84 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Rcas_0001  CDS  NC_009767  370  1812  +  1443  chromosomal replication initiation protein  YP_001430158  decreased coverage  0.000170377  unclonable  0.000000000650471  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0002  CDS  NC_009767  1923  3086  +  1164  secreted hydrolase-like protein  YP_001430159  decreased coverage  0.000706868  unclonable  0.000000000576659  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0003  CDS  NC_009767  3125  3502  +  378  thioesterase superfamily protein  YP_001430160  hitchhiker  0.00198303  unclonable  0.00000000031845  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0004  CDS  NC_009767  3540  3965  -  426  hypothetical protein  YP_001430161  hitchhiker  0.00189642  unclonable  0.000000000299771  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0005  CDS  NC_009767  3966  4196  -  231  hypothetical protein  YP_001430162  hitchhiker  0.00120037  unclonable  0.000000000260435  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0006  CDS  NC_009767  4259  4687  -  429  histidine triad (HIT) protein  YP_001430163  hitchhiker  0.0070148  unclonable  0.000000000279381  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0007  CDS  NC_009767  4718  6460  -  1743  phosphotransferase domain-containing protein  YP_001430164  normal  0.0296814  unclonable  0.000000000565114  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0066  CDS  NC_009767  81867  83078  -  1212  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  YP_001430222  unclonable  0.00000558926  hitchhiker  0.00313159  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0073  CDS  NC_009767  90026  91207  -  1182  hypothetical protein  YP_001430228  unclonable  0.0000146563  unclonable  0.00000000120063  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0074  CDS  NC_009767  91462  92751  -  1290  phosphopyruvate hydratase  YP_001430229  decreased coverage  0.00475517  unclonable  0.00000000106415  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0217  CDS  NC_009767  274988  275689  -  702  hypothetical protein  YP_001430368  unclonable  0.00000129313  normal  0.202334  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0251  CDS  NC_009767  308356  309870  -  1515  peptidase M1 membrane alanine aminopeptidase  YP_001430402  unclonable  0.000018463  normal  0.187628  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0252  CDS  NC_009767  309959  310615  +  657  Crp/FNR family transcriptional regulator  YP_001430403  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0360  CDS  NC_009767  443972  445921  +  1950  hypothetical protein  YP_001430510  unclonable  0.0000745267  normal  0.932895  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0570  CDS  NC_009767  762152  763159  +  1008  hypothetical protein  YP_001430717  unclonable  0.00000587846  normal  0.133035  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0696  CDS  NC_009767  915103  915738  +  636  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  YP_001430836  unclonable  0.00000147428  decreased coverage  0.0000446652  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0824  CDS  NC_009767  1080377  1081684  +  1308  hypothetical protein  YP_001430959  normal  1  unclonable  0.000000000698259  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0825  CDS  NC_009767  1083158  1084540  -  1383  phosphotransferase domain-containing protein  YP_001430960  normal  0.360487  unclonable  0.00000000114157  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0826  CDS  NC_009767  1084820  1085623  +  804  HpcH/HpaI aldolase  YP_001430961  normal  0.146746  unclonable  0.000000000657155  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0827  CDS  NC_009767  1085707  1086393  +  687  metal dependent phosphohydrolase  YP_001430962  normal  0.0585865  unclonable  0.000000000612454  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0828  CDS  NC_009767  1086412  1087326  -  915  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  YP_001430963  normal  0.0186144  unclonable  0.000000000749224  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0829  CDS  NC_009767  1087455  1088735  -  1281  major facilitator transporter  YP_001430964  unclonable  0.0000111783  unclonable  0.000000000756922  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0830  CDS  NC_009767  1089724  1090434  -  711  hypothetical protein  YP_001430965  hitchhiker  0.0000258366  unclonable  0.000000000542713  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0831  CDS  NC_009767  1090658  1091092  -  435  hypothetical protein  YP_001430966  hitchhiker  0.000499986  unclonable  0.000000000401336  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0832  CDS  NC_009767  1091275  1092477  -  1203  hypothetical protein  YP_001430967  hitchhiker  0.00828408  unclonable  0.000000000677471  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0833  CDS  NC_009767  1092597  1094765  -  2169  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_001430968  normal  0.357142  unclonable  0.00000000104285  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0834  CDS  NC_009767  1094818  1095498  -  681  two component transcriptional regulator  YP_001430969  normal  0.6033  unclonable  0.00000000040546  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0835  CDS  NC_009767  1095928  1096521  +  594  hypothetical protein  YP_001430970  normal  0.911593  unclonable  0.000000000352254  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0836  CDS  NC_009767  1096508  1097116  +  609  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001430971  normal  0.991618  unclonable  0.000000000312074  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0855  CDS  NC_009767  1118031  1121633  -  3603  chromosome segregation protein SMC  YP_001430989  unclonable  0.00379552  normal  0.0307887  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0856  CDS  NC_009767  1121758  1123365  +  1608  phosphodiesterase  YP_001430990  unclonable  0.0000301712  normal  0.0173757  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0874  CDS  NC_009767  1143339  1143767  +  429  hypothetical protein  YP_001431008  hitchhiker  0.00504983  unclonable  0.00000000040546  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0875  CDS  NC_009767  1143785  1144630  +  846  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  YP_001431009  decreased coverage  0.0000314247  unclonable  0.00000000054829  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0876  CDS  NC_009767  1144775  1145332  +  558  hypothetical protein  YP_001431010  unclonable  0.0000013737  unclonable  0.000000000435247  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0944  CDS  NC_009767  1250240  1251592  -  1353  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_001431076  unclonable  0.0000132586  normal  0.320448  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_1104  CDS  NC_009767  1429947  1430378  -  432  MraZ protein  YP_001431221  unclonable  0.000000730324  normal  0.996459  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_1533  CDS  NC_009767  1954822  1955847  +  1026  fatty acid desaturase  YP_001431644  unclonable  0.0000066309  hitchhiker  0.0056563  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_1690  CDS  NC_009767  2178719  2181229  +  2511  DNA topoisomerase I  YP_001431800  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_1691  CDS  NC_009767  2181774  2182442  +  669  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  YP_001431801  normal  0.176877  unclonable  0.000000000719685  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_1692  CDS  NC_009767  2182439  2183878  +  1440  pyruvate kinase  YP_001431802  normal  0.309469  unclonable  0.00000000134054  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_1938  CDS  NC_009767  2482311  2482976  -  666  hypothetical protein  YP_001432045  unclonable  0.00000266256  unclonable  0.000000000366711  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2131  CDS  NC_009767  2740405  2741562  +  1158  hypothetical protein  YP_001432234  unclonable  0.00000980684  normal  0.0372378  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2132  CDS  NC_009767  2741682  2742518  +  837  hypothetical protein  YP_001432235  unclonable  0.00000294324  normal  0.0323072  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2169  CDS  NC_009767  2786163  2788628  -  2466  ATP-dependent protease La  YP_001432271  unclonable  0.000197845  unclonable  0.00000000135432  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2170  CDS  NC_009767  2788758  2790788  -  2031  Amylo-alpha-16-glucosidase  YP_001432272  unclonable  0.0000556903  unclonable  0.00000000115329  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2226  CDS  NC_009767  2873088  2875601  -  2514  putative uncharacterized restriction enzyme  YP_001432327  unclonable  0.000214566  decreased coverage  0.00000161131  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2274  CDS  NC_009767  2927860  2931207  +  3348  protease domain-containing protein  YP_001432375  normal  0.0667485  unclonable  0.00000000204116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2275  CDS  NC_009767  2931960  2932649  -  690  hypothetical protein  YP_001432376  hitchhiker  0.00081012  unclonable  0.000000000430819  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2276  CDS  NC_009767  2933225  2934475  -  1251  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_001432377  unclonable  0.00001011  unclonable  0.000000000657155  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2277  CDS  NC_009767  2934626  2937370  +  2745  peptidase C11 clostripain  YP_001432378  unclonable  0.000811314  hitchhiker  0.0000000350123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2535  CDS  NC_009767  3269858  3271333  +  1476  zeta-phytoene desaturase  YP_001432632  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2536  CDS  NC_009767  3271810  3272559  -  750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001432633  decreased coverage  0.00129789  unclonable  0.000000000282251  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2552  CDS  NC_009767  3291621  3292358  -  738  GntR family transcriptional regulator  YP_001432648  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2935  CDS  NC_009767  3809423  3811498  -  2076  peptidase S41  YP_001433015  unclonable  0.0000791887  normal  0.0220512  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2936    NC_009767  3811671  3812060  -  390      unclonable  0.000000585968  normal  0.0122865  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2984  CDS  NC_009767  3868307  3870895  -  2589  helicase superfamily protein  YP_001433059  unclonable  0.000404432  hitchhiker  0.00167683  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3055  CDS  NC_009767  3958427  3959203  +  777  methyltransferase type 11  YP_001433127  unclonable  0.0000014304  normal  0.795222  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3056  CDS  NC_009767  3959469  3960140  +  672  methyltransferase type 11  YP_001433128  unclonable  0.000000799279  normal  0.774854  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3057  CDS  NC_009767  3960142  3960822  +  681  SNARE associated Golgi protein  YP_001433129  unclonable  0.000000815606  normal  1  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3642  CDS  NC_009767  4764581  4765648  -  1068  methyltransferase type 11  YP_001433709  unclonable  0.00000500593  decreased coverage  0.0000779954  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3736  CDS  NC_009767  4902666  4903868  -  1203  hypothetical protein  YP_001433794  hitchhiker  0.00729537  unclonable  0.000000000341691  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3737  CDS  NC_009767  4904936  4905250  +  315  iojap-like protein  YP_001433795  hitchhiker  0.0000069668  unclonable  0.000000000198678  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3738  CDS  NC_009767  4905263  4905451  +  189  hypothetical protein  YP_001433796  hitchhiker  0.0000355187  unclonable  0.000000000187067  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3739  CDS  NC_009767  4905509  4906381  -  873  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  YP_001433797  hitchhiker  0.00386146  unclonable  0.000000000321721  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3740  CDS  NC_009767  4906458  4907180  -  723  alanine racemase domain-containing protein  YP_001433798  hitchhiker  0.0083568  unclonable  0.000000000341691  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3786  CDS  NC_009767  4957812  4959581  +  1770  aspartyl-tRNA synthetase  YP_001433843  unclonable  0.000017207  normal  0.0478066  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3874  CDS  NC_009767  5066293  5067045  +  753  DtxR family iron dependent repressor  YP_001433928  unclonable  0.0000018192  normal  0.124247  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4005  CDS  NC_009767  5214081  5214761  -  681  nucleoside-triphosphate--adenylate kinase  YP_001434056  unclonable  0.000000986709  hitchhiker  0.0000175975  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4031  CDS  NC_009767  5230049  5230483  -  435  30S ribosomal protein S12  YP_001434082  unclonable  0.00000129313  hitchhiker  0.0000334928  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4032  CDS  NC_009767  5230790  5231704  +  915  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_001434083  unclonable  0.00000393605  hitchhiker  0.000152914  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4060  CDS  NC_009767  5269613  5270596  -  984  UbiA prenyltransferase  YP_001434110  unclonable  0.00000422239  normal  0.0105884  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4131  CDS  NC_009767  5346011  5348044  +  2034  glycosyl transferase family protein  YP_001434181  hitchhiker  0.00103927  unclonable  0.000000000820148  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4132  CDS  NC_009767  5348252  5349199  +  948  hypothetical protein  YP_001434182  unclonable  0.00000656345  unclonable  0.00000000040546  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4133    NC_009767  5349594  5351162  -  1569      unclonable  0.0000428918  hitchhiker  0.000000142738  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4170  CDS  NC_009767  5396332  5399847  -  3516  acriflavin resistance protein  YP_001434219  unclonable  0.00460578  normal  0.0104573  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4176  CDS  NC_009767  5407008  5407778  +  771  methyltransferase type 11  YP_001434225  unclonable  0.00000140176  hitchhiker  0.0000000044225  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4177  CDS  NC_009767  5407934  5408581  +  648  hypothetical protein  YP_001434226  unclonable  0.00000111276  unclonable  0.000000000183322  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4178  CDS  NC_009767  5408600  5408806  +  207  hypothetical protein  YP_001434227  hitchhiker  0.0000339801  unclonable  0.000000000157752  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4179  CDS  NC_009767  5408961  5410016  -  1056  oxidoreductase molybdopterin binding  YP_001434228  normal  0.0370615  unclonable  0.000000000255221  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4180  CDS  NC_009767  5410020  5410634  -  615  dephospho-CoA kinase  YP_001434229  normal  0.376004  unclonable  0.000000000202737  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4181  CDS  NC_009767  5410647  5412638  -  1992  amidohydrolase  YP_001434230  normal  0.748776  unclonable  0.000000000471707  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4278  CDS  NC_009767  5520204  5521124  -  921  putative undecaprenol kinase  YP_001434323  unclonable  0.00000318908  normal  0.0359854  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4279  CDS  NC_009767  5521528  5521893  +  366  hypothetical protein  YP_001434324  unclonable  0.000000892613  normal  0.0290084  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4422  CDS  NC_009767  5684675  5685646  -  972  aldo/keto reductase  YP_001434456  unclonable  0.00000370601  normal  0.543562  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>