1773805  +  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_001501316  unclonable  0.0000000100274  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1508  CDS  NC_009901  1827540  1830386  +  2847  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  YP_001501368  unclonable  0.00000466847  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1533  CDS  NC_009901  1862800  1865223  +  2424  Ig domain-containing protein  YP_001501393  unclonable  0.000000967383  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1651  CDS  NC_009901  1996502  1997530  +  1029  putative periplasmic protease  YP_001501511  unclonable  0.00000000359076  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1746  CDS  NC_009901  2123470  2124144  -  675  two component transcriptional regulator  YP_001501604  unclonable  0.000000000480188  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1904  CDS  NC_009901  2314764  2315954  +  1191  lytic murein transglycosylase  YP_001501761  unclonable  0.00000000413322  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2034  CDS  NC_009901  2461238  2462638  -  1401  asparaginyl-tRNA synthetase  YP_001501889  unclonable  0.0000000113137  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2072  CDS  NC_009901  2512366  2513058  +  693  cytidylate kinase  YP_001501927  unclonable  0.000000000270816  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2073  CDS  NC_009901  2513156  2514823  +  1668  30S ribosomal protein S1  YP_001501928  unclonable  0.0000000721785  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2074  CDS  NC_009901  2514896  2515183  +  288  integration host factor subunit beta  YP_001501929  unclonable  0.0000000000549511  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2075  CDS  NC_009901  2515294  2515614  +  321  hypothetical protein  YP_001501930  unclonable  0.0000000000613824  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2237  CDS  NC_009901  2710313  2712085  -  1773  hypothetical protein  YP_001502092  unclonable  0.0000000589696  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2258  CDS  NC_009901  2737834  2738784  +  951  thioredoxin reductase  YP_001502113  unclonable  0.000000000669147  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2259  CDS  NC_009901  2738883  2739491  -  609  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_001502114  unclonable  0.000000000198313  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2260  CDS  NC_009901  2739653  2740012  -  360  50S ribosomal protein L20  YP_001502115  unclonable  0.0000000000555159  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2261  CDS  NC_009901  2740031  2740225  -  195  50S ribosomal protein L35  YP_001502116  unclonable  0.0000000000246297  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2262  CDS  NC_009901  2740313  2740789  -  477  translation initiation factor IF-3  YP_001502117  unclonable  0.0000000000757605  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2400  CDS  NC_009901  2926979  2928856  -  1878  sodium/hydrogen exchanger  YP_001502255  unclonable  0.000000130765  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2401  CDS  NC_009901  2930138  2931472  -  1335  hypothetical protein  YP_001502256  unclonable  0.00000000696992  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2407  CDS  NC_009901  2935508  2937067  +  1560  lytic transglycosylase catalytic  YP_001502262  unclonable  0.0000000206679  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2438  CDS  NC_009901  2982409  2983128  -  720  fatty acid metabolism regulator  YP_001502293  unclonable  0.000000000509997  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2447  CDS  NC_009901  2989575  2990684  -  1110  ribonuclease D  YP_001502302  unclonable  0.00000000149434  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2494  CDS  NC_009901  3039750  3040496  -  747  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001502349  unclonable  0.00000000082608  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2495  CDS  NC_009901  3040506  3041432  -  927  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_001502350  unclonable  0.00000000155676  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2496  CDS  NC_009901  3041510  3042469  -  960  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_001502351  unclonable  0.0000000027329  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2497  CDS  NC_009901  3042480  3043508  -  1029  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_001502352  unclonable  0.00000000254521  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2498  CDS  NC_009901  3043524  3043694  -  171  50S ribosomal protein L32  YP_001502353  unclonable  0.0000000000463288  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2499  CDS  NC_009901  3043712  3044236  -  525  hypothetical protein  YP_001502354  unclonable  0.000000000206501  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2562  CDS  NC_009901  3122035  3122760  -  726  Tol-Pal system YbgF  YP_001502417  unclonable  0.000000000429972  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2574  CDS  NC_009901  3133262  3133867  -  606  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001502429  unclonable  0.000000000194342  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2678  CDS  NC_009901  3263202  3263474  -  273  histone family protein DNA-binding protein  YP_001502533  unclonable  0.0000000000589622  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2679  CDS  NC_009901  3263731  3266088  -  2358  ATP-dependent protease La  YP_001502534  unclonable  0.000000848642  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2680  CDS  NC_009901  3266237  3267514  -  1278  ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpX  YP_001502535  unclonable  0.00000000314721  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2879  CDS  NC_009901  3517781  3518971  -  1191  1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase  YP_001502732  unclonable  0.00000000344677  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2880  CDS  NC_009901  3518976  3519833  -  858  phosphatidate cytidylyltransferase  YP_001502733  unclonable  0.000000000703616  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2881  CDS  NC_009901  3519854  3520654  -  801  undecaprenyl diphosphate synthase  YP_001502734  unclonable  0.000000000593074  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2882  CDS  NC_009901  3520906  3521463  -  558  ribosome recycling factor  YP_001502735  unclonable  0.000000000396733  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2883  CDS  NC_009901  3521496  3522224  -  729  uridylate kinase  YP_001502736  unclonable  0.000000000941193  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2884  CDS  NC_009901  3522367  3523278  -  912  elongation factor Ts  YP_001502737  unclonable  0.0000000033426  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2992  CDS  NC_009901  3664697  3665299  -  603  heat shock protein GrpE  YP_001502844  unclonable  0.000000000163848  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3049  CDS  NC_009901  3740090  3740953  -  864  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  YP_001502901  unclonable  0.00000000184608  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3055  CDS  NC_009901  3746741  3748855  -  2115  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  YP_001502907  unclonable  0.000000445882  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3067  CDS  NC_009901  3762018  3763970  -  1953  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_001502919  unclonable  0.0000000774852  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3127  CDS  NC_009901  3830048  3831298  -  1251  glutamyl-tRNA reductase  YP_001502978  unclonable  0.00000000225636  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3147  CDS  NC_009901  3852723  3853052  +  330  iojap-like protein  YP_001502998  unclonable  0.0000000000880611  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3148  CDS  NC_009901  3853052  3853522  +  471  rRNA large subunit methyltransferase  YP_001502999  unclonable  0.000000000132782  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3149  CDS  NC_009901  3853607  3855463  +  1857  peptidoglycan glycosyltransferase  YP_001503000  unclonable  0.0000000790878  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3150  CDS  NC_009901  3855460  3856566  +  1107  rod shape-determining protein RodA  YP_001503001  unclonable  0.00000000182729  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3151  CDS  NC_009901  3856668  3857666  +  999  lytic murein transglycosylase B  YP_001503002  unclonable  0.00000000109427  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3152  CDS  NC_009901  3857653  3858435  +  783  rare lipoprotein A  YP_001503003  unclonable  0.000000000593074  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3153  CDS  NC_009901  3858541  3859713  +  1173  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  YP_001503004  unclonable  0.00000000254521  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3509  CDS  NC_009901  4289106  4289741  +  636  cAMP-regulatory protein  YP_001503357  unclonable  0.000000000247338  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3536  CDS  NC_009901  4319238  4319879  -  642  ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulfur subunit  YP_001503384  unclonable  0.000000000321073  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3563  CDS  NC_009901  4350531  4351835  +  1305  outer membrane channel protein  YP_001503411  unclonable  0.0000000135514  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3581  CDS  NC_009901  4372138  4373544  -  1407  replicative DNA helicase  YP_001503429  unclonable  0.000000011661  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3582  CDS  NC_009901  4373668  4375899  +  2232  hypothetical protein  YP_001503430  unclonable  0.000000436948  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3591  CDS  NC_009901  4384665  4385288  -  624  Sel1 domain-containing protein  YP_001503439  unclonable  0.000000000355002  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3592  CDS  NC_009901  4385473  4386768  -  1296  adenylosuccinate synthetase  YP_001503440  unclonable  0.00000000897035  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3593  CDS  NC_009901  4386835  4387023  -  189  hypothetical protein  YP_001503441  unclonable  0.0000000000773085  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3594  CDS  NC_009901  4387288  4387680  -  393  30S ribosomal protein S9  YP_001503442  unclonable  0.000000000165532  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3595  CDS  NC_009901  4387695  4388126  -  432  50S ribosomal protein L13  YP_001503443  unclonable  0.000000000249881  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3721  CDS  NC_009901  4528026  4528892  -  867  dehydratase  YP_001503567  unclonable  0.00000000101981  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3761  CDS  NC_009901  4574913  4575449  -  537  MSHA pilin protein MshA  YP_001503607  unclonable  0.000000000202365  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3762  CDS  NC_009901  4575587  4576195  -  609  methylation site containing protein  YP_001503608  unclonable  0.000000000262752  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3807  CDS  NC_009901  4629096  4630283  -  1188  cell division protein FtsZ  YP_001503652  unclonable  0.00000000351722  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3852  CDS  NC_009901  4680141  4683110  -  2970  hypothetical protein  YP_001503697  unclonable  0.0000234883  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3882  CDS  NC_009901  4727800  4729455  +  1656  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_001503727  unclonable  0.000000026311  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3932  CDS  NC_009901  4780672  4781154  -  483  protein of unknown function Spy-related  YP_001503777  unclonable  0.000000000105476  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_4061  CDS  NC_009901  4937252  4938403  -  1152  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001503906  unclonable  0.00000000265031  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_4223  CDS  NC_009901  5135594  5137015  -  1422  cytochrome c oxidase cbb3 type accessory protein FixG  YP_001504068  unclonable  0.0000000139673  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_4258  CDS  NC_009901  5173629  5173883  -  255  hypothetical protein  YP_001504103  unclonable  0.0000000000431674  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_4259  CDS  NC_009901  5173850  5174212  -  363  ribonuclease P  YP_001504104  unclonable  0.0000000000742435  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>