104 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Tpet_0019  CDS  NC_009486  18071  20107  +  2037  flagellar biosynthesis protein FlhA  YP_001243624  unclonable  0.0000000147503  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0020  CDS  NC_009486  20104  21240  +  1137  flagellar biosynthesis regulator FlhF  YP_001243625  unclonable  0.000000000398912  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0030  CDS  NC_009486  26104  26379  -  276  stage V sporulation protein S  YP_001243635  unclonable  0.0000000000573648  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0081  CDS  NC_009486  73528  73926  -  399  cytidine deaminase  YP_001243686  unclonable  0.0000000000436242  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0082  CDS  NC_009486  73865  75232  -  1368  hypothetical protein  YP_001243687  unclonable  0.00000000179952  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0092  CDS  NC_009486  84549  85799  -  1251  cell division protein FtsA  YP_001243697  unclonable  0.00000000148304  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0093  CDS  NC_009486  85801  86355  -  555  hypothetical protein  YP_001243698  unclonable  0.000000000127724  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0126  CDS  NC_009486  123177  124415  +  1239  Beta-ketoacyl synthase-like protein  YP_001243731  unclonable  0.0000000017098  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0311  CDS  NC_009486  293110  293985  -  876  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001243916  unclonable  0.000000000202771  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0312  CDS  NC_009486  294103  294450  +  348  hypothetical protein  YP_001243917  unclonable  0.000000000033527  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0352  CDS  NC_009486  336907  337101  -  195  hypothetical protein  YP_001243957  unclonable  0.0000000000312434  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0353  CDS  NC_009486  337105  337773  -  669  sugar fermentation stimulation protein  YP_001243958  unclonable  0.000000000202771  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0354  CDS  NC_009486  337770  338249  -  480  hypothetical protein  YP_001243959  unclonable  0.000000000126383  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0359  CDS  NC_009486  342768  343823  -  1056  magnesium and cobalt transport protein CorA  YP_001243964  unclonable  0.00000000101398  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0360  CDS  NC_009486  343905  344453  -  549  DNA protection protein DPS  YP_001243965  unclonable  0.00000000011303  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0416  CDS  NC_009486  402979  403257  -  279  co-chaperonin GroES  YP_001244016  unclonable  0.000000000021476  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0417  CDS  NC_009486  403945  404982  +  1038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001244017  unclonable  0.00000000046996  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0442  CDS  NC_009486  428917  430122  +  1206  tyrosyl-tRNA synthetase  YP_001244042  unclonable  0.00000000185644  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0443  CDS  NC_009486  430205  431407  +  1203  S-layer domain-containing protein  YP_001244043  unclonable  0.00000000189503  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0444  CDS  NC_009486  431442  432695  +  1254  hypothetical protein  YP_001244044  unclonable  0.00000000225914  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0445  CDS  NC_009486  432889  433413  +  525  isochorismatase hydrolase  YP_001244045  unclonable  0.000000000176183  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0470  CDS  NC_009486  461645  461797  +  153  hypothetical protein  YP_001244070  unclonable  0.0000000000232774  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0471  CDS  NC_009486  461888  462550  +  663  FAD-dependent thymidylate synthase  YP_001244071  unclonable  0.000000000151559  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0472  CDS  NC_009486  462547  464682  +  2136  surface antigen (D15)  YP_001244072  unclonable  0.0000000471704  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0528  CDS  NC_009486  522059  523279  -  1221  glycosyl transferase, group 1  YP_001244126  unclonable  0.00000000105595  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0529  CDS  NC_009486  524293  525309  +  1017  glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  YP_001244127  unclonable  0.00000000040337  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0530  CDS  NC_009486  525416  526747  +  1332  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_001244128  unclonable  0.0000000017098  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0545  CDS  NC_009486  541722  544748  +  3027  acriflavin resistance protein  YP_001244142  unclonable  0.000000592729  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0600  CDS  NC_009486  595779  597941  -  2163  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_001244197  unclonable  0.0000000362838  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0636  CDS  NC_009486  639529  640776  -  1248  extracellular solute-binding protein  YP_001244232  unclonable  0.00000000210277  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0667  CDS  NC_009486  676588  677598  -  1011  metal dependent phosphohydrolase  YP_001244263  unclonable  0.000000000407652  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0668  CDS  NC_009486  677585  677977  -  393  hypothetical protein  YP_001244264  unclonable  0.0000000000406528  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0669  CDS  NC_009486  678002  678262  -  261  50S ribosomal protein L28  YP_001244265  unclonable  0.0000000000239992  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0670  CDS  NC_009486  678265  678717  -  453  SsrA-binding protein  YP_001244266  unclonable  0.0000000000585556  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0731  CDS  NC_009486  736171  736959  +  789  hypothetical protein  YP_001244327  unclonable  0.000000000207096  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0732  CDS  NC_009486  737450  737713  +  264  stage V sporulation protein S  YP_001244328  unclonable  0.0000000000194114  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0733  CDS  NC_009486  737768  738544  -  777  ABC transporter related  YP_001244329  unclonable  0.000000000120086  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0734  CDS  NC_009486  738550  739584  -  1035  transport system permease protein  YP_001244330  unclonable  0.000000000599785  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0780  CDS  NC_009486  792338  793321  +  984  putative DNA-binding/iron metalloprotein/AP endonuclease  YP_001244375  unclonable  0.000000000705836  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0781  CDS  NC_009486  793318  793545  -  228  FmdB family regulatory protein  YP_001244376  unclonable  0.0000000000492398  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0835  CDS  NC_009486  847529  847990  +  462  hypothetical protein  YP_001244430  unclonable  0.00000000010963  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0888  CDS  NC_009486  906425  907924  -  1500  hypothetical protein  YP_001244482  unclonable  0.00000000556545  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0889  CDS  NC_009486  907970  909043  -  1074  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001244483  unclonable  0.00000000133582  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0923  CDS  NC_009486  946520  946720  -  201  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  YP_001244517  unclonable  0.0000000000200134  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0935  CDS  NC_009486  956902  958194  +  1293  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  YP_001244529  unclonable  0.00000000136513  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0939  CDS  NC_009486  960272  960757  +  486  regulatory protein RecX  YP_001244533  unclonable  0.0000000000896093  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0940  CDS  NC_009486  960757  962280  +  1524  phosphodiesterase  YP_001244534  unclonable  0.00000000513456  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0965  CDS  NC_009486  996114  997781  -  1668  alpha amylase, catalytic region  YP_001244559  unclonable  0.00000000585421  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0966  CDS  NC_009486  998043  999221  +  1179  extracellular solute-binding protein  YP_001244560  unclonable  0.0000000011003  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0978  CDS  NC_009486  1010614  1012290  -  1677  metal dependent phosphohydrolase  YP_001244572  unclonable  0.00000000628602  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0979  CDS  NC_009486  1012437  1012637  +  201  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  YP_001244573  unclonable  0.0000000000188175  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0980  CDS  NC_009486  1012759  1012974  +  216  50S ribosomal protein L31  YP_001244574  unclonable  0.0000000000192079  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0981  CDS  NC_009486  1013008  1013382  +  375  RNA-binding S1 domain-containing protein  YP_001244575  unclonable  0.0000000000445297  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1001  CDS  NC_009486  1032693  1034201  -  1509  lysyl-tRNA synthetase  YP_001244595  unclonable  0.00000000393607  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1002  CDS  NC_009486  1034215  1034685  -  471  transcription elongation factor GreA  YP_001244596  unclonable  0.0000000000716767  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1003  CDS  NC_009486  1034682  1035152  -  471  transcriptional regulator NrdR  YP_001244597  unclonable  0.0000000000818068  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1023  CDS  NC_009486  1051813  1052601  +  789  3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase  YP_001244617  unclonable  0.00000000058692  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1062  CDS  NC_009486  1090211  1091416  +  1206  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  YP_001244655  unclonable  0.00000000191517  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1066  CDS  NC_009486  1094028  1094480  -  453  hypothetical protein  YP_001244659  unclonable  0.0000000000674656  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1133  CDS  NC_009486  1156172  1157359  +  1188  S-adenosylmethionine synthetase  YP_001244723  unclonable  0.00000000111198  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1134  CDS  NC_009486  1157375  1157665  +  291  30S ribosomal protein S20  YP_001244724  unclonable  0.0000000000567629  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1203  CDS  NC_009486  1223249  1223701  -  453  translation initiation factor IF-3  YP_001244793  unclonable  0.0000000000877866  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1204  CDS  NC_009486  1224551  1225096  -  546  diguanylate cyclase  YP_001244794  unclonable  0.000000000220024  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1221  CDS  NC_009486  1242457  1242804  -  348  50S ribosomal protein L19  YP_001244811  unclonable  0.000000000033527  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1222  CDS  NC_009486  1242807  1243385  -  579  hypothetical protein  YP_001244812  unclonable  0.0000000000716767  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1223  CDS  NC_009486  1243379  1244116  -  738  tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  YP_001244813  unclonable  0.000000000134346  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1276  CDS  NC_009486  1288382  1289455  +  1074  amidohydrolase  YP_001244866  unclonable  0.000000000371736  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1286  CDS  NC_009486  1297512  1297931  +  420  hypothetical protein  YP_001244876  unclonable  0.0000000000641051  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1287  CDS  NC_009486  1298053  1298436  +  384  30S ribosomal protein S12  YP_001244877  unclonable  0.0000000000777743  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1298  CDS  NC_009486  1305871  1306500  +  630  ribosomal protein S3  YP_001244888  unclonable  0.000000000309982  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1299  CDS  NC_009486  1306515  1306943  +  429  50S ribosomal protein L16  YP_001244889  unclonable  0.000000000108479  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1300  CDS  NC_009486  1306940  1307140  +  201  50S ribosomal protein L29  YP_001244890  unclonable  0.000000000050767  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1301  CDS  NC_009486  1307145  1307468  +  324  30S ribosomal protein S17  YP_001244891  unclonable  0.0000000000654359  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1302  CDS  NC_009486  1307465  1307833  +  369  50S ribosomal protein L14  YP_001244892  unclonable  0.0000000000716767  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1313  CDS  NC_009486  1312783  1313445  +  663  adenylate kinase  YP_001244903  unclonable  0.000000000294373  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1314  CDS  NC_009486  1313442  1314194  +  753  methionine aminopeptidase, type I  YP_001244904  unclonable  0.000000000364172  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1315  CDS  NC_009486  1314196  1314420  +  225  translation initiation factor IF-1  YP_001244905  unclonable  0.0000000000270736  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1316  CDS  NC_009486  1314438  1314554  +  117  50S ribosomal protein L36  YP_001244906  unclonable  0.0000000000142066  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1317  CDS  NC_009486  1314570  1314947  +  378  30S ribosomal protein S13  YP_001244907  unclonable  0.0000000000394298  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1318  CDS  NC_009486  1314966  1315358  +  393  30S ribosomal protein S11  YP_001244908  unclonable  0.0000000000513052  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1343  CDS  NC_009486  1332251  1333474  +  1224  RpoD family RNA polymerase sigma factor  YP_001244933  unclonable  0.00000000061259  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1355  CDS  NC_009486  1346161  1346916  +  756  hypothetical protein  YP_001244945  unclonable  0.000000000306727  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1356  CDS  NC_009486  1346921  1348507  +  1587  hypothetical protein  YP_001244946  unclonable  0.00000000931698  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1384  CDS  NC_009486  1377174  1377731  +  558  ribosome recycling factor  YP_001244974  unclonable  0.0000000000556086  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1500  CDS  NC_009486  1488685  1489206  +  522  hypothetical protein  YP_001245084  unclonable  0.000000000125057  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1534  CDS  NC_009486  1522251  1523543  +  1293  extracellular solute-binding protein  YP_001245118  unclonable  0.00000000145285  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1611  CDS  NC_009486  1611532  1612788  -  1257  hypothetical protein  YP_001245193  unclonable  0.00000000138041  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1657  CDS  NC_009486  1652596  1653264  -  669  rhomboid family protein  YP_001245238  unclonable  0.000000000107341  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1658  CDS  NC_009486  1653269  1654117  -  849  hypothetical protein  YP_001245239  unclonable  0.000000000294373  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1757  CDS  NC_009486  1758233  1762837  -  4605  alpha-2-macroglobulin domain-containing protein  YP_001245334  unclonable  0.0000289734  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1778  CDS  NC_009486  1784464  1788522  +  4059  alpha-2-macroglobulin domain-containing protein  YP_001245354  unclonable  0.0000145479  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0007  tmRNA  NC_009486  403455  403808  -  354      unclonable  0.0000000000281938  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0011  tRNA  NC_009486  432763  432851  +  89  tRNA-Ser    unclonable  0.0000000000356582  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0016  tRNA  NC_009486  461513  461588  -  76  tRNA-Met    unclonable  0.0000000000153982  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0021  tRNA  NC_009486  737048  737123  +  76  tRNA-Gly    unclonable  0.00000000000904393  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0022  tRNA  NC_009486  737135  737211  +  77  tRNA-Arg    unclonable  0.00000000000850812  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0023  tRNA  NC_009486  737222  737297  +  76  tRNA-His    unclonable  0.00000000000859824  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0024  tRNA  NC_009486  737303  737379  +  77  tRNA-Arg    unclonable  0.0000000000092316  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0033  tRNA  NC_009486  1094542  1094632  -  91  tRNA-Ser    unclonable  0.0000000000107313  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0037  tRNA  NC_009486  1223912  1223987  -  76  tRNA-Lys    unclonable  0.0000000000296875  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>