33 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Bphyt_1263  CDS  NC_010681  1419011  1420420  +  1410  hypothetical protein  YP_001894902  unclonable  0.0000000260346  normal  0.656156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_1381  CDS  NC_010681  1539958  1541073  +  1116  protein of unknown function UPF0118  YP_001895020  unclonable  0.0000000171014  decreased coverage  0.00070323  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3354  CDS  NC_010681  3772573  3773001  -  429  50S ribosomal protein L13  YP_001896969  unclonable  0.000000000156516  hitchhiker  0.0000450928  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3373  CDS  NC_010681  3792381  3803288  -  10908  YadA domain protein  YP_001896988  normal  1  unclonable  0.0000000000846047  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3485  CDS  NC_010681  3929792  3930568  -  777  enoyl-CoA hydratase  YP_001897099  unclonable  0.00000000302611  hitchhiker  0.000530427  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3643  CDS  NC_010681  4073555  4074175  -  621  50S ribosomal protein L4  YP_001897257  unclonable  0.00000000153267  hitchhiker  0.0000000000211598  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3644  CDS  NC_010681  4074175  4074834  -  660  50S ribosomal protein L3  YP_001897258  unclonable  0.00000000185363  hitchhiker  0.0000000000200291  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3645  CDS  NC_010681  4075036  4075347  -  312  30S ribosomal protein S10  YP_001897259  unclonable  0.000000000475308  hitchhiker  0.0000000000162231  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3646  CDS  NC_010681  4075478  4076668  -  1191  elongation factor Tu  YP_001897260  unclonable  0.000000015318  hitchhiker  0.0000000000310582  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3682  CDS  NC_010681  4128559  4129803  +  1245  putative lipoprotein  YP_001897296  hitchhiker  0.0000177686  unclonable  0.0000000000000176343  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3683  CDS  NC_010681  4129978  4130802  +  825  OmpW family protein  YP_001897297  hitchhiker  0.0000000286443  unclonable  0.0000000000000106929  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3684  CDS  NC_010681  4131074  4131709  -  636  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  YP_001897298  hitchhiker  0.00000829033  unclonable  0.00000000000000893025  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3956  CDS  NC_010681  4432103  4432528  +  426  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_001897567  unclonable  0.000000000520139  normal  1  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_4581  CDS  NC_010676  659938  660942  -  1005  Monosaccharide-transporting ATPase  YP_001888324  unclonable  0.0000000000318793  normal  1  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_4764  CDS  NC_010676  872222  872503  +  282  hypothetical protein  YP_001888499  unclonable  0.000000000000527831  hitchhiker  0.00260085  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_5799  CDS  NC_010676  2003146  2003499  -  354  transcriptional regulator, IclR family  YP_001889506  unclonable  0.000000000000795451  normal  0.486664  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_6446  CDS  NC_010676  2717481  2718260  -  780  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001890124  hitchhiker  0.00522333  unclonable  4.08177e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_6447  CDS  NC_010676  2718257  2719117  -  861  amidohydrolase 2  YP_001890125  hitchhiker  0.000000000469414  unclonable  4.69579e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_6549  CDS  NC_010676  2840438  2840794  -  357  hypothetical protein  YP_001890222  unclonable  0.000000000000942979  hitchhiker  0.00763492  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_6584  CDS  NC_010676  2882060  2884057  +  1998  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  YP_001890254  unclonable  0.0000000125379  normal  0.0159529  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_6585  CDS  NC_010676  2884146  2884526  -  381  hypothetical protein  YP_001890255  unclonable  0.00000000000266861  normal  0.0338077  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_6586  CDS  NC_010676  2884978  2885454  +  477  PRC-barrel domain protein  YP_001890256  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_6587  CDS  NC_010676  2885800  2886141  -  342  hypothetical protein  YP_001890257  unclonable  0.00000000000203689  normal  0.0217511  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_7293  CDS  NC_010679  36932  37393  -  462  hypothetical protein  YP_001893507  unclonable  0.0000000200713  hitchhiker  0.000172886  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_7294  CDS  NC_010679  37402  37695  -  294  hypothetical protein  YP_001893508  unclonable  0.00000000759951  hitchhiker  0.000157514  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_7295  CDS  NC_010679  37705  38094  -  390  hypothetical protein  YP_001893509  unclonable  0.0000000112304  hitchhiker  0.000159012  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_7296  CDS  NC_010679  38102  38296  -  195  hypothetical protein  YP_001893510  unclonable  0.00000000484371  hitchhiker  0.000151743  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_7297  CDS  NC_010679  38296  38571  -  276  hypothetical protein  YP_001893511  unclonable  0.00000000730056  unclonable  0.0000118373  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_7298  CDS  NC_010679  38866  40512  +  1647  DNA restriction methylase  YP_001893512  unclonable  0.000000885633  unclonable  0.0000166631  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_R0027  tRNA  NC_010681  2815388  2815463  -  76  tRNA-Glu    unclonable  0.00000000012811  hitchhiker  0.00448856  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_R0028  tRNA  NC_010681  2815619  2815694  -  76  tRNA-Ala    unclonable  0.000000000102756  hitchhiker  0.00235863  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_R0040  tRNA  NC_010681  3315547  3315622  +  76  tRNA-Asn    unclonable  0.000000000158111  normal  1  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_R0041  tRNA  NC_010681  3315700  3315775  +  76  tRNA-Asn    unclonable  0.000000000136051  normal  1  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>